更為難得的是，通過對曆史上朝代更替現象的思考和對現實的細致觀察，龔自珍敏銳地意識到，隨著清王朝的日漸腐朽，已經有一種新的社會力量正在暗暗滋長。在《尊隱》一文中，他用生動的筆墨描繪了兩種力量相互消長的圖景。
龔自珍的大聲疾呼決非危言聳聽。就在龔自珍寫作這些文章之後不到20年，鴉片戰爭爆發了。緊接著是太平天國起義、甲午海戰、八國聯軍入侵、辛亥起義、北洋軍閥混戰、日寇入侵。神州板蕩，生靈塗炭。清王朝在內憂外患中土崩瓦解，中華民族陷入了長達百年的深重災難之中。
寫完這些文章，龔自珍不禁又陷入一片茫然。當時人都還覺得日子過得好好的，龔自珍純粹是杞人憂天。龔自珍身邊朋友雖多，可真正理解他憂國憂民心事的一個也投有。好朋友莊綬甲還勸他全部刪去《乙丙之際箸議》中易觸忌諱的地方，以免影響前程，令龔自珍不禁苦笑。前幾年寫成《明良四論》時，還有外祖父"加墨矜寵"，可老人已於1815年(嘉慶二十年)去世了。孤獨無奈之中，龔自珍想到吳中一位有名的前輩王芑孫。這位王老先生是個舉人，以性情高傲、獨往獨來著稱，對自己老師的過錯也毫不客氣加以批評。龔自珍把自己近來寫的詩文編成一集，題為《佇泣亭文》，寄給王芑孫，意思是說這些作品都是自己憂心世事、呆立思索、哭泣歎息的結晶。他多麼希望能得到這位老前輩的理解和指點。過了不久，王芑孫回信了。他先是誇獎了龔白珍幾句："見地卓絕，掃空凡猥，筆複超邁"，確屬不可多得的人才。接著筆鋒一轉，說什麼龔自珍正青春年少，前程似錦，而且父母健在，國家鼎盛，應該多寫歌頌太平盛世的詩文，怎能用"佇泣"這樣不吉利的字眼呢?他又責備龔自珍詩中"傷時之語，罵座之言，涉目皆是，此大不可也。"他還現身說法，說自己因為一生"狂狷"，所以窮困潦倒，勸自珍切莫重蹈覆轍。這位老人固然是一番好意，但由此可見，即使當時被認為是"怪魁"的人，也無法理解龔自珍的思想。龔自珍看完王芑孫的信，輕輕放下，長歎一聲，默默無語。
三、浮沉下僚
1818年(嘉慶二十三年)秋，龔自珍由上海去杭州，參加浙江鄉試。按清朝製度，一省的考試稱鄉試，每三年舉行一次，錄取的稱舉人。除正常考試外，遇有慶典還可以加開。這次的考試就是因嘉慶皇帝60大壽加開的，所以稱作"萬壽恩科"。算來龔自珍已是第四次參加鄉試，終於被錄取，而且名列第四。
終於考中舉人，龔自珍不免很興奮。考官的誇獎，更增添了他的自信。他抱著曆年所寫的2000多篇八股文去見父親的同年進士姚學塽。姚先生一邊翻看，一邊連連點頭。突然他臉色一變，用很嚴肅的語氣對自珍說："我的文章用墨不用筆，你的文章筆墨兼用。"意思是應試用的八股文隻能"闡述聖賢之意"一番，而龔自珍的文章中卻有自己的見解。自珍不得不承認姚先生的話有道理，但他又確實不願做那種鸚鵡學舌、人雲亦雲的文章。回家之後，他將2000多篇八股文一把火燒了。
第二年春天，龔自珍赴北京參加會試。會試是全國性的考試，也是三年一次，在每次鄉試次年春天舉行，隻有考中舉人者才有資格參加，錄取者稱進士。這年的會試也是"恩科"，龔自珍未被錄取。他沒有馬上南歸，在丞相胡同賃屋住了下來。
