宣和七年（公元1125年），金兵南下，靖康二年（公元1127年）虜去徽、欽二帝，北宋亡。趙構在臨安建立了南宋新王朝。由於軍民的奮勇抗金，才保住了南宋半壁江山。
金統治者一心想滅亡南宋，對宋一貫采取攻勢。南宋統治者一向懼怕金兵，打擊主戰派，重用投降派，相繼與金人簽訂了“紹興和議”、“隆興和議”、“嘉定和議”。用屈辱投降來換取南宋王朝表麵和平的局麵。但是統治集團中始終未能形成一個穩定的核心，高宗在位36年，參知政事前後更換了48人，平均不到一年更換一次。孝宗看到秦檜獨相18年的弊病，決心引以為戒，在位27年，任命宰相15人，其中將近半數的人任期不滿一年，最短的僅3個月。孝宗朝參知政事也多達34人，任期不足一年的有18人，最短的僅兩個月。宰相不但任期短，而且職權也受到限製。所以這時期的宰相和參知政事隻求無過，不思建樹。除輔政大臣外，其他寺、監、丞、簿、郎、曹、卿等，也往往不到一年就換人。這樣做，不利於政治上的穩定，也不利於重大決策的貫徹執行。
但是，從宋寧宗到宋理宗時期，韓侂胄和史彌遠兩個權臣幾乎掌握朝廷全部大權，前後達40年。宋代曆來削弱相權、增強皇權的情況更是為之大變。在這40年裏，蒙古軍隊前後三次向南發起全麵進攻。公元1276年元兵入臨安，延續150年的南宋王朝實際上已經滅亡了。
中央官製
宋代專製主義中央集權達到前所未有的程度，基本上消除了造成封建割據和威脅皇權的種種因素。為了防範文臣、武將、女後、外戚、宗室、宦官等六種人的專權獨裁，宋朝廷製訂出一整套集中政權、兵權、財權、司法權等各種製度。所謂中央集權，是指把地方的權力集中到中央；專製主義則是把權力集中到皇帝手裏，君主主宰一切。秦漢時代，中央集權製就已經確立起來，但專製主義還未至登峰造極的程度。宰相權力的變化就是一個例子。漢代的宰相，權力相當大，所謂“一人之下，萬人之上”，但到了宋代以後，宰相的權力就越來越小了，權力越來越集中到皇帝手裏。可以說，專製主義中央集權的加強是從宋代逐步發展的。
中樞官製是中央集權的軸心，從趙匡胤建立宋王朝開始，就對中央官製作了調整。其特點是用設官分職、分割各級長官事權的辦法來削弱其權力的。這樣，有些官隻是空名，所謂“官”，其概念隻是拿俸祿而已。這類官有兩種情況，第一，在宋太祖、太宗統一五代十國的過程中，留用了大批各國舊官員，使他們保持官位，領取俸祿，但不使掌握實權（隻對其中認為可靠者安排一些實際職務）；第二，對於宗室、外戚、勳舊，也僅授予高官，優加俸祿，而不給實職。至真宗時，便把這些措施加以製度化。按照這個製度，一般官員都有“官”和“差遣”兩個頭銜，有的官還加有“職”的頭銜。“官”隻是說明他可以領取俸祿，而職才有實際的權力。每個機關彼此互相牽製，“任非其官”的情形很普遍。例如左、右仆射、六部尚書、侍郎、大夫、郎中、員外郎、卿、少卿等，在成為官階的名稱後，就失去了原有的意義，不再擔任與官名相應的職務。這些官名隻用作定品秩、俸祿、章服和序遷的根據，因此稱為正官或本宮，又稱階官或寄祿官。其中有文資、武階的區別。差遣是指官員擔任的實際職務，又稱“職事官”。差遣名稱中常帶有判、知、權、直、試、管勾、提舉、提點、簽書、監等字，如知縣、參知政事、知製誥、直秘閣、判祠部事、提點刑獄公事之類。也有一些差遣並不帶上這些字樣，如縣令、安撫使等。官階按年資升遷，即使不擔任差遣，也可依階領取俸祿，而差遣則根據朝廷的需要和官員的才能，進行調動和升降。所以真正決定其實權的不是官階，而是差遣。至於“職”，一般指三館（昭文館、史館、集賢院）和秘閣中的官職，如大學士、學士、待製等，是授予較高級文臣的清高銜頭，並非實有所掌。宋神宗元豐三年（公元1080年）官製改革後，撤銷館職，另設秘書省職事官，自秘書監丞、著作郎以下，都稱館職。其他文臣兼帶館職，武臣帶閣門宣讚舍人，則稱“貼職”。
