隨著形勢的發展，清代前期的帝王清醒地看到，這種羈縻政策也有弊端，就是少數民族首領權限過大，容易形成割據，建立獨立王國，於是，采取了“不變舊製，因勢利導，集權中央”的因俗而治的民族統治政策。與此同時，實行毒辣的一手，在各族之間進行挑撥離間，實行種族隔離，分而治之的策略，使之互相仇殺，不能擰在一塊。如在回疆，分設漢城與回城，回漢之間嚴禁往來。又規定蒙漢民族不能通婚，即使已經嫁娶，也要迫令離異。在蒙古地區，將蒙古族人民分割隸屬於二百多旗，旗和旗間不準越界放牧。大家都看過《蒼原》這個戲，講的是清代早年蒙古族土爾扈特部在奉行愛國主義的民族英雄渥巴錫的率領下，經過長期浴血奮戰，終於擺脫了沙皇統治，回歸祖國的事跡。根據清廷安排，渥巴錫一行到了承德之後，在木蘭圍場覲見了乾隆皇帝，幾天後又陪駕到了避暑山莊。全部王公貴胄都受到了優厚的賞賜，部眾也都得到了應有的賑濟與撫恤，體現了清政府的收撫政策。但是，乾隆皇帝對於他們還是存有戒心的。在向他們頒發官印時，安排六個核心成員分任六個地區的盟長，分散到遙遠的邊疆，徹底改變其統一立汗的體製。這是清政府為防止其割據、獨立所采取的“眾建以分其勢”，“指地安置，間隔而住”的重大策略。這樣處理的結果，也使個別成員醞釀中的爭權奪位的矛盾，消解在萌芽狀態。
任何統治者為了維持其統治都必須進行社會控製。社會控製手段有兩種：一是行政管理、法律等剛性社會控製手段；一是道德、宗教、習俗等彈性社會控製手段，這是通過滲透人的心理而發生作用，控製作用是間接的、穩定的、長期的。宗教的作用可不簡單，它對於整個世界的經濟發展、政治運動、社會變遷、人類生活都發生著重大的影響。當今世界地區的熱點問題，絕大多數都是由於民族、宗教矛盾引起的。二者既有聯係又有區別。宗教能使一個民族具有凝聚力，而民族又往往使某種宗教具有生命力。民族借宗教張揚其個性，宗教利用民族擴大其影響。宗教背後，起根本作用的是經濟和政治因素，宗教衝突一般都源於經濟、政治的衝突。一切宗教的根須都深深紮在現實社會之中。但它的表現形式，卻如馬克思所說的，“更高地懸浮於空中的思想領域”。即使是這樣，這個意識形態也“必須從物質生活的矛盾中，從社會生產力和生產關係之間的現存衝突中去解決”。
列寧說過，“政治目的在一定時期內可以成為創造宗教的出發點”。清朝統治者認識到，宗教“足資利用，誠為安塞固疆之良策”。藏傳佛教，俗稱喇嘛教，不僅為藏族所信仰，而且為蒙古族所遵奉。本來，滿族早期是信奉薩滿教的，後來，努爾哈赤為了結好蒙、藏和安撫漢族，便改為注重漢族信仰，尊崇喇嘛教。在赫圖阿拉一次便修建七座漢藏寺廟。早在清軍入關之前，清王朝就開始實行利用藏傳佛教統治蒙藏民族的策略。崇德三年，為紀念漠南蒙古四十九旗統一，在沈陽修建了實勝寺，又稱皇寺，為清入關前盛京最大的喇嘛寺院。轉年在沈陽四門分別建永光寺、延壽寺、廣慈寺、法輪寺，每寺建白塔一座。順治十年，清政府冊封了達賴喇嘛五世，從此確立了曆代達賴喇嘛都必須經過中央政府冊封的製度。由於那些宗教首領具有代皇帝統馭其地其民的實際作用，因此從康熙開始，便在熱河避暑山莊外圍相繼建立了十五座大型漢藏寺廟。利用宗教穩定邊疆的做法，也產生了不可忽視的消極影響：少數民族中僧侶勢力嚴重膨脹，不事生產和生育的喇嘛人數過多，社會人口結構呈畸形狀態，非生產人口比例過大，抑製了邊疆地區人口再生產，減少了發展經濟所必需的社會積累。
綜觀清代的邊疆政策，由於在一定程度上突破了“華夷之辨”的界限，加之清朝統治者在思想感情上與少數民族比較接近，因此，獲得了比以往各朝代都成功的效果；但是，在鴉片戰爭以前，因為片麵地追求社會穩定而犧牲了社會發展，這也是一個很大的失誤。
四