不久，自珍結識了在京任禮部主事的《春秋》公羊學派大師劉逢祿。《春秋》是古代儒家的一部經典，相傳由孔子編定。後來對《春秋》的解說研究形成三個流派：左氏、公羊氏、榖梁氏。其中公羊學派相傳創始於戰國時齊國人公學高，最初隻有口頭流傳，西漢初年才成書，東漢何休著有《春秋公學解詁》。該學派注重闡發《春秋》的"微言大義"，倡導"三世，，之說，即認為人類社會由"據亂世"到"升平世"，再發展到"太平世"。從西漢末年起，左氏傳一枝獨秀，公羊傳、穀梁傳日趨衰微。清中葉以後，公羊學複興。劉逢祿的外祖父莊存與和舅父莊述祖，都是當時的公羊學大師。劉逢祿繼承家學，寫成《春秋公羊傳何氏釋例》，闡述"三世"之說，用以論述曆史，譏評現實。自珍初見劉逢祿，就被他的高論快語所吸引，被"經世致用"的公羊學說所折服。他滿懷喜悅賦詩一首：
昨日相逢劉禮部，高言大句快無加。
從君燒盡蟲魚學，甘做東京賣餅家。
東漢時，有人認為左氏傳是"大官廚"，貶公羊學為"賣餅家"。自珍借用這一說法，表示自己從此不再做那種脫離社會現實、專鑽故紙堆的考據學，而要追隨劉逢祿，以公羊學為依據，評論世事，倡導改革。
莊存與的另一個外孫宋翔鳳也是有名的公羊學家，龔珍同樣十分佩服，以為"劉君可師，宋君可友"，並也贈詩一首：
遊山五嶽東道主，擁書百城南麵王。
萬人叢中一握手，使我衣袖三年香。
由劉逢祿、宋翔鳳、莊綬甲(莊存與的孫子)，龔自珍不禁對莊存與這位從未見過麵的老人產生深深敬仰。兩年後的一個年末，龔白珍閉門謝客，專門用三天時間為他撰寫了墓碑--《禮部侍郎莊公神道碑銘》。
係統掌握公羊學說後，龔自珍對社會問題的觀察更加深刻，對黑暗現象的批判更加犀利。其中最引人注目的，是他寫的《古史鉤沉論》、《杭大宗逸事狀》和《京師樂籍說》等幾篇揭露譴責君權專製的奇文。
1820年(嘉慶二十五年)是正常的會試年份，龔自珍再次參加考試，仍未錄取。於是他捐資得到一個內閣中書的職位，在內閣負責處理一些例行公文。這個官職地位低微，事務稀少，龔自珍並不在意，因為真正吸引他的是藏在內閣等處的大量書籍。到任第一天，他就寫信給大學士，要求到藏書樓看書。他認真披閱了大量外人不易看到的朝廷文件檔案和稀有典籍，包括許多珍貴的原始史料。有些藏書家為這位年輕人的好學不倦所感動，把自己收藏多年的海內孤本借給他。每逢這種時候，自珍如獲至寶，常常激動得夜不能寐。
龔自珍如此廢寢忘食地讀書並不是為了研究死學問，他這時最關心的是與國家的政治、經濟、軍事等密切相關的一係列現實問題。他說自己常常"淵淵夜思"，考慮如何"通古近，定民生"。好朋友、著名學者李銳、陳奐、江藩及前輩姚學塽等都勸自珍"寫定六經"，即校正注解儒家經典。他們認為，以龔自珍的學問功底和才華校注六經，肯定可以流傳百世。龔自珍則回答說自己方"有事於東西南北之學，未暇也"。所謂"東西南北之學"，即指各種與國計民生相關的學問，在當時尤其是指西北史地學。
清王朝自建立以來，對廣大的西北地區(蒙古、青海、新疆一帶)一直沒有花太大力量去管理，隻在一些戰略要地駐有少量軍隊，許多地區的政權仍掌握在少數民族貴族手中。沙俄帝國總是挑撥其中部分分裂主義分子發動叛亂，企圖坐收漁利。長此以往，顯然不利於大西北地區的穩定和國家的統一。因此，加強對這一地區的管轄已成當務之急。要加強管轄，首先又得對這一帶的情況進行調查研究，摸清它的曆史和現狀。於是，在清朝中葉，一門重點研究西北地區的曆史和地理狀況的新興學科--西北史地學應運而生了，而龔自珍又是其中的佼佼者。經過潛心研究，他向清政府提出了一項具有重大戰略意義的建議，即像內地一樣在新疆設置行省，並從內地大量移民充實這一地區。為此他寫了《西域置行省議》一文，對這兩個方麵作了周密細致的籌劃設計。
