白崇禧的幕僚注意到這一點，建議將原定的黨政軍聯席會議改為第二次南嶽軍事會議，並電請蔣介石蒞會主持。白崇禧同意了，並向蔣介石報告。蔣氏答應欣然蒞會，結果原定十一月二十二日下午舉行的會議，不得不推遲到候蔣介石到達後開幕。在此以前，則舉行預備會議，分黨政、軍事兩組討論抗戰中出現的問題。
在預備會議上，白崇禧根據過去他在廣西推行“寓兵於農”、“寓將於學”所得的經驗，認為軍隊協助國民軍訓，應是當前對敵作戰的根本辦法。但目前頒布有：縣各級綱要、國民兵組訓、社會軍訓三套法例。各搞各的，自成係統，應把它統一起來，通盤籌劃，才有利於執行，而期節約人才和經費。
對於白崇禧的意見，陳誠把它否決了。陳誠說：“中上級幹部現在是由中央訓練，下級幹部可由地方訓練，仍受中央的指導監督。”非常明顯，陳誠是當時設在重慶浮屠關的中央訓練團的教育長（團長由蔣介石兼）。而該團黨政訓練班則負責調訓全國中上層幹部。在陳誠一手把持下，白崇禧的建議卒不能在會上做出任何決定。
陳誠在會上提出了一個嚴重問題，他說：“現在一個普通工人每日可得一元或數元，而隨時有性命危險的前線士兵，每日所得不過二角，待遇如此懸殊，軍隊怎樣可以維持呢？”作為一個政治部長，陳誠的話揭露了國民黨在抗戰時期的困境。
蔣介石於十月二十八日從重慶飛抵桂林，當晚由行營參謀長林蔚文陪同吃夜飯後即乘火車去湖南。白崇禧率四戰區長官張發奎、三戰區長官顧祝同、九戰區代長官薛嶽暨各省主席熊式輝、陳儀、李漢魂、黃旭初、黃紹竑等先到易家灣薛嶽家裏吃早餐，然後再去車站迎接蔣氏。蔣介石於二十九日七時抵衡陽，並隨即與白崇禧等同去南嶽。
第二次南嶽會議於二十九日上午十時在南嶽聖經學校開幕，蔣介石在講話中說：“九月一日，德國軍隊三路侵入波蘭，第二次世界大戰爆發，自此我國抗日戰爭已成為國際反法西斯戰爭的重要組成部分，形勢發展對我有利，將來中日問題必將與歐戰同時解決，因此在中途絕無和平之理。”蔣介石最後那段話是針對汪精衛於今年四月一日發表《舉一個例》以後所進行的降日活動而發的。目的在維持士氣，穩住人心。
十月三十日下午四時，蔣介石將預備會議提出的有關國民軍訓及地方黨政一元化等問題作出了解答，他主要說了下麵這幾點：
一、中央應將國民兵團與縣各級組織條例合而為一。這原來是白崇禧提出的意見；
二、中央已將各省實現黨政一元化（如廣東省主席李漢魂兼廣東省黨部主委等），如今後工作還做得不好，就是自己能力不行；
三、三民主義青年團與國民黨的關係，將在五屆六中全會上作出具體規定。
白崇禧以蔣夫人宋美齡將來湖南勞軍，他特於十一月二日返桂林，蔣夫婦於六日抵桂，住堯山，七日飛渝。
十一月十二日，國民黨五屆六中全會在重慶舉行，白崇禧前往參加。十三日、十四日，日寇第四艦隊主力，妙高、長良、名取等巡洋艦，及加賀航空母艦等在海口附近活動，設在貴縣對岸的南山的第十六集團軍總司令部接到情報，即電白崇禧報告。白氏通知軍令部作戰廳，可是該廳負責人卻對白崇禧說：“綜觀當前形勢，敵無南犯意圖。”白氏則謂應注意敵要截斷我海外交通線。
實際情況並不如軍令部所估計的那樣，十一月十五日拂曉，敵艦開始向企沙、龍門、欽州灣我沿海陣地轟擊，敵機同時配合低空轟炸。到午後一時，敵第五師團和台灣旅團各一部依靠海空的掩護，在企沙、龍門強行登陸。十六日晨，敵分兵在欽州灣西端黃屋屯及欽縣南的黎頭咀登陸，撲向防城欽縣。
那時防守桂南的部隊是新成立的第十六集團軍，總司令是夏威，副總司令是抗日名將蔡廷鍇。該集團軍隻有兩個軍：一是方由五戰區調回後休整的第三十一軍，軍長是韋雲淞；一是新成立的第四十六軍，軍長是何宣（1891—1946，保定軍校第3期步科畢業，與白崇禧、葉琪等是同期同學，且為多年密友。1932年為李宗仁召入新桂係行列。後又因受排斥，1945年回鄉，1946年病逝。）。何宣的軍部駐南寧，在邕欽路上的部隊，隻有該軍新編第十九師，武器是七拚八湊的，新兵未經嚴格訓練，也缺乏戰鬥經驗，以這樣的部隊阻擊強大之敵，其結果是想象得到的。