清入關前的統一之路是以武力開拓的，努爾哈赤以其赫赫的武功，統一了女真各部，建立了後金政權，挺進遼沈地區。但就在這種情勢下，仍然可以見到文化在凝聚本民族中所發揮的巨大的精神力量。當時女真族的固有文化最突出的表現，是尚勇武、重財力，這是全民族認同的指導思想。為此，他們鼓勵與發揚女真民族的勇武進取精神，堅持實行獎勇罰怯的物質刺激政策，從而在全社會形成了以多殺敵、多繳獲為榮，以無功、無獲為恥的社會風尚。達到“出征之時，無不歡躍，其妻子亦皆喜悅，惟以多得財物為願”的景象。他們在很長一段時間裏，文化傾向是向蒙古族文化靠攏，而對漢文化則采取疏遠和戒備的態度，甚至對於漢族知識分子加以瘋狂的屠殺與迫害。然而，隨著統治範圍的擴大，漢族的博大精深的文化這個巨大的存在是無法回避的，而且，朝廷內外也積累下大量的社會矛盾問題無法解決，於是，在皇太極當政時期，出現了文化傾向的轉型。以少數民族入主中原的清朝征服者清醒地認識到，坐天下和取天下不同，八旗兵、綠營兵的鐵騎雄師終竟踏平不了民族矛盾和思想方麵的歧異。解決人心的向背，歸根結柢，要靠文明的偉力，要靠廣泛吸收知識分子。他們自知在這方麵存在著致命弱點：作為征服者，人口少，智力資源匱乏，文化落後；而被征服者是個大民族，擁有龐大的人才資源、悠久的文化傳統和高度發達的文化實力。
如果說，他們對於蒙古族主要是著眼於借重武力的話，那麼，對於漢族則重點放在籠絡知識分子上。他們承襲明末以來用八股文取士的做法，把應試者（囊括了絕大多數的知識分子）的思想納入符合封建統治規範的軌道，完全局限在“四書五經”和朱熹集注的範圍之內；把知識、思想、信仰範疇的喧嘩與騷動控製在固有的格式、現成的語義之中。應試者隻能鸚鵡學舌般地編串經書，不能聯係社會實際，更不準發揮自己的見解，漸漸地成為不再有任何新知灼見和非分想望的“思想植物人”。就這樣，清代統治者扮演著君主兼教主的雙重角色，把皇權對於真理的籠斷，治統對於道統的兼並結合起來，再強化文字獄之類的高壓、恐怖手段，全麵實現了對於異端思想的嚴密控製。
開始於順治一朝的清代文字獄，延續到康熙、雍正、乾隆三朝，步步升級，愈演愈烈。隻要發現思想、言論上有越軌的，不管有意無意，或是或非，立即以重罪論處，輕者革職，重者立斬、絞殺、棄市、寸磔，還要禍延親族，已死的也不放過，要開棺戮屍。這種對思想文化的嚴密箝製，到乾隆朝達到頂峰，乾隆在位期間，共興文字獄七十餘起。許多讀書士子因為片言隻字，遭致身死族滅。一時，陰風颯颯，殺氣森森，朝野上下到處充滿了血腥氣味。“避席畏聞文字獄”，確是最典型的概括。時政不許議論，夷夏之防不許涉及，連纂修古史也都會觸犯時忌。以致明史諸傳，不敢具實錄事，有的隻好記下一串空名；為詩文者，大多隻是歌功頌德，或者如《紅樓夢》第一回所說：“開口文君，滿篇子建，千部一腔，千人一麵。”嚴重窒息了思想文化的發展。
俗話說：“打一巴掌給一個甜棗。”清朝統治者也是這樣做的。正是那位大興文字獄的康熙皇帝，在清代首次開設博學鴻詞科，對那些自負才高，標榜孤忠，或不屑參加科考，隱居山林，又確實有些聲望的文人、逸士，由大臣或地方官疏薦上來，經過皇帝直接麵試，再分別情況授予爵祿。消息傳出，全國震動，吸引了許多士人，連有些稱病在家、一旁觀望的碩學鴻儒也都報名應試。正像一首諷刺詩所寫的：“聖朝特旨試賢良，一隊夷齊下首陽。家裏安排新雀領，腹中打點舊文章。當年深悔慚周粟，此日翻思吃國糧。非是一朝忽改節，西山蕨薇已精光。”實際情況也是，凡前來應試者都受到了特殊的優渥。皇帝親自設宴招待，擺放高桌五十張，布菜十二道，並兩番賜茶，待酒足飯飽之後，再繼續答卷。最後，一百五十多人中，有五十人得中，都獲得了高官厚祿，自然是感激涕零；三分之二落第者，也不再好意思繼續以遺老、孤忠自命了。