年羹堯被打擊的時候，隆科多也同時挨整，隻是結案在後。雍正三年（1725年）五月，雍正便發動群臣譴責隆科多；當年六月，年羹堯的兒子和隆科多的兒子同時被懲。雍正四年（1726年）正月，隆科多被派往蒙古和俄國談判疆界問題。本來隆科多在談判中表現強硬，但後來卻發生了“玉牒”之案，導致隆科多被召回，替換他的策淩在隨後的談判中做了很大讓步，在後來的《布連斯奇條約》和《恰克圖條約》中將貝加爾湖一帶和唐努烏梁海以北地區，這些原屬於當時大清帝國的領土（本是蒙古人遊牧的地區），劃入了俄國的版圖。這不得不說是雍正的失策。
所謂“玉牒”案，是指隆科多私藏了記載皇家宗譜的玉牒，這玩意非常之神聖，“除宗人府衙門，外人不得私看，雖有公事應看者，應具奏前往，敬捧閱看”。由此，雍正以“大不敬”之罪開始整肅隆科多。雍正四年（1726年）十月，隆科多被定41項大罪。雍正說，隆科多本應處斬，看在他是先帝駕崩時惟一承旨人的份上，姑且饒他不死，就將他圈禁在暢春園的附近，讓他在先帝的院外閉門思過罷！
雍正六年（1728年）六月，隆科多死於禁所，雍正給他發放了喪葬費，待遇比年羹堯要強許多。如此看來，雍正似有隱情。如有隱情，隆科多則必為知情人。
所以說，隆科多的死，其實是因為他自己說不清。他說不清自己在雍正即位的過程中到底發揮了什麼作用。如果說是決定性作用的話，那就更加死定了－－－－沒有那個皇帝願意承認自己的皇位是靠某個下屬得來的。隆科多若是忠誠的執行了康熙的遺詔，尚且不得活；如果是改詔的話，哪裏還會有他的活路呢？怪不得隆科多說自己白帝城受命之日，即位死期開始之時。看來，是康熙把他給害苦了。
前麵的故事還有個結尾，說後來塾師得知年羹堯就被雍正捉拿後，趕緊北上買通了看管的人，見到了年羹堯。見後，塾師大哭，年羹堯笑道：“大丈夫視死如歸，皇上既然要定我死罪，我也不存生還的希望。我以儒生起家，一生南征北戰，風光一時，各種榮華富貴也早已享受過，此生無憾。隻是幼子放心不下，還望先生多多照應。”不久，年羹堯便被雍正賜令自盡，年家隨後被抄，諸子弟也被遣戍邊疆，不得善終。幸好塾師教的幼子因為年紀小，也沒有擔任官職，才得以脫漏。
某夜，從北方來了兩個乞丐，沈家的看門人給他們錢也不走，堅持說：“但得見主人一麵，雖死無憾。”塾師出去一看，原來是年羹堯的幼子和原來的老仆人。塾師見後大哭，趕緊讓兩人進屋藏匿，這才保住了年羹堯的後人。