郭璞說。最早說郭璞作《水經》的是《舊唐書·經籍誌》，其曰："《水經》三卷，郭璞撰。"《新唐書·藝文誌》則含糊其辭，曰："桑欽《水經》三卷，一作郭璞撰。"南宋末年的王應麟在其所著的《困學紀聞》中載："《水經》所載及魏晉，疑出於璞。"元朝歐陽玄則肯定《水經》是郭璞所著，他把郭璞與酈道元並舉在他的《補正水經序》中曰："借曰《舊唐誌》可據，則作者南人，注者北人；在唐時皆在此疆彼界之殊，又焉知其詳略異同，不限於一時聞見之所逮"。還把郭璞、酈道元與作《補正水經》的金朝禮部郎中蔡王圭並提。這樣一來，元明之時，不少文人學者在他們的著述裏皆曰郭璞寫過《水經》。
郭璞是東晉的學者，他曾注過《山海經》。說他作《水經》的理由是：一、《水經》中有許多西漢以後的地名，這些地名當然不可能是西漢時桑欽所能預知的。為此，唐人杜佑在《通典》中斷定《水經》是東漢順帝以後的人所纂定。二、《水經》中也有許多魏晉的地名，因此王應麟疑為晉人郭璞所作。不過不少研究者提出不同意見。閻若璩首先發難，他在《尚書古文疏證》中說《水經》不是郭璞所作。後來趙一清又詳細論證，認為《水經》不可能是郭所作。綜合各家意見，否定郭璞著《水經》的理由大體上是：一、酈道元在《水經注》中常引用郭璞之說，假如《水經》是由郭璞所撰，那麼酈道元為經作注，不必直呼郭璞之名。酈道元在《水經注·自序》中，也隻字未提郭璞著《水經》之事。二、《水經》經過全(祖望)、趙(一清)、戴(震)三家分別整理後，真本《水經》並無西晉時的地名。
三國時人所作說。杜佑在《通典》中列舉出《水經》經文中有壽張、臨濟、胡陸、永安四個縣名，這四個縣是東漢時所改稱，從而斷定《水經》是東漢順帝以後人所撰，自此以後，不少學者按這一線索加以深入研究。清代乾隆年間，全祖望在他的五校本《水經注》中題詞曰："《水經》為三國時人所作。"以後楊守敬在所著的《水經注疏》凡例中直接認為是三國魏人所作。他們的理由是：從《水經》所載的地名看，大抵是三國人所作。如涪水條中，稱廣漢為廣魏，這是漢以後才有的名字；鍾水條中，稱晉寧為魏寧，這顯然在晉以前寫成，因為魏寧在晉太康元年便改為晉寧。從經文大量記載三國魏國舊事看，《水經》當屬魏人所作。如氵雲水經載東過魏興安陽縣南，魏興是工所立之郡；建安十九年曹操遏淇水，東入白溝，經文載其事。類似這樣的例子，經文中還很多。充分證明《水經》是三國魏人所作。至於作者姓名如何?生平如何?這還是一個謎。即使是相信《水經》是三國時所作的學者，也不能說個大概。