達爾文在寫完了《論蚯蚓》後，感到自己的身體越來越虛弱，原來還有許多研究的想法，隻怕難以實現了。
一天，達爾文和愛瑪兩個人坐在沙發上聊天。達爾文說：“這些日子以來，我越來越感到力不從心了。”
“你的身體不好，也該休息休息了。”一直以來，愛瑪都時時刻刻地關心、照顧著達爾文的健康。
“可是，這裏還有這麼多的工作，我真希望能夠把它們都做完。不過，看來肯定是有好多來不及完成了。”
“不要這麼說。休息一段時間，等你的身體好起來，就可以繼續你心愛的研究工作了。”愛瑪心裏十分難過，她克製著自己的感情，盡量設法安慰達爾文。
到了冬季，達爾文的身體更加衰弱了。愛瑪陪他去倫敦看醫生，住在女兒家。
有一天，天氣晴和，達爾文自我感覺還好，便去拜訪一位生物學家。想和他討論一些關於生物學的問題。誰知主人不在家，他在門口突然感到一陣暈眩。
“先生，讓我扶您進去坐會兒吧。”仆人扶住達爾文說。
“不用了。既然主人不在家，就不必給您添麻煩了。”達爾文從不願給人增加麻煩。
“那我送您回去吧。”仆人很關心地說。
“謝謝!我自己坐馬車回去就行了。”達爾文沒有讓仆人幫他叫馬車，而是自己艱難地朝可能碰到馬車的方向走去。
第二年的春天，他時常感到胸部疼痛，同時脈搏也不正常，幾乎每天下午都會感到不舒服。3月7日，天氣晴朗，春光明媚。達爾文已經很久沒出去散步了，他感覺身體似乎好一些，就拄著拐仗向花園走去。
他預感自己不久就要離開人世了。回憶往事，心潮起伏。“當初父親和老師都認為我是個平庸的孩子，甚至低於一般人的智力水平。可出人意料的是，我這樣一個才智平庸的人，居然在很大程度上影響了人們的信仰。”
達爾文沿著小路慢慢向前走著，“當然，我曾經不斷地追求科學，並且把我的一生獻給了科學，我相信這樣做是正確的。但是使我感到遺憾的是，我沒有使人類受到更直接的好處。”
想不到，從此，達爾文的病情日見加重，臥床不起了。經過醫生的診治，4月初，達爾文的病情又比較穩定了。
1882年3月18日上午，達爾文感覺身體舒適一些，就想看看兒子弗朗西斯正在進行的實驗情況。
“弗朗西斯早晨出去辦事了，你有什麼事嗎?”一直守在他床邊的愛瑪問。
“今天的實驗記錄還沒有記呢。”達爾文掙紮著起來，在愛瑪的攙扶下，來到兒子的房間，幫助兒子把正在進行的實驗情況記錄下來。
回到房裏，他氣喘籲籲地躺到沙發上，晚餐也沒有吃就上床睡了。
夜間，達爾文感到嚴重的胸痛、翻胃。不一會兒就昏迷了。
“查理!查理！愛瑪伏在他的床邊，呼叫著。兒女們也圍在床邊哭喊著。
達爾文蘇醒過來，他拉著愛瑪的手說：“我一點兒也不怕死。我死以後，你要拿出一部分錢來，資助出版我那第一本關於‘物種起源’的筆記，還要繼續資助植物名彙的出版工作……”
一陣可怕的翻胃打斷了他的囑咐。愛瑪不停地勸說：“安靜些，等一等再說吧。”
女仆老貝西正流著淚打掃著達爾文吐出來的食物。“謝謝!老貝西!”他又對愛瑪說：“她已經在我們家幹了30年了，在她退休的時候要送給她一幢小房子，每周養老金至少十先令。”
“我知道，你放心吧。”愛瑪不停地流著淚說。“好……好……”達爾文又昏迷過去，再也沒有醒來。
26日，許多科學界人士參加了隆重的葬禮。作為一個不斷追求真理，並且做出劃時代貢獻的偉大科學家，達爾文被安葬於威斯敏斯特教堂。這裏安葬著許多著名人物。在這裏，他與偉大的物理學家牛頓的墓並排在一起，他將和牛頓一樣永遠受到人們的懷念和敬仰。