白崇禧鑒於敵人在昆侖關口的兩側高地，占有地形優勢，以輕重武器組成交叉火網，足以封鎖我軍對關口的進攻。因用電話向杜聿明指示，改變原來作戰方針，采用要塞式攻擊法：將各據點分配第一線各團負責，同時展開分攻合擊，逐次縮小包圍圈，並切斷敵的後方，以孤立昆侖關口之敵。
到十二月二十四日，敵在昆侖關守軍不能從陸地交通得到供應了。所有飲水、彈藥、糧食、藥品完全依靠飛機空投。我為加強正麵攻擊力量，乃令葉肇第六十六軍於二十八日支援第五軍加入昆侖關東正麵的攻擊，以新二十二師及第五軍兩補充團加強對昆侖關北麵和西麵的攻擊，利用優勢炮火，逐次掃蕩。二十九日，界首戰略要點被我攻克。三十日，我一九五師及第五軍各有進展。到三十一日，我遂克複昆侖關。收複昆侖關後，從繳獲的日軍日記發現有這樣記載：“第十二旅團長中村正雄少將在九塘被中國軍隊炮火擊斃。”
一九四〇年一月四日，我軍克複九塘，敵在八塘憑險固守。白崇禧以姚沌第三十六軍接第五軍八塘以北防務，將第五軍轉移思隴、黃墟一帶休整。並令傅仲芳第九十九軍以主力扼守既占要點，以一部不斷襲擊七塘至四塘間之敵。此時敵我雙方以昆侖關攻守戰傷亡甚大，都處於整頓態勢。
敵為挽回昆侖關失守頹勢，自一月八日起由北江方麵抽調第七師團第十八師團各一部共約二萬餘人，從一月二十七日起向我轉移攻勢：正麵仍以第五師團為基幹，企圖壓製我軍於九塘昆侖關之間；另以十九師團及十八師團一部沿邕江南岸，經蒲廟、劉墟及永淳向賓陽迂回，企圖從後麵包圍我軍於昆侖關附近。二十七日，敵突破我邕江南岸的警戒線進占永淳，即向賓陽急進。三十一日，敵與我增援永淳的第七十六師、第四十九師在甘棠遭遇，展開血戰，因彼此裝備懸殊，使敵得以向北進犯。二月二日，陷我賓陽。我在昆侖關西麵正麵作戰的第九十九軍、第三十六軍以及李延年第二軍並不因後路斷絕而退縮，經血戰後分向隆山、都安、忻城退卻，敵企圖殲滅我軍主力於昆侖關的企圖卒不得逞，而我反攻南寧的計劃也不能實現。
一九四〇年二月二十二日，蔣介石在他的侍從室主任張治中、軍委會辦公廳主任商震陪同下由重慶經桂林抵柳州，住羊角山上一個山洞。日寇偵查得非常準確，敵機五十餘架分兩批猛炸羊角山，炸彈皆落在防空洞右方五十米至一百米的山口處，傷衛士十二人，蔣氏雖無恙，但山洞震撼，宛如天崩地裂。
柳州軍事會議自二月二十三至二十五日舉行，由蔣介石親自主持，參加會議的有：白崇禧、李濟深、陳誠、張治中、商震、薛嶽、張發奎、餘漢謀以及各集團軍總司令及參加桂南會戰的各軍軍長。蔣介石說此次會議之召集，在檢討桂南會戰之成敗得失，借此吸取教訓，以勵來茲。實際上這次會議，是整肅白崇禧的一次會議。
會議結束時，蔣介石宣布獎懲名單，其中主要的是：
桂林行營主任白崇禧督率不力降級；
政治部長陳誠指導無方降級。
另外還有一長串人名。
項莊舞劍，意在沛公。此次處分，主在白氏，陳誠不過奉命陪同受懲而已。
並且白崇禧此次所受“降級”處分，隻是第一次，跟著就來第二次：到四月二十日，蔣介石決然下令，撤銷桂林行營，白崇禧回渝仍當他的副總參謀長兼軍訓部部長，表麵上職務沒有什麼更動。桂林另設軍事委員會辦公廳，以李濟深為主任，林蔚文為副主任，這是一個沒有指揮權的機構，李濟深直到九月四日始由渝到桂就職，他在桂所能起的作用是極力掩護進步人士。
三、白崇禧夥同何應欽炮製“皖南事變”
