史料《燕都勝跡·北平南城》記載，秦良玉立了如此大功，崇禎皇帝十分高興，破格在平台親自召見，並賜她一品服、彩幣羊酒，並賦詩四首褒獎。這四首詩的內容如下：
其一：學就西川八陣圖，鴛鴦袖裏握兵符。古來巾幗甘心受，何必將軍是丈夫。
其二：蜀錦征袍手剪成，桃花馬上請第纓。世上多少奇男子，誰肯沙場萬裏行？
其三：胡虜饑餐誓不辭，飲將鮮血帶胭脂。凱歌馬上清呤曲，不是昭君出塞時。
其四：憑將箕帚掃胡虜，一派歡聲動地呼。試看他年麟閣上，丹青先畫美人圖。
皇帝親自寫了四首詩表揚一位女將領，這是盤古開天以來極少有的事。秦良玉一介女流，居然能享受到如此崇高的榮譽，的確十分難得。不過，她所建立的功勳也應該值得這樣嘉獎。因為在後金軍兵臨城下之時，眾多須眉大將貪生怕死，推諉觀望，隻有秦良玉力挽狂瀾，這有點類似於《三國演義》中的一個情節。東漢末年，袁紹率領的聯盟大軍已逼近都城，沒有哪一支軍隊率先攻打，最後曹操看不下去，便隻身一人帶著寶刀去刺殺董卓，其英雄氣魄令人佩服。因此，秦良玉的壯舉令崇禎皇帝感慨萬端，他視秦良玉為救駕功臣，表示要“試看他年麟閣上，丹青先畫美人圖”。
與農民軍的紛爭與聯合
解了京城之危後，秦良玉從京師調回了四川，並被安排“專辦蜀賊”。
前麵，秦良玉抵抗外寇，打敗後金正規軍，此次回四川，秦良玉則開始攻打賊匪。她要搞定的賊匪是誰呢，就是大名鼎鼎的張獻忠。這個老張可不得了，幹了不少壞事。不僅殺掉了不少四川的本土居民，還欺騙了大批知識分子去參加科舉，最後將他們統統砍掉了腦袋。
明崇禎七年（公元1634年），張獻忠攻夔州——夔州為四川門戶。夔州距石砫僅三日路程，保夔州即保石砫。秦良玉是朝廷命官，守土有責，石砫是她安身立命之所。因此，年過花甲的秦良玉再次披掛上陣，風采不減當年，迫使張獻忠退回湖廣。
明崇禎十三年（公元1640年），羅汝才屯駐湖廣，謀進四川。五月，轉克巫山，入瞿峽，直抵夔州。秦良玉再次前往阻擊，先後在馬家寨、留馬埡、仙寺嶺同羅汝才激戰。同年九月，張獻忠、羅汝才聯手入川，在竹菌坪（今重慶市奉節縣城北）射殺了號稱“神弩手”的張令。當時秦良玉與張令互為掎角，但因“趨救不及，轉戰複敗，所部三萬人略盡”。秦良玉隻好單騎走見四川督撫邵捷春說：“事急矣！盡出吾溪峒卒可得兩萬人，我自稟其半（自出軍糧一半），半餼之官（官府出一半），足以破賊。”然而，邵捷春未采納秦良玉的意見。秦良玉萬般無奈，隻有退保石砫一地。
明崇禎十六年（公元1643年）冬，秦良玉升任四川總兵官。明崇禎十七年（公元1644年）正月，張獻忠率馬步、精兵數十萬，長驅直入夔州。秦良玉再交馳援，終因眾寡懸殊，隻得敗歸石砫。為了保全家鄉，她曾發布了《固守石砫檄文》。
幾個月後，京城已被李自成所率領的義軍攻破，明思宗自縊於煤山，大明王朝在風雨飄搖中徹底崩塌，李自成入主京城，張獻忠則想牢牢控製住川蜀，以作為自己的據點。張獻忠東征西戰，幾乎囊括了全蜀，卻唯對石砫彈丸之地無可奈何。已68歲高齡的秦良玉，帶著她手下曆經百戰的“白杆兵”，不畏強暴，誓死抗拒，一直到張獻忠敗亡，起義軍終沒能踏入石砫半步。
隻可惜，1644年清軍入關，形勢驟變，清廷取代了大明王朝，迅速西進南下。大順、大西農民軍餘部與南明政權轉而出現聯明抗清的局麵。秦良玉也和農民軍停止幹戈，重新投入抗清的行列。
秦良玉終究老了。在清順治五年（公元1648年），75歲的秦良玉在一次檢閱過“白杆兵”後，剛剛下馬，身體就意外一歪，腦溢血去世，結束了她寶貴的生命。不過，她不計安危、舍家破財、愛國愛民的情操，忠貞衛國、至死不渝的高風亮節，受到了天下人的崇敬和愛戴。
為了紀念秦良玉的豐功偉績，後人在其駐兵遺址修建了四川會館，祠堂內供奉秦良玉戎裝畫像，龕前還有副對聯：“出勝國垂三百年，在劫火消沉，猶剩數畝荒營，大庇北來梓客；起英魂天九幽地，看遼雲慘淡，應添兩行熱淚，同聲重哭天涯。”
不少文人雅士也對秦良玉有許多讚美，其中歌頌秦良玉最讓人感動的詩篇，當算清末女英雄秋瑾，詩歌如下：
其一：古今爭傳女狀頭，誰說紅顏不封侯。馬家婦共沈家女，曾有威名振九州。
其二：執掌乾坤女土司，將軍才調絕塵姿。花刀帕首桃花馬，不愧名稱娘子師。
其三：莫重男兒薄女兒，平台詩句賜娥媚。吾驕得此添生色，始信英雄曾有此。