十一月十八日，敵第五師團及台灣旅團全部登陸完畢，即在大塘墟集中，沿邕欽公路急進。我新編第十九師在小董與敵遭遇，一碰即潰。第十六集團軍總部雖令駐橫縣的第一七〇師黎行恕部及駐桂平的第一三五師蘇祖馨部急開南寧應援，但既不能空運，也不可用鐵路運輸，結果所有援軍都不能依時到達。這樣，敵主力於二十日便進抵邕江南岸，沿途沒有受到猛烈的抵抗。二十三日晨，敵分由蒲廟、亭子墟渡過邕江，到二十四日下午五時，南寧便告不守。
白崇禧於十一月十九日從重慶趕回桂林，在行營聽取敵情報告，並積極進行反攻部署。但他認為，由於交通不便，集中兵力至少需要三個星期以上，所以對敵決戰，最早要在十二月中才能開始。二十一日，白崇禧對報界發表談話：指出敵軍登陸海口，進犯桂南，企圖切斷我西南國際交通路線，我軍對此早有準備，將誘敵深入，給予重大打擊……
敵自進據南寧後，逐步向我壓迫，武鳴方麵的高峰隘至十二月一日失陷，邕賓路上的昆侖關至十二月四日失陷。昆侖關在南寧城北六十公裏，其地峰巒起伏，隻有在兩座險隘中出現一條崎嶇險阻的小徑，連步兵也不易通過，向來是兵家必爭之地。為宋代名將狄青在元夜計破壯族英雄儂智高處，載在史冊。
白崇禧製訂的桂南會戰計劃，首先要攻下昆侖關，然後收複南寧，唯因昆侖關地勢險要，敵在那裏積極加強工事，企圖久守，唯求攻堅必勝，必須使用機械化部隊，而當時隻有杜聿明的第五軍，可以負此重任。白崇禧要求蔣介石批準使用第五軍，蔣氏慨然答應了。
白崇禧的反攻計劃如下：以徐庭瑤指揮北路軍，率第五軍及第九十九軍攻擊昆侖關正麵之敵，而後迅向南寧進擊；以夏威指揮西路軍攻擊高峰隘之敵，向四、五塘進擊；由蔡廷鍇指揮東路軍，以靈山陸屋為根據地，發動民眾武裝力量，破壞邕欽路交通，阻止敵之增援。
蔣介石派政治部部長陳誠來廣西協助白崇禧指揮。十二月十六日，白崇禧、陳誠兩人到邕賓路思隴以西地區視察攻擊昆侖關正麵的杜聿明第五軍兵力部署，一切均感滿意。決定於十七日開始攻擊。
為便於指揮起見，原駐廣東曲江的第四戰區司令長官部移駐柳州。白崇禧也把他的遷江指揮所移設賓陽白岩村。白崇禧駐白岩村，兩“白”聯在一起，何其巧也！
十二月十七日淩晨，攻擊昆侖關的炮聲打響了。敵我雙方進行炮戰，在我遠射程的重炮火力壓迫下，敵炮兵中斷向我射擊。我第五軍第一線攻擊部隊戴安瀾（1904—1942，著名民族英雄，抗日名將。黃埔係骨幹將領。1942年初率200師作為中國遠征軍的先頭部隊赴緬甸協同英軍作戰時殉國。1942年10月16日，國民黨政府追贈戴安瀾為陸軍中將。29日，美國國會授權羅斯福總統追授戴安瀾1枚懋績勳章。）第二〇〇師、鄭洞國（1903—1991，字桂庭，黃埔軍校第一期畢業，曾參加東征和北伐。鄭洞國是最早參加抗日戰爭的國民黨將領之一。1943年春，鄭洞國參加中國遠征軍擔任新1軍軍長，參加收複緬北要地密支那攻堅戰。1948年底，在長春兵敗解甲，永不言兵。）第一師隨即乘勢發動攻擊，不顧敵機的幹擾，第一師當晚占領仙女山，第二〇〇師攻占了六五三、六〇〇高地。邱清泉（1902—1949，1934年留學於德國柏林陸軍大學。中華民國陸軍二級上將。1947年任國民黨整編第五軍軍長。邱清泉性格狂妄，作戰指揮風格大膽，別號“邱瘋子”。1949年1月在陳官莊突圍不成，兵敗自殺。）新二十二師由邕賓公路以西向五塘、六塘進出，以牽製敵之增援。敵於十八日晚增援反攻，我正麵攻擊的部隊忽略於既占領地的工事構築，以致各據點得而複失，失而複得者兩次。