天威難測，盛極則衰。年羹堯一高興，腦子就糊塗了。他像個被寵壞的孩子，也開始居功自傲，專橫跋扈，經常做出些超越本分的傻事。譬如在西安都督府，年羹堯也弄得像朝廷一樣，令文武官員逢五逢十做班，轅門和鼓廳也畫上四角龍。他給人東西叫“賜”，吃飯稱“用膳”，請客叫“排宴”，弄得自己跟皇上一樣。在和其他督撫、將軍的行文中，年羹堯經常使用皇帝才有的命令口氣。就連雍正派來的禦前侍衛，年羹堯也隻把他們當成前迎後隨的下人廝役使用（正如二月河在《雍正皇帝》的描述）。
由於雍正的寵信，凡是年羹堯所保舉的人，吏部和兵部都優先錄用，時稱“年選”。在西北年羹堯的轄區，“文官自督撫以至州縣，武官自提鎮以至千把”，雍正都給了年羹堯很大的任免權力，年羹堯也不自知，他便利用這個機會排斥異己，任用私人，形成了一個“年記”小集團。另外，年羹堯利用手中的任免權，買官賣官，貪贓受賄，侵蝕錢糧，算起來也有數百萬兩銀子之多。當然，這事要在康熙朝的話，也許皇帝睜一眼閉一眼就過去了，但雍正初年正是嚴厲整頓吏治、清欠虧空的時候，年羹堯也是撞在槍口上。
雍正二年（1724年）十月，年羹堯第二次進京陛見，這成為他人生由盛轉衰的拐點，可惜他當時還是一點都不知道收斂。赴京途中，他居然令都統範時捷、直隸總督李維鈞等跪接跪送。到京後，王公以下官員出城跪迎，年羹堯坐在馬上，安然行過，看都不看一眼。王公大臣下馬向他問候，他也隻是點點頭，完全不放在眼裏。年羹堯的跋扈，一度引起了京城士大夫們的公憤。更有甚者，年羹堯在雍正麵前，居然也“箕坐無人臣禮”。在此之前，本就很多人告年羹堯的狀，雍正見年羹堯這個樣子，這下真的火了。
雍正二年十一月十五日，雍正借著京中出現“雍正賞兵乃是年羹堯主意”的謠言，指桑罵槐說：“朕又不是三歲小孩，難道還要年羹堯的指點！難道因為年羹堯強為陳奏，朕才賞兵的麼？”“年羹堯的才能，做個大將軍或者總督是有餘的，但怎麼可能具備天子的聰明才智？！”雍正又說，那些人造謠是因為嫉妒中傷年羹堯，但話外之意，也有警告年羹堯切莫驕橫過度的意思。
雍正二年（1724年）十二月下旬，年羹堯奏報回到西安，雍正在他的折子上批了一段關於功臣保全名節的話：“凡人臣圖功易，成功難；成功易，守功難；守功易，終功難。若倚功造過，必致反恩為仇，此從來人情常有者。爾等功臣，一賴人主防微杜漸，不令至於危地；二在爾等相時見機，不肯蹈其險轍；三須大小臣工避嫌遠疑，不送爾等至於絕路。三者缺一不可。我君臣期勉之，慎之。”雍正的這段話意味深長，等於是第二次給年羹堯警告了。
還沒等看明白雍正什麼意思，年羹堯又犯了一個大錯。雍正三年（1725年）三月出現了“日月合璧、五星聯珠”的祥瑞天象，大臣們紛紛上表祝賀，年羹堯也上了一表。不料別人的馬屁都沒事，偏他不小心拍到了馬腳上。原來，年羹堯在表中把“朝乾夕惕”寫成了“夕惕朝乾”，結果讚美的話變成了諷刺之語。雍正接閱後大怒，說：“年羹堯平日非粗心辦事之人，直不欲以‘朝乾夕惕’四字歸於朕耳。觀此，年羹堯自恃己功，顯露不臣之跡，其乖謬之處，斷非無心！”盡管年羹堯後來一再進折請罪，但雍正就此抓住不放，要借此機會置年羹堯於死地了。
由此，雍正開始正式修理年羹堯。首先，雍正將四川和陝西的官員一一撤換，並對那些人分化瓦解，讓他們和年羹堯劃清界限。隨後，雍正撤了年羹堯川陝總督的職，並命他交出撫遠大將軍印，調他去做杭州將軍。年羹堯毫無還手之力，還得具折謝恩。雍正在他的折上批道：“朕聽說有個謠言叫‘帝出三江口，嘉湖作戰場’。朕倒要讓你去那裏做做官！朕想你要是自稱帝號，那也是天數，朕也沒辦法。要是你自己不肯做，那有你統朕數千兵在此，你斷不容三江口有人和朕爭帝位吧？看你回的兩個折子，朕實在是心寒至極。看來你還是不知感悔。上蒼在上，朕若負你，天誅地滅，你若負朕，不知上蒼如何發落你也！”
善於察言觀色的朝中大臣們乘機對年羹堯落井下石－－－－－他們早就對老年不滿了！朝廷內外，大小官員，這下看清形勢，一個個挺身而出，大力揭發年羹堯的罪狀。當年六月，雍正又下令將年羹堯的杭州將軍革去。十一月，年羹堯被械係至京。十二月，經過大臣們的群策群力，年羹堯被徹底打翻在地，朝廷議政大臣向雍正提交了審判結果，乖乖，最後老年被定了92款大罪，分別是：大逆罪5條，欺罔罪9條，僭越罪16條，狂悖罪13條，專擅罪6條，忌刻罪6條，殘忍罪4條，貪婪罪18條，侵蝕罪15條。
隨後，大臣們乘勝追擊，請求對年羹堯明正典刑。雍正接報後假惺惺的說，這92款中應服極刑及立斬的就有30多條，但念及年羹堯功勳卓著，殺了他怕天下人不服，自己還要背上殺戮功臣的惡名，這次姑且格外開恩，賜其在獄中自裁。另外，年羹堯的嫡親子孫送邊地充軍，家產全部抄沒，就連族中的人也受連累，凡是做官的一律革職（處罰如此之重，估計和當時年妃已死有關）。可憐年羹堯當時是何等地威風赫赫，叱吒風雲，但在雍正的麵前，不過是案上魚肉，任其宰割，最後落得一個身敗名裂、家破人亡的悲慘結局。
其實年羹堯除了做人比較失敗外，對雍正是根本沒有二心的。就是到了最後關頭，他也還對雍正抱有很大幻想。據說年羹堯接到雍正命他自裁的諭令後，一直不肯動手，他向雍正上書哀求說：“臣今日一萬分知道自己的罪了，求主子饒了臣，臣年不老，留下這一犬馬，為主子慢慢效力”。他當時還在幻想雍正隻是嚇嚇他，最後會饒他不死。不料雍正接到年羹堯的上書後，冷笑一聲，答複道：“爾自盡後，稍有含冤之意，則佛書所謂永墮地獄者，雖萬劫不能消汝罪孽也”（年羹堯還沒死呢，雍正倒先詛咒上他了）。年羹堯隻得苦笑道，好，算你狠，隻好拿了根繩子自盡了。