被史上戲稱之為“三日天下”的這場活鬧結束了。由於這一年天幹地支為甲申，故又被史稱：“甲申政變”。
由於開化黨人聽信了日人的妖言鼓惑，自不量力地冒然發動政變，造成朝鮮6大臣被殺，開化黨人亡命日本，至使朝鮮元氣大傷。國王李熙跟著開化黨瞎起哄，非但“獨立”沒鬧成，自己眼下還幾乎成了光杆司令。這是一場由日人導演的鬧劇，同時也是日人在朝鮮犯下的陰謀與罪惡。
“甲申政變”以大清軍隊完勝，日人軍隊慘敗而結束。這已成為曆史的定格。
在“甲申政變”中，當時隻有26歲的袁世凱以超人的膽識，堅決果斷的軍事形動，不僅一舉終結了日人在朝外交事務中的棋子開化黨，而且又將貌似強大、氣焰囂張的日人打得原形畢露。但是，雖然政變平定，朝鮮的局勢得到穩定，然而政變中的正反兩個操手，卻並未因此而停歇罷手。
因為開化黨人發動的這場政變，引發了清、日交兵，這勢必引起清日外交問題。
小鬼子竹添於逃回公使館的當天夜裏，就將起草好機密電報，拍發給了本國政府。由於小鬼子竹添心虛，怕不能自圓其說而擔罪責，在他逃到濟物浦領使館的當天，又派公使館外務秘書木下真弘帶著報告密件，同金玉均等4人一起乘“千歲丸”號回國麵稟事件始末。
而袁世凱也警覺到了小鬼子竹添這人陰險狡詐，吃了這麼大虧，一定懷恨在心，不定會向東京政府怎麼個報告法兒。為了防範小鬼子竹添背後使陰招，不給對方假以籍口翻盤的機會，就必須提前做足功課。
12月8日，在袁世凱大營，由國王李熙主持組成了以沈舜澤為主的議政機構。並由沈舜澤、金允植分別傳詔各國公使，領事前來，由國王李熙親自向各國公使領事宣布日軍幫助亂黨誅戮六大臣，脅迫國王的罪狀。尤甚日人行事敗露後，又帶金玉均等4人逃跑，殊為無理之至。
袁世凱如此做法，一使各國公使、領事經過朝鮮國王之口，了解了事件真相；二使大清在外交處上占了先機。
12月9日，袁世凱、吳兆有、張光前請大清駐朝鮮商務委員陳樹棠與各國公使、領事再次說明事件起始原因，晤商隻要小鬼子竹添交出亂黨、仍可言好如初。可是由於公使之間意見不一，加上小鬼子竹添態度極壞，結果調停失敗。
12月11日，小鬼子竹添憤然回國。
12月12日，袁世凱護送國王李熙回到景德宮。並應國王李熙之邀，袁世凱就住在偏殿的樓下，與國王居所僅一牆之隔。同時，袁世凱所轄慶軍副營全體士兵也住在宮中，拱衛森嚴。
至此，朝鮮政局重新運作起來，上下人心漸穩，一切均又恢複往常。
為使清政府詳細了解“甲申政變”始未原委，不致使在未來外交處理上清政府陷於被動，袁世凱早在12月6日晚就連夜起草電文，遂飛電報告李鴻章，並轉達清政府。電文如下：