官稱和實職的分離，使朝廷內外大批官員無所事事，三省、六部、二十四司名義上都有正式官員，但除非皇帝特命，不管本部的職事。《宋史·職官誌一》說：
故三省、六曹、二十四司，類以他官主判，雖有正官，非別敕不治本司事，事之所寄，十亡二三。
又說：仆射、尚書、丞、郎、員外、居其官，不知其職者，十常八九。
這樣，各級官府層次重複，疊床架屋，機構空前龐大。但是，卻有利於皇帝直接控製用人大權，他可以隨時提拔官階較低而有才能者擔任要職，也可隨時撤換無能之輩。曆代的官製，宋朝大多保留下來。《宋史·職官誌》雲：
宋承唐製，抑又甚焉。三師、三公不常置，宰相不專任三省長官，尚書、門下並列於外，又別置中書禁中，是為政事堂，與樞密對掌大政。
自趙匡胤建宋以後，三師、三公之製雖承唐製保留下來，但授與大臣者為數並不多，尤其是太師一官，隻以趙普與文彥博兩人功高德厚方予特拜。但自蔡京擅政以後，拜三公者在宣和年間竟多達18人。這18人中，除了蔡京父子及童貫、王黼等寵臣外，其他多為宋徽宗的兒子（太子除外）任職。
宰執
宋代的中樞機構，真正握有最高行政權者是“宰執”。所謂“宰執”，即宰相與執政之統稱。宋代的宰相稱中書門下平章事，副職稱參知政事。參知政事也稱為“執政”，這是趙匡胤為牽製宰相而設置的。據李燾《長編》卷5所記，宋太祖登位後，仍留用後周宰臣範質、王溥等為相，及範質等求退之後，雖以趙普為門下侍郎、平章事，但未行宰相署敕之事。當時有大臣認為宰相虛位，應以尚書省長官行宰相署敕之權，但有的大臣不同意，說平章事即宰相之任。那時加封為平章事者，還有多人，但都是在朝外的“使相”之類（宋製，親王、樞密使、留守、節度使兼侍中，中書令、同平章事，都稱為使相，但不預聞政事）。因此趙普獨擅宰相之權。宋太祖要給趙普設置一個副職，但想不出合適的名稱，便問翰林學士陶榖：相“下宰一等有何官？”陶榖回答說，唐代曾有參知機務、參知政事之稱。於是便以薛居正、呂餘慶為參知政事。這是宋太祖乾德二年（公元964年）時的事。當時設置的參知政事地位還很低，據《長編》卷5載：“不宣製，不押班，不知印，不升政事堂。止令就宣徽使廳上事，殿廷別設（zhu1n，音磚）位於宰相後，敕尾署銜降宰相數字，月伴雜給皆半之。”政事堂是宰相議事辦公的地方，參知政事連宰相的辦公廳都不能進，可見沒有多大權力。後來，宋太祖看到趙普為政專斷，為了加強對宰相的牽製，便提高參知政事的地位和職權。開寶六年（公元973年）詔薛居正、呂餘慶與趙普“更知印擁班奏事”，以分其權。到了太宗時，又進一步提高參知政事的地位。據《長編》卷37載：至道元年（公元995年）正月戊子，太宗詔曰：
自今參知政事宜與宰相分日知印，押正衙班。其位先異位，宜合而為一。遇宰相、使相、親王得議軍國大政，並得升都堂。
都堂就是政事堂。參知政事原來與宰相在地位和職權上的差別，至此完全消除。這就形成了對宰相的有力牽製。所以宋代常以“宰執”並稱。參知政事一名雖沿自唐代，而唐代的參知政事並非常製，凡以他官而居宰相職的，即稱為參知政事。也有稱為參預朝政，參議朝政。而宋代所設的參知政事，則成為宰相副職之定製。參知政事地位的提高，是宋代統治者削弱宰相之權，並使之與宰相互相牽製從而加強皇權的重要措施。
概而言之，宋代宰相製度大體有五次變動。
第一次是北宋初，宋神宗元豐以前。如上所述，就是這時期的變化情況。名義上與唐代沒有什麼不同，但實際上卻有很大區別。主要在於宋代設中書、樞密、三司分掌政、軍、財三大務，宰相之權為樞密使、三司使所分取。宰相、樞密使、三司使三者的事權不相上下，不相統攝。宰相之權既已分削，又設參知政事互為牽製，相權益弱，而皇權卻由此加強。另一方麵的變化是，中樞機構中三省製已進入衰落荒廢的階段。職權的轉移，是三省製消亡的先聲。
