從仲丁以來，常常撇開嫡子而由王弟及王子們來輪流繼位，有時王弟和王子還彼此爭位，接連九世的情況都非常混亂，於是諸侯就都不來朝貢了。
帝陽甲死了之後，他的弟弟盤庚繼位，這便是帝盤庚。帝盤庚繼位時，殷都已經遷到了黃河以北。盤庚渡河向南，遷回到成湯的故居。到盤庚遷都時，殷朝已經遷徙了五次國都，總是不能長期定居下來。殷人都愁歎怨恨，不願繼續遷徙。盤庚就告諭諸侯與大臣們說：“過去先王成湯與你們的先祖一起打天下，他的法則是可以一直遵循的。舍棄他的法則而不進行努力，怎麼可以弄得好呢？”於是就渡河南遷，定都於亳，遵行湯當初的治國方法。這樣做了之後，百姓得以安寧生活，殷朝的國勢重新興盛，諸侯都來朝見，這都是由於盤庚可以像成湯那樣行事的緣故。
帝盤庚去世之後，他的弟弟小辛繼位，這就是帝小辛。帝小辛繼位之後，殷朝再次衰落。百姓思念盤庚，就寫下了《盤庚》三篇。帝小辛死後，弟弟小乙繼位，這便是帝小乙。帝小乙死後，兒子帝武丁繼位。帝武丁繼位後，希望複興殷朝，但沒能找到合適的助手。因此三年沒有說話，政事都由太宰來決定，暗中觀察國家的情況。武丁在夜裏夢到一個聖人，名叫說。他觀察了眾多的官吏，沒有一個能跟夢中所見的人相符合的。於是就派出很多畫工在民間到處尋找，終於在傅險這個地方找到了夢中的那個說。當時說作為刑徒正在傅險修建房屋。說被送到武丁那裏，武丁看到他後就說“找對了人”。跟他一交談，果然是一位聖人，就任命他為宰相，他將國家治理得非常好。於是就根據傅險這個地名來確定其姓氏，稱他為傅說。
帝武丁祭祀成湯的第二天，有野雞飛來，站在鼎耳上鳴叫，武丁感到很害怕。祖己說：“王不必憂愁，先搞好政事要緊。”祖己於是告誡武丁：“上天觀察下民，主要看他們的行為是否合乎道理，天賜予人的壽命有長有短，壽命短是因為人的行為不合道理，並不是天要讓人夭折，使人的生命過早中斷。有的人不順應道理，又不肯認罪，等到上天已按照他的表現給予了他相應的命運，才說應該怎樣改變，這就已經太遲了。唉！選王應當慎重地對待民事，大家全都是上天的後代，經常舉行祭祀的時候，禮儀不可以不合乎道理。”武丁進行政治改革，布施恩惠，使得天下的人都很歡欣，殷朝國勢又再次興盛起來。帝武丁死後，兒子帝祖庚繼立。祖己讚美武丁能夠因為怪異的野雞而修德行善，為他立廟，尊其為高宗，於是寫下《高宗肜日》和《高宗之訓》。
帝祖庚死後，他的弟弟祖甲繼位，這就是帝甲。帝甲荒淫敗德，殷朝再次衰落。帝甲死後，兒子帝廩辛繼位。帝廩辛死後，弟弟庾丁繼立，這便是帝庾丁。帝庾丁死後，兒子帝武乙繼位，殷都又從亳遷到了黃河以北。
帝武乙無道，製作了假人，把他稱為天神，跟他玩博戲，命令人代他走博棋，天神輸了，就會侮辱他。還用皮革製成袋子，盛了血，高高地掛起來，仰麵射它，稱為“射天”。武乙在大河與渭水之間進行田獵，天上忽然打雷，武乙被雷震死。兒子帝太丁繼位。帝太丁死後，兒子帝乙繼立。帝乙繼位後，殷朝變得更加衰落了。
帝乙的長子叫作微子啟。啟的母親地位較低，因此啟無法繼承王位。小兒子是辛，辛的母親是王後，因此辛成為王位的繼承人。帝乙死後，兒子辛繼位，這就是帝辛，天下人稱他為紂。
帝紂明察敏捷，耳朵、眼睛都很靈敏，勇力過人，可以徒手與猛獸搏鬥；智慧足夠用來駁斥勸諫，口才足以掩飾自身的過錯；以才能向臣下自誇，以名聲來壓服天下，認為所有的人都不如自己。他很喜歡喝酒，享樂過度，親近婦女；特別是寵愛妲己，就聽信妲己的話。他讓樂師涓創作了新的極為放蕩的曲調，還有北裏之舞與輕柔而頹廢的音樂。為了裝滿鹿台的錢庫及钜橋的糧倉，大大加重了各類稅收。又大量搜取狗、馬及各種珍奇的事物，塞滿了宮室。還擴大沙丘的園子，增修亭台樓閣，獵取了很多野獸飛鳥放到園子裏。他怠慢鬼神，他在沙丘當中大搞舞樂雜技等表演，用大池子裝酒，把大量的肉掛起來猶如一個樹林，讓大量男女光著身子在其中互相追逐，通宵飲酒取樂。百姓怨恨紂，諸侯也有很多人反叛，於是紂就加重刑罰，還想出來殘酷的炮烙之刑。
