除了這些外部的壓力外，阿裏巴巴內部還存在幾個亟待解決的問題。
首先，淘寶網盈利問題是馬雲亟待解決的戰略要點。實行免費策略使淘寶網在2003—2006年3年間已耗費數千萬美元的成本，而該經濟體目前仍無明確的盈利模式。倘若不解決淘寶網的盈利問題，它給整個阿裏巴巴集團帶來的成本壓力將越來越大。更為重要的是，免費帶來的網上交易市場物品多而不精的局麵已開始影響到淘寶的進一步發展。
另外，搜索引擎也是馬雲電子商務王國中一個薄弱環節。自2005年收購雅虎中國以來、馬雲花了很大精力對它進行重新整合。搜索引擎的技術研發及渠道開發進程都受到整合的影響。據iResearch（艾瑞市場谘詢）2006年3月公布的數據顯示，雅虎中國的搜索市場份額從2004年的30.2%下降到2005年的15.6%。
除此之外，對於雅虎與阿裏巴巴，IT資深人士還有這樣的猜測：“雅虎是要通過並購控製阿裏巴巴，擴大其在中國地區的業務，或許一段時間後，雅虎會通過增持或者收購的方式，
把阿裏巴巴變成其全資或控股公司。”誠然，當年雅虎就把中國區的絕對控製權交給3721周鴻禕，但事實上3721是被雅虎收購。曆史往往是一麵鏡子，今天的阿裏巴巴會不會跟當初的3721—樣？
還有就是阿裏巴巴的收費問題。阿裏巴巴的盈利來源基本是會員費加增值費，會員費也就是誠信通和中國出口供應商的服務費，而增值費就是如“搜索關鍵字競價”等的費用。
從表麵看來，阿裏的收費似乎不高，但是一旦大量引入“搜索關鍵字競價”，那麼會員需要投入的錢就不是個小數目。“搜索關鍵字競價”顧名思義就是互相在價格上競爭。當加入了阿裏巴巴成為正式會員後，你可以發布信息。但是當買家搜索產品時，如果你沒有參加“搜索關鍵字競價”，那麼你的信息就排在別人的後麵，你的機會也遠比別人少得多。這樣一來，為了保持競爭優勢，會員就要繼續掏錢。那麼實力有限的中小企業是否願意這樣掏錢呢？如果不願意，阿裏巴巴將失去這部分支持者。而一旦脫離了大部分中小企業，那麼阿裏巴巴的基礎何存？因此，采取“搜索關鍵字競價”等會員增值手段，在短期可以增加一定收入，但是從長期看卻會動搖阿裏巴巴的根基。如果不采取，會員費又不會帶來太大的收入增長。這真是一個兩難的選擇。
如今，對於馬雲和他龐大的電子商務王國來說，還遠未到談論成敗的時候。馬雲的阿裏巴巴依然是中國最具商業價值的互聯網資產。但是，現在是馬雲該認真考慮解決之道的時候。如果能在此互聯網“諸侯紛爭”之際，成功打通阿裏巴巴這個電子商務王國的各條經脈，中國互聯網霸主的位置將非馬雲莫屬。