第二次是宋神宗元豐五年（公元1082年）開始的官製改革，史稱元豐改製。元豐改製撤銷中書門下，恢複唐初三省製度，置三省長官——尚書令、中書令和門下侍中。不過，這三個官位隻是虛設，從不授人。又仿照唐製，用尚書左仆射、右仆射代行尚書省的職權；尚書右仆射兼中書侍郎，代行中書令的職權，他們是正宰相。這時，參知政事的名稱被取銷，而增設了四名副宰相，即門下侍郎、中書侍郎、尚書左丞、尚書右丞。
第三次是宋徽宗政和年間（公元1111——1118年），蔡京任宰相，自稱“太師”，總領門下、中書、尚書三省之事，改尚書左、右仆射為“太宰”、“少宰”，由太宰兼門下侍郎，少宰兼中書侍郎。欽宗靖康年間，又廢除太宰和少宰，改為尚書左仆射和右仆射。
第四次是南宋高宗建炎三年（公元1129年），正式以左仆射和右仆射兼同中書門下平章事，為正宰相，又將門下侍郎和中書侍郎改為參知政事，為副宰相。還取消尚書左、右丞的官稱，大體上恢複了宋初的製度。
第五次是孝宗乾道八年（公元1172年），又改左、右仆射兼同中書門下平章事為左、右丞相，參知政事照舊。除去中書令、侍中、尚書令的虛稱。門下並入中書，稱中書門下。左右宰相主中書事，兼尚書省之長，六部直屬於宰相，尚書省之製已廢於無形，實際上這也是三省合一。從此，左右宰相成為全國最高的行政長官，尚書省隻掌握六部，奉命執行政務。當時大臣虞允文、梁克家為首任左、右宰相並兼樞密使。
除宰相之外，尚有“平章軍國重事”一職。《宋史·職官誌一》說，哲宗元祐中，置平章軍國重事，以文彥博、呂公著相繼任之。其位在宰相之上，專以處高德老臣，以示寵幸，五日或兩日一朝，非朝日不至都堂（政事堂）。但這一官職隻是一種最高榮譽職位，並沒有多少“軍國重事”可管。南宋時，情況有些變化，寧宗開禧元年（公元1205年），韓侂胄任平章軍國重事，“所預者廣”，“所任者專”，獨擅朝政。理宗時，權奸賈似道也升任“太師，平章軍國重事”，竊位日久，恩寵日隆，位在丞相之上。於是，“平章軍國重事”便獨攬軍、政大權，出現了軍政合一的定製，而宰相則屈居於副職的地位。
宋初的宰相稱為中書門下平章事，這是沿襲唐代的，中書門下的長官編製不固定，大致同中書門下平章事和參知政事同時不超過五人。或三相一參，或三相而無一參。太宗以後，以三相二參或二相二參居多。
唐代以三省長官為宰相，在政事堂辦公。政事堂先設於門下省，後遷至中書省，最後幹脆就改稱為“中書門下”。宋初雖門下、中書、尚書三省的名稱照舊，但這些與唐代之製已大不相同。首先是宰相不專用三省長官；其次是三省的職權已轉移。唐代三省分掌定策、封駁和執行之權。但宋代三省的權力被削弱。這個削弱，與“宰相不專用三省長官”有關。《宋會要輯稿·職官一》就記載了元豐改革官製以前，三省權力旁落，官署冷清的情形：“中書省、門下省者，存其名，列皇城外兩廡、官舍各數楹。中書省但掌冊文、覆奏、考賬，門下省主乘輿、八寶、朝會、報版、流外、考校諸司附奏挾名而已。”至於尚書省，實際上自唐末五代就已經逐漸荒廢了，至宋代就更是名存實亡。因此，北宋前期經常有大臣建議恢複尚書省的地位。例如宋太宗淳化二年（公元991年）九月，右諫議大夫王化基上疏言五事，其一便是“複尚書省”。他建議“廢三司，止於尚書省設六尚書分掌其事。”唐代的尚書省分掌吏、戶、禮、兵、刑、工六部，掌握行政、財政、司法、儀禮的大權。至宋代，官吏的選用，另設審官院，“除授者皆出中書，不複由吏部”。戶部則歸於三司。這樣，行政權歸於政事堂，財政權移歸三司。三司的設立，是宋太祖收回財政權的重要措施之一。王化基廢“三司以實尚書省”的建議，自然不被采納。但是為了搪塞眾議，宋太宗對尚書省長官的地位也給予某些提高。淳化三年（公元992年）升尚書令於三師之上。然而，這並沒有提高尚書令的職權，何況尚書令又很少授人。因此，到至道、大中、祥符年間（公元995年—1061年），不斷有大臣提出恢複尚書省製的問題，但均未有結果，這個問題至神宗元豐改製以前，一直爭論不休。實際上，尚書省職權之分割，是宋代分散中樞機構的權力而強化皇權的反映。正是這種變化，在其後促成了三省製的消亡而演進為一省製。