前蘇聯解體後，“信號旗”支隊的任務發生了變化，主要是開始轉入打擊恐怖分子、武裝犯罪和大規模有組織犯罪，並多有傑作。1992年，10名“信號旗”特種部隊隊員在莫斯科“三個車站”地鐵站內10秒鍾之內就製服了14名武裝暴徒，繳獲100萬假美金。1993年“信號旗”特種部隊在葉卡捷琳堡郊外成功地預先製止了一起恐怖爆炸事件。
1993年10月，“信號旗”和“阿爾法”特種部隊違抗聖命，拒絕攻打“白宮”。葉利欽對此大為不滿，於年底簽署命令改組“信號旗”特種部隊，將其轉隸俄羅斯內務部。這一舉動，引起多數隊員的不滿。112名軍官遞交辭呈報告，150多名隊員轉調其他安全部門。而有一些隊員則幹脆徹底轉到了地方工作，開始經商賺錢。
此後，“信號旗”特種部隊曾一度銷聲匿跡。到了1994年，俄羅斯國內恐怖事件接連發生，造成全國的極度恐慌。出於國內反恐怖和反間諜鬥爭的需要，俄羅斯政府決定重新組建“信號旗”特種部隊。當時，聯邦安全總局決定在其反間諜處組建一個新的特種行動支隊，下轄若幹分隊，然後派往全國各地執行反恐怖和反顛覆破壞行動。於是，轉到其他部門的原“信號旗”的隊員紛紛被從內衛部隊和安全局及邊防軍部隊中召回，他們被安排到重新組建的“信號旗”各分隊擔任指揮員職務。為了確保核設施安全，“信號旗”還專門組建了一個代號為“韋嘉”的分隊，聘請反核恐怖專家擔任顧問，專門守護俄羅斯的核設施。
1994年秋末冬初，第一次車臣戰爭爆發以後，重新組建的“信號旗”特種部隊被派往硝煙彌漫的車臣戰場。在戰爭環境中，“信號旗”同樣經受住了血與火的考驗，他們多次執行了極為危險的特種作戰任務，多次解救人質，可謂大顯身手，為消滅車臣非法武裝分子立下了赫赫戰功。
2004年9月3日，信號旗部隊在別蘭斯市第一中學解救人質的行動中遭遇了慘重傷亡，7名隊員在這次行動中犧牲，但從此信號旗被公之於世，越來越多人開始知道這支傳奇特種部隊的存在。
2、隊員選拔訓練
“信號旗”隊員的選拔十分嚴格，不但政治上要合格，絕對忠於祖國，效忠國內最高領導人的指示，而且要具有優秀的業務素質、身體素質和心理素質，熟悉某國的風土人情。對於候選人員首先是調查他的檔案，然後進行麵談。條件符合要求的候選人報克格勃領導審批。之後是為期兩個月的試訓和考試。考試合格後，這些候選人被正式錄用，成為“信號旗”特種部隊的一員。
到1991年初，“信號旗”特種部隊已發展到1200多人，其中90%的隊員是軍官，士兵和準尉隻能在保障分隊裏服役。由於時間緊張，“信號旗”首批隊員首先從“天頂”和“瀑布”特種部隊中挑選。以後主要從國家安全機關、空降兵、邊防軍、中級軍事院校優秀畢業學員中遴選。年齡限製在22-27歲之間，一般為15-20個候選人之間才能選中一個，到35歲退役，前後隻有10年服役時間，而且前5年主要用於訓練。
挑選“信號旗”特種部隊隊員的另一個重要的條件是外語知識。一般候選人要懂兩門外語。其中，一門外語要精通，第二門外語應能借助詞典翻譯書麵材料。如同“阿爾法”特種部隊一樣，“信號旗”特種部隊的隊員都是“超人”，個個驍勇善戰，人人身懷絕技，這主要是嚴格訓練的結果。入選“信號旗”之後，所有隊員都要重新進行基礎教育培訓、特種教育培訓和專業技能培訓。雖然“信號旗”所有隊員都受到了高等教育，但還必須花費很長的時間訓練，才能成為“秘密戰的職業隊員”。訓練科目包括一般體能訓練、徒手格鬥、射擊訓練、駕駛、地雷爆破、使用電台、小分隊戰術、偵察、空降、攀岩、遊泳、醫療救護等。以上各種技能隻有通過號稱“煉獄”般的4個訓練階段才能完全掌握。