十七日晚，逆黨金玉均、樸泳孝等籍日人兵力，戕殺大臣六人，漢城大亂。臣民紛紛來營稟報，據稱日使竹添帶兵入宮，國王吉凶莫測，乞求援救。卑職聞報，即派兵前來，並先致函日使，略雲應韓臣民之請，派兵保護王宮。勸其將兵隊退出，以靖人心，勿受亂黨之愚，激成大變。候其複答，自辰至未，該使竟置之不理。複飭營弁持名片往詢，日兵竟開槍擊斃我弁兵各一名。我兵甫入宮門，日兵即放排槍迎擊，持戰一時之久。幸我將士奮不顧身，拚命攻擊，傷亡共十四人，日兵不支，由便門逃出。我軍遂入搜拿餘黨。不料日人狠毒，預伏地雷，兵丁誤觸雷線，炸斃兩人，毀殿屋九間。於宮側廟內尋得韓王，惟乞救護。詢問六大臣何罪被殺，推以不知，皆日使匚金、樸諸人所為。王不敢居住宮內，乞為設法安置，遂議到軍營暫住。卑職一麵派員訪拿亂黨，保護宮殿，彈壓地方；一麵嚴申軍令，有敢擅動臣民一草一木者殺無赦。黨首金玉均等，聞已隨日使逃竄，餘黨潛伏，人心惶惶。
查此次變亂之原因，係竹添與金、樸等謀使韓王叛我以自主，因此六大臣平素皆恭順於我，遂先殺之決王意。竊思數十年來，我國家糜餉勞師，保全藩屬，仁至義盡，該國王昏庸暗懦，暮楚朝秦，若不急早圖之，後患何堪設想。第思日本既能廢琉球，我又何不可廢朝鮮改為行省，許各國往來通商，各國必不與我為難。所與我爭者日、俄耳。俄不過欲在太平洋得一東海口，可虛與餌之；我之海陸軍尚可與日本抗衡，日苟與我起釁，尚左券操。卑職居此日久，密邇東瀛。彼國雖偏小，上下一心，其圖謀並吞高麗，形跡已彰。若複數年，羽毛豐滿，則難圖矣。且此次之變，日本擅自帶兵入宮，戕殺大臣，其荒謬無禮，亦公法所不容。時哉不失，惟憲台裁之。
袁世凱的飛電報告，條理清晰，雖隻千字，卻對事件的前因後果敘述得極為詳盡，為清政府提供了一份十分重要的文件。而且報告對東北亞局勢也有清新認識和分析，尤其是對和俄拒日的外交獻策更是十分切實而積極。袁世凱認為，日人雖小國之民，卻常懷大國情結，早有圖謀並吞朝鮮之野心。但在目前清日兩國在實力對比上，日人依然處於下風，不如趁此時機幹掉日人，宣布朝鮮為大清行省。並與各國通商、建立友好關係。否則一旦日人“羽毛豐滿，則難圖矣。”雖然此報告與大清國內“東征論”似有異曲同工，很不合李鴻章的味口，但李鴻章看了這份飛電報告後，仍是對袁世凱相當賞識和嘉許。李鴻章遂與總理衙門密商妥善處理事宜。
之所以發生甲申政變，究其主要原因實屬於日人侵略朝鮮的野心日益膨脹，以至頭腦昏饋，悍然冒險。加上其駐朝公使小鬼子竹添狂妄自負，不自量力，不得伊藤博文批準，便擅自決定提前發動政變。這個小鬼子的確下手夠狠。可是他的對手袁世凱——這個大清在朝利益的堅定維護者，比他更狠。也趕在李鴻章命令到來之前，以勇於擔當，殺伐決斷的英雄氣慨，殺得虎口掏食的小鬼子竹添陰謀未逞，人卻抱頭鼠竄。
甲申政變的勝利，真正意義並不在於袁世凱一次宰了多少個日人士兵，而在於其因此而產生的遠大的政治意義和外交意義。
那位當時很為小鬼子竹添鳴不平，忿恨袁世凱性情狡猾的日本記者，在多少年心情平靜下來，成了日本著名史學家的佐藤鐵治郎曾在其著文裏這樣感歎道：要而論之，袁世凱當時之謀，實有令人可驚可畏者。使清政府與李鴻章能明斷敏速，出師圖韓，一躍而登，真令日方無從措手。即日軍奮然而作，然以當日海陸軍論，尚不知鹿死誰手。袁之外交，誠者剽悍之手腕哉。雖然假令清勝而日敗，則日本必圖恢複；清者戰勝而驕，兵備益馳，後此之敗，較甲午或更有甚。設敗而日勝，是甲午之役移諸十一年前，則清之沈沈酣睡又當早省也。
