隻能放火而不能撲火的道子得悉王恭、殷仲堪、桓玄、楊佺期、庾楷起兵的消息，心中憂俱，不知所措，整日隻知道喝酒消愁。他的兒子元顯雖然隻有十六歲，卻有些聰明，而且涉獵廣泛，誌氣果銳，以社稷安危為已任，頗能沉得住氣。
道子便讓兒子為征討都督、假節，領兵討伐王恭。廬江太守張法順以刀筆之才，為元顯謀主。元顯交結朋援，多樹親黨，非常高明地使用了離間計。
原來王恭出身於顯赫的門閥，所依靠的是北府兵將領劉牢之，但從心底看不起門第低微的劉牢之，引起劉牢之內心的怨恨。
元顯利用這個矛盾，派參軍高素勸說劉牢之歸順朝廷，許諾事成後把王恭的位號授給劉牢之。
劉牢之也是一個利欲熏心的人，聽說背叛王恭、投附元顯有這麼大的好處，沒有猶豫，答應高素，臨陣俘獲王恭送建康，旋即斬首。
京師之困被解除，朝廷加封元顯為散騎常侍、中書令，領中領軍。
元顯使用同樣的詭計，拆散桓、楊、殷的聯合，蒼天好像特別眷顧他似的，桓、楊、殷三鎮居然未經戰鬥，撤回荊州。三人之間名義上還維持同盟關係，內心卻互相猜疑，這讓元顯鑽了空子，如願以償。
順風順水的元顯有點兒得意忘形，竟然把詭計用到他老子道子的頭上。荊州兵退，元顯知道他老子威信掃地，便謀篡道子手中的權利。恰值道子有病，每日酣飲濫醉，元顯便讓朝廷免去他老子的司徒、揚州刺史職務，但少年老成的他考慮到自己太年輕，不好擔任兩個職務，幹脆一分為二，讓琅琊王司馬德文任司徒，自己任揚州刺史。
道子酒醒後，知道這一切，內心很生氣，但念及是自己的兒子，無可奈何，隻能打掉牙往肚子裏咽。
外亂剛剛平定，東南一帶發生叛亂，禍根來自永嘉南渡的士族孫泰、孫恩叔侄倆。
孫泰山東膠南縣境南人，字敬遠，祖籍琅琊，家族世奉五鬥米道。錢塘人杜子恭是五鬥米道首領，收孫泰當徒弟，把生平秘技全部傳給他。子恭死後，孫泰繼續傳道，趁機騙財騙色，生下六個孩兒，愚昧的百姓沒有識破他的麵目，把他奉若神明。
東晉黃門郎孔道、鄱陽太守桓放之、驃騎諮議周勰在元顯處不斷地替孫泰說好話，使他的名氣越來越大，即使身居高位的元顯，也時常跑到他的住處，求習秘術。
孫泰表麵上跟元顯打得火熱，騙取他的信任，做到新安太守，看天下起兵，以為晉朝的運祚將盡，便私集幾千兵馬，號為義兵，意圖作亂。就這樣，孫泰通過傳道，形成以琅琊孫氏為核心的，上有某些統治階級頭麵人物為靠山，下有敬之如神的“百姓”為基礎的地方勢力。
朝士盡管知道孫泰心懷異謀，但礙於他與元顯的關係，沒有人告發他，隻有會稽內史謝輶跑到道子處，偷偷地揭發他的陰謀。
道子與元顯雖然有矛盾，但他們畢竟是內部矛盾，在對待“異己”的態度上卻是一致的。元顯利用自己與孫泰的關係，把他騙進京都，擒拿斬首，並殺了他的六個孩兒。
孫泰的侄子孫恩聽到這個消息，逃奔入海。由於孫泰聚兵謀反仍屬於低等士族反對當權的門閥世族的統治階級內爭，他的被殺並未在東土引起太大的動亂。當時一些五鬥米道的信徒不相信他真的被殺死，認為他是“蟬脫登仙”，紛紛到海島投奔孫恩，並給孫恩饋贈資財。盡管有部分五鬥米道信徒們的支持，但孫恩在海島上隻不過聚集百餘名堅決擁戴他的信徒，力量弱小，根本無力抗衡朝廷，隻好耐心等待時機，準備舉兵反晉，以便為叔父報仇。
機會終於來了，公元399年10月，生殺任意、剛愎自用的元顯迫於上遊桓玄和北府兵劉牢之兩大勢力的威脅，想建立一支完全屬於自己的軍隊，但兵源不足，於是把三吳的青壯奴隸移置京師服兵役，號曰樂屬，既損害地主們的利益，也損害那些已成家立業奴隸的利益，加劇當時的社會矛盾，成為孫恩作亂的導火線。
一段波瀾壯闊的曆史從這裏開始拉開序幕。