正當《西域置行省議》即將定稿之際，西北邊陲又發生了一起叛亂：伊斯蘭教白山宗首領張格爾與英國在中亞西亞地區的殖民勢力相勾結，拚湊了一支武裝，從浩罕侵入新疆南部，占領了喀什噶爾(今新疆喀什)等四城。由於鎮守西劃匕的清軍力量弱小，朝廷不得不急忙從迢迢兩萬裏之外的東北調兵遣將，前去平叛。事實再一次證明了經略西北的緊迫性。1821年(道光元年)，朝廷任命覺羅寶興為吐魯番領隊大臣，前往南疆平叛。覺羅寶興正是龔自珍19歲那年參加順天鄉試時的房考官，龔白珍得知這一消息，以為天賜良機，連夜伏案疾書，寫成千餘言的《上鎮守吐魯番領隊大臣寶公書》。書中詳細介紹了南疆的部族地理概況，回顧人清以來幾次叛亂和平叛的曆史。龔自珍強調指出，吐魯番是西域要地，吐魯番安，則四大城皆安；四大城安，則天山南北路以至整個西北地區就都安定了。自珍最後寫道：我是您的學生，受恩最深，受恩最早，所以敢"越份而多言"，希望"恩師大人"不予怪罪。當時《西域置行省議》還未刻印，他特地用厚白紙恭恭正正抄了一份，一並呈給寶公。寶興離京那天，自珍義請了假去送行，想聽聽他有何意見和打算。不料這位寶公隻是客套兩句，隻字未提這一書一議，就走馬上任去了，去後也沒有任何回音。這不禁使自珍極端失望。多年以後，他還深有感慨地回憶這件事，並說；"五十年中言定驗，六合蒼茫此微官。"--茫茫大地之間，沒有一個人理睬他這個官小職卑者的憂國之言。但他相信，50年內，自己的話一定會應驗。
果然不出龔自珍所料。後來沙俄不斷發動對我國的侵略，掠奪了東北和西北的大片領土。1884年(光緒十年)，也就是在龔自珍寫成《西域置行省議》60年之後，清政府迫於形勢，終於正式在新疆設省。連當時執掌朝政的李鴻章，也不得不欽佩龔自珍的遠見。
在內閣，龔自珍還參加了《會典》的校勘工作，分任有關西北地理的部分。他借這個機會對蒙古的部族源流、軍事要塞、河流山脈、語言文字等進行全麵的研究，撰寫《蒙古圖誌》，包括《蒙古水地誌》、《蒙古台卡誌》、《蒙古氏族表》、《蒙古聲類表》等十八表、十二誌，共30篇，附圖28幅。這無疑是係統研究蒙古的一部重要著作，可惜自珍還隻完成全書的一半，1822年(道光二年)，自珍家書樓遭火災，藏書燒毀十之八九，包括此書底稿及供參考的檔冊圖誌在內的大量珍貴文獻資料化為灰燼，隻保存了總序及分序若幹篇。此後每年的這一天，自珍都要擺上祭品，祭奠被燒毀的書籍資料，--呼喚其中最珍貴的上百種書的名稱，淚流滿麵。
龔自珍又發現經過重修的《大清一統誌》錯誤很多，特別是其中關於西北部族地理的部分。有的部族漏載，有的標錯了地名，最嚴重的一處竟把相隔6000裏的兩個地名混為一談。他認為既然花錢重修，又有"重修"之名，就應該將這些錯誤糾正過來，以免以訛傳訛。他奉是區區一名校對，全書的"詳略得失"他不必管，也沒有資格管。但他覺得事關朝廷對邊疆的治理，不能不言。他上書負責纂修的大學士，指出書中重要疏漏十八條，初稿長達5000字，有人提醒他又在"越職言事"，他刪至2000字，盡量隻舉最明顯突出的問題。然而，上司仍沒有給他任何答覆。
龔自珍在潛心鑽研"天地東西南北之學"的同時，仍不得不一次又一次地參加會試。1822年(道光二年)，因道光皇帝登位又加開一次會試，龔自珍沒有被錄取；次年又是正常會試年份，龔自珍還是沒有被錄取。這年七月，母親段馴在上海去世，龔自珍辭職奔喪，並護送母親靈柩回杭州安葬。為了寄托哀思，他在母親墓旁親手種了50株梅樹。在兩年多的服喪期內，他沒有寫過一首詩。
