在元朝內亂之際。在元末農民起義中崛起的朱元璋自稱皇帝，改國號為大明，出兵北伐元朝。眼看江山丟失在即，惠宗又歸罪於愛猷識理達臘，殺了當初提出太子統兵建議的伯元臣、李國鳳等人，於至正二十八年，即1368年，洪武元年閏七月撤銷大撫軍院。恢複了擴廓帖木兒河南王、太傅、中書左丞相等官爵，令其出兵勤王，不過為時已晚。至正二十八年閏七月二十八日。明軍逼近大都，惠宗與奇皇後、愛猷識理達臘等人及百官從大都健德門倉皇逃往上都，元朝在中原的統治結束，北元開始。
大敵當前，麵臨危局，元惠宗妥歡帖睦爾與太子愛猷識理達臘重歸於好。一致對外。在逃往上都的路上，奇皇後再次要求愛猷識理達臘派兵高麗興師問罪。為她的家族報仇，但愛猷識理達臘沒有聽從她的提議。十一月二十四日。愛猷識理達臘領兵屯於紅羅山，伺機收複大都。至正二十九年三月二日，愛猷識理達臘請率精騎直搏大都，惠宗妥歡帖睦爾沒有許可。至正二十九年六月十三日，明軍逼近上都，惠宗與愛猷識理達臘等人連夜出奔應昌（今內蒙古克什克騰旗），四天後，上都失守。至正三十年正月初二，惠宗病重，詔皇太子總軍國事務。
至正三十年四月二十八日，元惠宗駕崩，皇太子愛猷識理答臘在應昌繼承了皇位，是為元昭宗。五月十六日，明將李文忠奇襲應昌，元宮後妃以及昭宗的兒子買的裏八剌被明軍俘虜，隻有昭宗率十餘騎突圍，出奔和林（今蒙古國哈爾和林）。
元昭宗愛猷識理達臘向奔逃後，痛定思痛，力圖恢複中原，中興元朝。他改年號為“宣光”，取杜甫《北征》詩中“周漢獲再興，宣光果明哲”之意，希望成為周宣王、漢光武帝那樣中興國家的君主。昭宗“延攬四方忠義，以為恢複之計”，特別是不計前嫌，重用在定西沈兒峪新敗的擴廓帖木兒，拜他為都總兵、河南王、中書右丞相，並起用哈剌章、蠻子等人，大有振作軍威之勢。
當時北元的領土除了漠北以外，還保有河西走廊、遼東、雲南等地，勢力還是相當強大的，於是明太祖朱元璋在宣光二年正月派徐達、李文忠、馮勝三道出師，討伐北元，欲“永清沙漠”。擴廓帖木兒先是佯敗，誘敵深入，大破明軍，中路徐達部陣亡萬餘人，東路李文忠部在漠北雖未像徐達那樣完敗，但也損失慘重，撤兵而還，隻有西路馮勝、傅友德部連戰連捷，大獲全勝，占領北元的甘肅全境。這次戰爭挫敗了明軍進攻的銳氣，保住了元王朝的一線命脈，是元昭宗愛猷識理達臘領導下的一個重大成就。
此後數年時間，明朝對北元改為守勢，元昭宗整合雲南、遼東各方勢力，以求進軍中原，高麗的新王辛禑也棄明投元，並派謝恩使李子鬆入漠北朝賀，上表稱頌昭宗“敷虞文德，兩階之舞雍容；複漢官儀，十行之詔密勿”。昭宗君臣看見穿著朝服行禮的高麗使臣後老淚縱橫，說：“自我播遷，困於行間，不圖今日複見禮儀！”
當時，元昭宗過著“流離無寧、衣食艱辛”的日子，他徙帳金山（今阿爾泰山）之北，繼續籌劃反攻中原事宜，但仍然不能越雷池一步。擴廓帖木兒、納哈出多次騷擾明朝，均被擊退。北元與明之間也不總是衝突，明太祖曾在宣光四年，明朝與北元南北對峙，當時的高麗詩人李穡的詩句“宣光洪武二龍飛，外國孤臣雙淚揮”，就反映了這種局麵。
宣光五年，即1375年，洪武八年，八月，元昭宗的股肱之臣——擴廓帖木兒死於金山之哈剌那海衙庭，匡複大元的希望愈發渺茫。此後昭宗任用闊闊帖木兒為中書省太師。宣光八年四月，愛猷識理達臘去世，廟號昭宗，汗號必裏克圖汗，蒙古語意為“聰明”的意思。元昭宗愛猷識理達臘死後由其弟益王脫古思帖木兒繼位，年號為“天元”，又稱天元帝。十年後，明軍大破北元於捕魚兒海，北元徹底崩潰。元朝蒙古帝國勢力最後終結。(未完待續)