佐藤鐵治郎總體上說的沒錯，因為日人自從這次軍事冒險失敗後，的確老實了幾年，不敢輕易以軍事在朝鮮再動什麼歪念頭了。但日人果然誠如佐藤鐵治郎所說“則日本必圖恢複”那樣，甲申政變的平息，並不代表清、日之間爭端就此結束。反而日人一麵開始了韜光養諱，勵精圖治的經濟滲透，大量的日人產品銷往朝鮮。一麵在本國島內，加緊了工業發展，以富強國力，瘋狂進行擴軍備戰，等待時機，與大清決戰。
可是佐藤鐵治郎的說法也不完全對，因為袁世凱並非“使清政府與李鴻章能明斷敏速”後出兵勘亂，而是與小鬼子竹添一樣，袁世凱也是在直隸總督李鴻章命令尚未到達之前動的手。佐藤鐵治郎要是知道了袁世凱在這上玩了貓膩，不定又會氣成什麼樣子呢。
袁世凱給直隸總督兼北洋大臣李鴻章的“請求機宜”致書，是在日人與開化黨人發動政變的第二天（12月5日）發出。致書由“泰安”號輪寄送到旅順時，袁保齡、丁汝昌、劉含芳他們並沒有把袁世凱“請求機宜”的致書全文拍發天津，隻是將致書內容的扼要部分電告給李鴻章。而全文致書直到12月20日才到了李鴻章手裏。
李鴻章接到旅順發來的電報，一麵立即報告了總理衙門，一麵命令袁世凱“以定亂為主，切勿與日人生釁。”就是這樣一個命令，也是在政變平定後的12月21日才到達袁世凱手裏。如果袁世凱也同陳樹棠、吳兆有、張光前那樣，按部就班，坐等命令而且待命等來的又是“以定亂為主，切勿與日人生釁”這樣一紙命令。那麼，日人與開化黨人合夥發動的政變早獲成功，大清與朝鮮的曆史關係也早已改寫，朝鮮也早成了日人的囊中之物了。
袁世凱迅速平定甲申政變，為大清在朝利益上贏得了一個完美收關。而袁世凱個人，也因此一役獲勝聲譽迅升，震驚內外。朝鮮國王李熙不僅本人每逢政事，必與晤商，朝夕相處，而且命令各部大臣環於袁世凱周圍，事必請教，聽從指揮。袁世凱“代韓內籌撫治，外輯邦交。”晝無定餐，夜不成寐，僅在十幾天裏，卻已須發花白。
後在處理甲申變亂這件事上，清日雙方一開始就均抱著和談調停的彌事態度。原因就出在袁世凱致李鴻章的那份報告書上，這裏麵有一個被史學家們一直所忽略的內容，既“第思日本既能廢琉球，我又何不可廢朝鮮改為行省”。李鴻章接到袁保齡、丁汝昌、劉含芳等發來的電文是12月7日，接電後李鴻章立即致電清政府總理衙門，並電告駐日公使黎庶昌調查。同時還立即籌派兵艦7艘趕赴朝鮮彈壓局麵。
大清做好這一切應變準備的時候。而此時的日人政府對於朝鮮所發生的事，竟然一無所知。東京政府第一次獲悉有關政變的消息，是東京出版的一家報紙上得到的。其後才是大清駐日公使黎庶昌的轉達。而小鬼子竹添詳細報告則遲至12月13日才到達日人外務卿井上馨手裏。