紂任命周君西伯昌、九侯和鄂侯為三公。九侯有一個很漂亮的女兒，他把她獻給了紂。九侯的女兒討厭淫亂，紂非常惱怒，就殺掉了她，還將九侯剁成肉醬。鄂侯為這件事與紂爭吵得很厲害，紂於是將鄂侯也處死，把他的肉做成肉幹。西伯昌聽到這件事後，私下裏歎息，被崇侯虎知道，他向紂告了密，紂將西伯囚禁在羑裏。西伯的臣下閎夭等人，搜羅美女、珍奇的東西及好馬獻給紂，紂就赦免了西伯。西伯出獄後獻出洛水西麵的一部分土地，請求紂廢掉炮烙之刑。紂答應了他，還賜予他弓箭斧鉞，使他有權征伐不聽命令者，讓他擔任西方諸侯的首領。紂任用費仲主管政務，費仲善於逢迎，又非常貪財，殷人都不喜歡他。紂又任用惡來。惡來喜歡說人壞話，諸侯因此更加疏遠紂了。
西伯返回自己的國家，暗地修德行善，有很多諸侯背叛紂而投奔西伯。西伯不斷變得強大，紂的權威日漸削弱。王子比幹勸諫紂，紂不聽。商容是一位賢人，百姓都很喜歡他，紂卻並不任用他。等到西伯伐沒掉了饑國，紂的臣下祖伊知道後，認定周是殷的大害，非常恐慌，跑去報告紂說：“上天已經終止了殷朝的國運，知道天意的人不敢再說我們擁有好的命運，大卜龜也不再顯示吉兆，並非先王不幫助我們這些後人，是王荒淫暴虐，自絕於上天。所以上天拋棄了我們，使我們無法安穩地生活。大家都不求知道天性，都不按照常法。現在我們的人民全都希望我們殷朝滅亡，他們說：‘上天為什麼不降下懲罰呢，天命為什麼還不到來啊？’現在王準備要怎麼辦呢？”紂說：“我生下來不是就有命在天嗎？”祖伊回去後說：“紂已經無法進行勸諫了。”西伯死後，周武王東征，到達盟津，諸侯背叛殷朝來與周人會合的有八百個之多。諸侯都說：“可以討伐紂了。”武王卻說：“你們還沒有知道天命。”於是就回國了。
紂越來越放肆地胡作非為。微子屢次勸諫，紂都不聽，於是微子就與太師、少師商量，下決心離紂而去。比幹說：“身為臣子，就算要丟掉性命也得據理力爭。”就在紂麵前極力諫爭。紂發怒說：“我聽說聖人的心總共有七個竅。”就剖開比幹的胸來查看他的心。箕子很害怕，假裝發狂去當奴隸，紂將他囚禁起來。殷朝的太師與少師看到如此情況，就帶著祭祀時所用的樂器逃往周國。於是周武王就率領諸侯去討伐紂，紂也發兵在別都妹邑郊外的牧野與周軍作戰。甲子那一天，紂軍大敗。紂逃回妹邑，登上了鹿台，穿上自己的寶玉衣，投火而死。周武王砍下了紂的頭，將它掛在“大白”旗上；並殺掉了妲己。另一方麵，釋放了箕子，為比幹的墓加上封土，在商容居住的裏巷的大門上加了褒揚他的標誌；又封紂的兒子武庚祿父為國君，繼續奉祀殷商的先祖，並讓他遵循盤庚的治國方法。殷人很高興。於是周武王就成了天子。周朝後來取消了帝號，降級稱王。殷王的後人被封為諸侯，附屬於周。
周武王去世後，武庚聯合周武王的弟弟管叔、蔡叔一同作亂，成王讓周公前去討伐，殺掉了武庚，隨後將微子立為宋君，使得殷商的先人仍有後代能夠繼續奉祀他們。
太史公說：我依據《商頌》當中的記載來敘述契的事跡。從成湯以下，依據《尚書》與《詩經》裏的內容。契的姓是子，後代分封，以國名為姓，有殷氏、來氏、宋氏、空桐氏、稚氏、北殷氏、目夷氏。孔子說，殷的路車非常好，顏色上崇尚白色。
《殷本紀》當中非常係統地記錄了商朝的曆史，描繪了一幅商部族從興起、建立、滅亡的宏偉畫卷。在商朝統治的約六百年時間當中，幾經興衰，從成湯的興起，到盤庚、武丁的中興，直到紂的滅亡，是商朝曆史當中發揮著關鍵作用的幾個最為重大的事件。司馬遷以飽含熱情的筆觸歌頌了成湯、盤庚、武丁等賢君敬畏上天、推行德政、為民的政治業績；又無情地貶抑了殷紂剛愎自用、荒淫無道、迫害忠良、殘害百姓等諸多暴行。
商朝共傳承十七代三十一王，共約五百餘年，曆史相當漫長，而司馬遷隻抓住其中幾個重點時代進行集中敘述與描寫，濃墨重彩，其他的都一帶而過，使得全篇整體虛實相映，詳略有當。在刻畫人物層麵，司馬遷抓住可以凸顯人物個性的幾個典型事例進行敘述、描寫，體現曆史的整體真實性，使人物形象變得豐滿、栩栩如生。如成湯祝網、太甲思過等，都是曆史當中的經典故事，將各位賢君修行德政的寬厚姿態表現得淋漓盡致。對於紂的描寫，幾乎完全都是以敘述的口吻，一件一件地將史實羅列出來，再加上有周文王、周武王進行映襯，一個暴君的形象躍然紙上，成為一個流傳千古的反麵典型。