服喪期滿，龔自珍前往蘇州等地求書訪友。蘇州、揚州一帶是當時全國最富庶的地區，大官僚大地主大鹽商們日擲萬金尋歡作樂，文人們則甘作他們的幫閑，國計民生一概不聞不問。龔自珍目睹這種烏煙瘴氣的景象，憤然寫下《詠史》一詩：
金粉東南十五州，萬重恩怨屬名流。
牢盆狎客操全算，團扇才人踞上遊。
避席畏聞文字獄，著書都為稻粱謀。
田橫五百人安在，難道歸來盡列侯。
詩人指出，在東南沿海這塊繁華富庶的地區，真正得意的也隻有那些財大氣粗和浪有虛名的"名流"們。鹽商們錢可通神，昏庸的官吏被狡詐的商人和嬌豔的女人包圍著，任憑他們擺布，於是這兩類人實際上操縱著一切。文人們在高壓統治和文字獄迫害下早已一個個膽小如鼠，隻要聽到人們談話涉及一點敏感話題，便驚恐萬狀離席避開，生怕受連累。他們整日尋章摘句著書立說，隻不過為了換取衣食之資，這種學問的品格也就可想而知。龔自珍痛心疾首地問道：世人為何變得如此庸俗卑鄙了呢?昔日田橫不願受劉邦招降，寧願和部下五百人一齊自殺，也不接受劉邦的封侯之賞，這種錚錚氣節如今為什麼再也看不到了呢?
轉眼到了1826年(道光六年)春天；35歲的龔自珍第五次參加會試。同時赴試的還有湖南邵陽人魏源。魏源比龔自珍小兩歲，兩人同在劉逢祿門下學《春秋》公羊學，同樣聰明穎悟，誌向遠大，當時人多以"龔魏"並稱。上巧劉逢祿在這年會試中參加閱卷，他見浙江、湖南的試卷中有兩份見解精深博大，料想出自龔、魏之手，便竭力向主考推薦，並"經旬不寐探消息"，結果龔、魏還是雙雙落第。劉逢祿對主考如此糊塗非常氣憤，更為龔、魏兩人深感惋惜。他特地寫了《傷浙江、湖南二遺卷》詩，讚揚龔的才華是"紅霞噴礴作星火，元氣蓊鬱輝朝暾"；又讚魏源："更有無雙國士長沙子……暗中劍氣騰龍鱗。"他堅信兩人終將展翅高翔："翩然雙鳳冥空碧，會見應運翔丹宸。"龔、魏雖未登第，但他們在京城乃至全國的名聲卻越來越響亮了。
1829年(道光九年)，龔自珍第六次參加會試，終於以第95名被錄取。按清朝規定，會試通過，中進士是沒有問題了，但還有殿試、朝考兩關，前者正式決定中進士的名次，後者決定任職去向。殿試由皇帝親自出題，親自主持，另設閱卷大臣協助，一般是就當時政治經濟方麵的問題寫一篇命題論文。皇帝和閱卷大臣根據論文及會試成績將進士分為三等，又稱三甲，一申三名，二甲數十名，其餘幾百人都是三甲。
殿試於四月二十一日舉行。命題下來，龔自珍略一思索，揮筆就寫。大意仿照王安石的《上仁宗皇帝言事書》，平時思考過不知多少遍的想法滾滾而來，躍入腦海，流向筆端。他首先從理論上論證了改革的必要性，指出：不研究經學，就不懂事物的本質；不探討曆史，就不能以史事為借鑒；不通曉當世形勢的發展變化，就不知道經史中的內容哪些今天可行，哪些不可行；哪些須急行，哪些須緩行。因此，製定當世的政策，主要應根據現實情況，而不必拘泥於經史。接著，他從幾個方麵提出了改革措施。一是權力下放，調動各級官員的積極性，不要給他們太多束縛；二是重視農業生產，組織東南的無業"遊民"開墾西北的"曠土"；三是加強水利設施建設，疏通河道與整治堤堰兩道並舉，對黃河上、中、下遊分別采取不同的整治措施。改革漕運，減輕百姓負擔；四是改革科舉，對此龔自珍尤有切膚之痛。他指出，現行科舉考試製度使廣大土子把青壯年時期全部精力都耗費在這塊敲門磚上，-旦"進身"，委以政事，帥兵的不懂軍事，掌管禮樂的不懂規矩，理刑政的不懂法律，管錢糧的不懂財政，這樣的選才之法和用人之道非改革不可；五是加強屯守，鞏固邊防，安撫邊疆少數民族。