4、創立南宗
惠能道出的驚人之語是：“不是風動，不是幡動，仁者心動。”（仁者，對他人的尊稱。）此言一出，眾僧全都“駭然”。印宗即引惠能至上席，“征詰奧義”，惠能答得“言簡理當”，印宗歎服：“行者定非常人。久聞黃梅衣法南來，莫是行者否？”請惠能取出傳法衣缽，讓僧眾瞻禮。惠能取出衣缽，同時把“佛法是不二之法”的“奧義”闡述一番，聽得印宗“歡喜合掌”，大讚“仁者論義，猶如真金”，向眾僧說：“此肉身菩薩也。”當下就拜惠能為師。惠能於是就在寺中菩提樹下削發剃度；智光律師為他受滿分戒（一名具足戒，據說是佛家修煉之根本），法才和尚則把他的頭發埋在地下，當年就在上麵蓋了一座塔，那就是瘞發塔（瘞，埋葬）。經曆代重修，至今猶在，以石基灰沙磚築成，高7.8米，共七層，八角形，每一立麵設佛龕佛像，上作八角攢尖頂。塔形仿樓閣式，具唐宋風格，是寺中珍貴文物。
南朝宋元嘉十二年（435），天竺（古印度）高僧求那跋摩在王園寺（今光孝寺）中始創戒壇，設道場，並在寺中立了一塊石碑，上麵寫上這麼一句預言：“後當有肉身菩薩於此受戒。”250多年後，六祖惠能果然在此削發受戒，這個預言應驗了。
南朝齊中興二年（502），天竺國高僧智藥禪師帶著本國的菩提樹來到王園寺，植於戒壇畔，並預言“後一百七十年，有肉身菩薩於此樹下，開濱上乘，度無量眾。真傳佛心印之法主也。”盡管說早了幾年，這個預言亦算應驗了。
惠能以極之偶然的“風幡之論”作為契機，公開了自己的“六祖”身份。在宗印法師等高僧的支持下，當年二月為眾人“初開法門”，演說其“般若三昧”（意為“格守空寂頓悟之佛性”），創立南派禪宗，奠定了自己作為禪宗第六代傳人的“六祖”地位。這樣，廣州就不但是佛教禪宗的“西來初地”，更因惠能在此首演“禪宗妙義”而成為南派禪宗的發源地；南派禪宗後來成為中國禪宗的正統，光孝寺因而被尊為禪宗祖庭。
今光孝寺內，有六祖殿，原名“祖堂”，北宋大中祥符年間（1008—1016）始建，清康熙三十一年（1692）重建。供奉六祖。瘞發塔在大雄寶殿後麵。過去寺院中有旗杆與幡，相傳惠能就是在那裏發其“風幡之論”的。另有睡佛閣，亦稱風幡堂，始建於唐神龍年間（705—707），即為紀念此論而建。在寺院東廊壁上，有“五祖秘授惠能衣缽”及“惠能發風幡論”的繪畫。都是六祖事跡的藝術再現。