第一階段是基礎體能訓練。在該階段除了進行各種體力測試外，還要進行極其嚴酷的超強度的體能訓練，參訓隊員要全副武裝地在規定時間內進行10-15公裏的越野和急行軍，並要穿越茫茫原始森林和沼澤地帶。此外，參訓隊員還要在充滿腐爛屍體、水蛇、火坑和陷阱的泥水中匍匐前進。
第二階段是生存與耐力訓練。在該階段中，參訓隊員要學會在漫無邊際的荒山野嶺中就地取食求生，必要情況下，參訓隊員還要吃野草、蜘蛛、老鼠來維持生命。同時還要學會在有敵人追擊的情況下巧妙地隱藏自己。在耐力訓練中，參訓者要連續行進15小時以上，而按照醫學專家的實驗，人在極度疲勞的狀態下最多隻能堅持行走8-12小時。
第三階段是特殊環境下的訓練。由於信號旗的隊員要前往國外執行任務，因此必須要進行一係列的適應性訓練。在信號旗的訓練中心，可以看到一些完全按照某些國家的地形地貌、風土人情來進行設計的建築。而參訓隊員要根據將來任務的不同而選擇不同“國家”進行針對性訓練。這樣隊員就能夠產生身臨其境的感覺，收到最佳的訓練效果。訓練中，隊員還被要求講該國語言，甚至還要會講一些地方土話。
最後一個階段是作戰技能訓練。實戰訓練階段主要進行徒手格鬥、射擊、駕駛、地雷爆破和電台使用等訓練。經過訓練，隊員要精通各種實戰技巧，做到百發百中，並學會駕駛各種戰鬥車輛、使用國外各種武器，此外還要會自製簡易的爆炸裝置，熟練使用各種電台及通訊工具。
如果說“信號旗”特種部隊在國內主要是訓練的話，那麼在國外就是真刀實槍的戰鬥，那時隊員們憑借的絕對是平時練就的基本功和潛能。通常情況下，“信號旗”隊員在國外執行任務的時間大都為半年，有時會稍長一點。“信號旗”隊員被派往國外都是秘密進行的。在那裏，他們迅速且仔細地熟悉和了解某個日後將要消滅、炸毀或保護的使館、領館、核電站和通信樞紐等設施。這時，他們所用的不是地圖，也不是看錄像，而是實地勘察。有時，“信號旗”隊員被派到古巴、尼加拉瓜、越南等國，與其偵察破壞部隊進行聯合演習，而在安哥拉和莫桑比克則充當軍事顧問，在原東德和羅馬尼亞與同行搞反恐怖演習。
3、武器裝備
信號旗特種部隊由於職能與阿爾法相似，因此在武器裝備上也與後者基本相同。其主要裝備包括：馬卡洛夫式手槍、微型衝鋒槍、AK-74M型5.45毫米無聲突擊步槍、PK/PKT通用機槍以及SVD狙擊步槍等支援武器。
此外，由於信號旗部隊主要在境外執行任務，還有一些武器裝備，如VSK94狙擊步槍、SPP-1水下手槍、PP衝鋒槍與OSV-96大口徑狙擊步槍。