為了實現“讓天下沒有難做的生意”的目標，馬雲明確確立了阿裏巴巴的價值觀。馬雲酷愛金庸小說式的語言，所以，阿裏巴巴的價值觀也有個很特別的叫法一“六脈神劍”。“六脈神劍”其實很簡單：一是“客戶第一”，指關注客戶的關注點，為客戶提供建議和資訊，幫助客戶成長；二是“團隊合作”，共享共擔，以小我完成大我；三是“擁抱變化”，突破自我，迎接變化；四是“誠信”，誠實正直，信守承諾；五是“熱情”，永不言棄，樂觀向上；六是“敬業”，以專業的態度和平常的心態做非凡的事情。
阿裏巴巴在發展的每個階段都十分注意用明確的價值觀來統一員工的思想。
眾所周知，2000年網絡泡沫破滅，互聯網行業整體低迷。此後，馬雲壯士斷腕，宣布全球大裁員，啟動了後來被馬雲叫做“回到中國”的戰略收縮。那是個非常時期，阿裏巴巴成立一年多，也虧損了一年多。這個公司會不會無疾而終？這成為員工們的心病。而要重振士氣、避免優秀人才的流失，就必須首先用明確的價值觀來統一阿裏人的思想。
2001年1月，在GE工作了16年的關明生加入阿裏巴巴，就任COO（首席運營官）。在關明生的協助下，馬雲在阿裏巴巴內部啟動了“毛氏運動”。這一年，阿裏巴巴做了三件事：“延安整風運動”、“建立抗日軍政大學”、“南泥灣開荒”。所謂“延安整風運動”就是加強公司的思想建設，通過會議、講話等各種形式給阿裏人灌輸明確的價值觀。阿裏巴巴還投資上百萬元成立了“軍政大學”，從員工隊伍中尋找符合要求的幹部，請專家培訓管理人才。“南泥灣開荒”則培養銷售人員麵對客戶應有的觀念、方法和技巧。在這場“毛氏運動”中“延安整風運動”起到了統領作用。
馬雲說：“公司要有明確的價值觀和使命感，第一要統一思想，就像在延安，小知識分子覺得這樣革命是對的，農家子弟覺得那樣革命是對的，什麼是阿裏巴巴共同的目標？三大點：要做102年持續發展的企業、成為世界十大網站、隻要是商人都要用阿裏巴巴。如果認為我們是瘋子請你離開，如果你專等上市請你離開，我們要做102年的企業。”在當時互聯網領域整體浮躁的氛圍下，馬雲的話一下子讓員工躁動的心安靜下來。
為了保證價值觀的延續性，阿裏巴巴還特意在公司內部推行了師徒製，新入職的員工都會得到指定師傅的幫助。師傅通過言傳身教，讓新員工更快地融入阿裏巴巴。
由於搶先進行了價值觀的灌輸，阿裏巴巴員工熱情高漲，整體精神麵貌與其他互聯網企業迥然不同。也正因為如此，馬雲和他的阿裏巴巴才得以熬過了互聯網的那個冬天。
在此後的發展中，阿裏巴巴時刻不忘統一所有員工的價值觀，以此保持公司的凝聚力。
2005年8月11日，阿裏巴巴收購了全球最大的門戶網站雅虎在中國的全部資產。9月21日，馬雲策劃了600名雅虎中國員工的杭州之行，並稱之為雅虎中國來杭州“認親”阿裏巴巴方麵在歡迎儀式上打出了“相親相愛一家人”的橫幅。
有記者問馬雲為什麼不選擇簡單點的方式，一個人到北京去開一個見麵會，馬雲這樣回答：“我到了北京，他們隻能了解我，他們必須了解這個公司，了解這個團隊，了解公司的文化，了解這座城市，因為阿裏巴巴的發展離不開杭州，所以我想讓他們能夠到杭州一趟，非常重要，這是一種文化的溝通，是一種企業的溝通。”說白了，馬雲就是想通過這次活動讓雅虎中國的同事真切感受阿裏巴巴，了解這個團隊，感受這個公司的文化，進而統一所有阿裏人的價值觀。
對此，馬雲還發表過這樣的講話：
我跟雅虎的同事做過很重要的兩次溝通和交流，我第一天去就告訴他們，第二次我更加明確，我說經濟條件、利益、辦公條件我們都可以討價還價，但有一樣東西不能討價還價，就是企業文化、使命感和價值觀。我們告訴大家，我們的企業是一個使命感驅動的企業，讓天下沒有難做的生意，創辦中國、全世界最好的公司。這些目標從第一天起走到現在為止，我們不想改變，我們也不會改變，從今天起到未來，我本人以及今後接任我的CEO都必須按照這個目標走，這個我不跟大家討價還價。文化，我們今天的價值觀不是因為阿裏巴巴的成功而存在，而是中國幾乎所有的企業要成功都必須要擁有這樣的價值觀、使命感，所以我們不管購買任何公司，不管我們做任何事，都會按照這條路走下去。
20世紀90年代中期，人們提出“價值觀領導理論”。這種理論認為：領導和其下屬的關係是以共同價值觀為基礎的。持有明確而崇高的價值觀的領導者，向組織注入價值觀，與跟隨者的價值觀和情感發生共鳴，把組織理念內化到個人內心，並以此為基礎孕育組織文化，通過願景表達和管理實踐，達到上下一致，激勵下屬完成工作並提升組織績效。古語雲：“上下同欲者勝。”其實，“價值觀領導理論”體現的也正是這個道理。馬雲以“讓天下沒有難做的生意”為企業目標，以“六脈神劍”統一全體員工的價值觀。不管是有意采用還是無意暗合，他正是通過這種“價值觀領導”方式讓阿裏巴巴與眾不同，且不斷變得穩健與高尚起來。