由於當時清國電報轉折甚多，故使袁世凱那份給李鴻章的致書在中間泄露，為日人東京一家報紙記者以重金購買，並公諸報端。當時日人國內一片嘩然，群情激昂。加上小鬼子竹添回到國內的那付狼狽樣子，更遭到很多日人詆毀，尤為對其發動政變的嚴重失策十分不滿。特別是當日人偵知大清有7艘兵艦正駛向朝鮮港口，更加確信了報紙上所披露大清“欲廢朝鮮而改行省”之說。日人國內主戰論甚囂塵上，美、法兩國也在一旁極力慫恿日人立場強硬，借機打擊大清。但伊藤博文與日人外務卿井上馨兩人則力排眾議，打壓主戰論者。堅持認為時下與大清開戰，並無勝算把握，仍決定避免與大清正麵衝突，和平解決變亂。於是決定派出外務卿井上馨前往朝鮮談判。
而在國內，因中法戰爭，早被法國軍隊整得焦頭爛額的清政府，於12月11日正式批複李鴻章所呈奏議，給出了處理此次變亂的方針大要：以定亂為主，勿與日人生釁。著李鴻章、吳大澄等妥籌對策，並由李鴻章轉飭袁世凱“勿與日人開釁。”
明確地說來，剛開始收到袁世凱的千言報告後，李鴻章很有利用大院君李昰應“廢朝鮮而改行省”的想法，因為在大院君李昰應遞解保定之前，在“二李”兩人的筆談中李昰應曾向李鴻章提出過這樣建議。同時又有張佩倫、袁保齡、周馥等人積極進言，這事李鴻章都要定下來上報總理衙門了。偏偏這時又有多家報紙普遍轉載袁、李往來函件，既然事經露透，李鴻章隻好打消念頭。此時大清總理衙門再度明確“以定亂為主，剖析清日誤會。”並繞過李鴻章遂密授意吳大澄、續昌二人，赴朝公開查辦導致動亂之原因，以了此局。
李鴻章按總理衙門既定方針與吳大澄很快商討出具體對策：一、原則上以查辦亂黨為主，不與日人開釁。二、由袁保齡負責調動慶軍方正祥一營赴韓、駐守馬山浦。三、由丁汝昌率“超勇”、“揚威”兩艦駛往馬山浦。傳諭袁、吳等，不得妄動，等候查辦。
時值因馬尾海戰不聽詹天佑等人警告，致使福建水師全軍覆沒而被革職的左都史張佩倫，正在天津李鴻章督府。張佩倫從李鴻章那裏得知要查辦袁世凱，遂向遠在旅順的袁保齡發去一封密函，告知此事。前麵章書裏敘述過袁世凱因去京城謀職被騙，後經徐世昌引薦給張佩倫，張為袁在李爵帥督府謀得過一等文牘，從此袁、張二人曾有過一段交情，後兩人雖未謀麵，卻是書信不斷，二人情誼更加增添。不僅如此，而且張佩倫與袁保齡的關係也非同一般。1884年6月23日，張佩倫在赴任船政大臣中，與李鴻章、吳大澄、張之洞等人乘船赴旅順巡閱北洋海軍布置防務，袁保齡曾與張佩倫“把袂相聚”暢談三天三夜，“恍如骨肉相聚備談一切，悲能滿懷。”（袁保齡《閣學公集》，書劄，卷3）因此，袁世凱和張佩倫的私下情份很不一般。從認識那天起，兩人雖以友兄相稱，其實袁世凱對張佩倫直視為叔父， “執禮甚恭”（張佩倫，《澗於集》）。若非兩者有著如此極不平常情份，張佩倫這個連親老丈人李鴻章都敢彈劾的清流領袖，是不會幹這種有損其“清流”名聲的事情的。
袁保齡接到張佩倫的密信，立即給侄兒袁世凱去信。信中稱“日本政府聽信竹添進一郎之言，向我政府聲言韓日衝突皆由你所引致。總署在不明細理情況下，特派吳大澄，續昌二人去朝鮮查辦。據傳聞總署密授吳、續二人，問罪於你，以平日人之忿恨。望侄兒早作預備，切切匆誤。