處分白崇禧，撤銷桂林行營，這兩大事件據當時擔任侍從室第一處主任張治中說，是他向蔣介石建議的。張治中認為：“要嚴明賞罰，非從上麵做起不可；所以先從行營主任、部長降級。”“自此項命令頒布後，士氣為之一振。”（《張治中回憶錄》，第二九七頁（文史資料出版社）。）
張治中又說：“我還有一個動機：認為在這個時候（當時白崇禧任桂林行營主任，程潛任西安行營主任），為充實統帥部陣容，提高統帥部威權，必須負有聲望的高級將才集中於中央，以便順利地統率全國軍隊。我這一個大膽的建議，當初蔣表示猶豫，經過多少次的考慮，終於決定先後撤桂林行營和西安行營。”（《張治中回憶錄》，第二九七頁（文史資料出版社）。）
白崇禧調回重慶以後，為形勢所逼，他不能再如在桂林當行營主任時那樣，倚靠地方實力為後盾，保持其中間的政治立場了。
一九四〇年十月，國共兩黨關係嚴重惡化，核心問題是軍事問題，例如：十月十四日，江蘇省主席韓德勤調遣數萬大軍，向蘇北新四軍陳毅部作武裝進攻，陳部一再忍讓，自動退出薑堰戰略重鎮，以求息爭，一致對外。但韓部仍繼續前進，陳毅遂被迫自衛，發生黃橋戰鬥。
蔣介石利用此一事件為突破口，派總參謀長何應欽、副總參謀長白崇禧和中共中央派在重慶的代表周恩來、葉劍英進行協商，要求江南新四軍和華北八路軍限期集中黃河以北，幾經會談，未取得任何協議。
七月十九日，何應欽、白崇禧以正副參謀總長名義發表了“皓”電，指責八路軍新四軍：“一、不守戰區範圍，自由行動；二、不遵編製數量，自由擴充；三、不服從中央命令，破壞行政係統；四、不打敵人，專事吞並友軍。”這些指責並不公允，八月下旬起，華北五省八路軍發動了有名的“百團大戰”，它打破了敵人的“囚籠政策”，怎麼能說他們“不打敵人”呢？！
何、白“皓”電根據《中央提示案》作硬性片麵的規定，限電到一個月內把（八路軍、新四軍）部隊撤到劃定的作戰地區內（即黃河以北）。到了這個時候，白崇禧已身不由己作為蔣的政策工具了。
到一九四一年一月十三、十四兩日，就發生曆史上有名的“皖南事變”。新四軍一萬餘人在江南涇縣、太平一帶被顧祝同指揮上官雲相所部突然圍攻，幾乎全部被消滅，項英戰死，葉挺被俘。重慶軍事委員會發表新四軍“叛變”經過，明令撤銷新四軍番號，將葉挺交軍法審判。
一月十八日，中共中央對“皖南事變”發表談話，指出“皖南事變”僅為國民黨反動派反共投降大陰謀中之一個步驟而已，全國人民應亟起製止。同時向國民黨政府提出懲辦皖南事變禍首何應欽、顧祝同、上官雲相。名單中沒有提到白崇禧，這表明中共中央對白氏還留有餘地。
在桂林行營時期，白崇禧是一方重鎮，講話很有分量。例如：白崇禧警告過在行營擔任第二處長的楊繼榮（軍統分子），軍統組織不能進入廣西，楊氏諾諾連聲，不敢違抗。中統見軍統如此，也不敢逾越雷池一步。桂林行營撤銷以後，中統收買了國民黨廣西省黨部調查科長梁學基（原來是黃旭初的秘書，黃兼廣西省黨部主委），利用第二次反共高潮的到來，在廣西猛抓共產黨員和進步人士，如一九四二年製造“七九”事件，使中共廣西工委負責人蘇曼等三人受迫害致死；知名人士薩空了（1907—1988，蒙古族。1949年在北平協助胡愈之創辦中國民主同盟機關報《光明日報》，任秘書長，是第一屆全國政協代表。建國後曆任中國民主同盟副主席、全國政協副秘書長。）也於一九四三年三四月間被逮捕，黃旭初派梁學基告訴薩氏，他是奉命辦理的，但安全沒有問題。暗示若交給中統直接處置，那就不能保險了。
隨著桂林行營的取消，廣西綏靖公署政治部也奉到軍委會政治部命令，著於一九四一年年底辦理結束，程思遠調到重慶工作。