天兵一排火箭射去，明慶右臂燒傷，淮祿大腿中箭，各自負傷敗陣而去。北伐軍正要趁勝追擊，忽見前麵有敵兵救援，林鳳祥即令休兵，繼續退守楊柳青。
朝廷欽差大臣勝保、殿前大將軍僧格林沁一起趕往天津，保護這個京都門戶，拚死不讓北伐軍接近天津城。最初清軍還處於守勢，後來有神威炮隊趕到，火力猛增，清軍便開始了猛烈反攻，一次次向楊柳青轟擊。
神威炮隊由副都統佟鑒帶領，具有先進的、由外國進口的大炮，運輸方便，架設容易，轉向靈活，兼有火力大，能夠在雨水中發射等優點，朝廷依仗這些新式武器死守京津地區。
楊柳青各陣地在神威炮轟擊下難以支撐，施紹恒、詹啟綸首先率部放棄陣地，其他各路也相繼撤退，林鳳祥無法控製戰局，隻得帶兵退至獨流鎮與李開芳合兵一處，離天津越來越遠。
楊柳青陣地丟失，精銳戰士傷亡較多，北伐軍威風掃地。林鳳祥火氣無處泄，把施紹恒、詹啟綸叫來訓道：“楊柳青一戰，我軍銳氣喪盡，你二人首先率部潰敗罪不可恕。本當重罰，念你二人是廣西老兄弟，權且留下性命，削職為兵，杖責四十，以警眾人。”
林鳳祥一聲令下，左右武士一擁而上，將施紹恒、詹啟綸撩翻在地，當眾一五一十地打起板子來。施紹恒、詹啟綸疼得是大喊大叫，挨過四十杖後，屁股已皮開肉綻，影響行走。
林鳳祥這才解了楊柳青戰敗之恨。他猛然生起對這兩位廣西老兄弟的憐憫。他走上前輕輕說道：“委屈你們了，不這樣不足以警眾，我實在出於無奈。你們好生調養吧！”林鳳祥因此對他倆懷有歉疚之意，不再追究他倆首先丟失楊柳青陣地之責。
此時已入冬季，北方冰天雪地，勝保、僧格林沁率各路清軍陸續趕來形成包圍。四萬名北伐軍將士緊縮在獨流鎮至靜海之間狹小地帶，糧食衣物都漸感困難尤其要忍受饑餓寒冷的煎熬。
吉文元始終住在靜海縣城，一是訓練新兵、二是為林、李供應物資。現在天氣寒冷局勢困難，吉文元積勞成疾病倒在床，無力料理軍務。因此林鳳祥帶十分之二的人保衛靜海縣城，獨流鎮留下李開芳帶十分之八的人防守。
吉文元患了重感冒，安心休養了十多天才慢慢見好，但身體仍然較虛弱，躲在屋裏不敢出門。林鳳祥上門看望他，他捧著林鳳祥的手，愁眉難展道：“這妖穴之地怎麼如此冷啊！好像整個世界都被冰凍了。弟兄們都凍得不敢出門，南方從未有過這樣的冰雪寒冷啊！”
林鳳祥也有同感：“是啊！我也沒到過這麼冷的地方，廣西老兄弟都有些忍不住啊！文元你身為帶兵將領要樂觀些，拿出堅強的樣子給弟兄們看看，莫要愁眉苦臉的。”
吉文元道：“說實在的，韃妖在罪隸一帶設有十四萬旗兵，他們武器精良衣食充足，無論如何我們這數萬缺衣少食，水土不服的將士，是怎麼也打不到妖穴了。我軍由浦口登陸時僅兩萬人，能夠轉戰數省打到天津城下，已是盡到能力了。我們無愧於天父上帝，無愧於東王軍師。林丞相，我們應當派人送信到天京，稟報我軍困難境地，請求再派北伐援軍。”
林鳳祥沉重地點點頭，於是數次派人南下天京，急切請求北伐援軍。
駐守在獨流的李開芳部兩萬餘名天兵，抵擋著勝保與僧格林沁數倍於我的清兵。戰士們堅強不屈，克服寒冷與饑餓，與敵展開殊死搏鬥。
清軍不擅苦戰，總是仗著優良武器占點便宜。每次開戰由鑲黃旗蒙古副都統佟鑒指揮所謂神威炮亂轟一陣，北伐軍恨透了敵炮隊。
李開芳決定拔掉這個眼中釘，率一萬精兵趁黑夜偷襲敵炮隊，陣斬副都統佟鑒，繳獲神威炮四門，殺死敵兵數千，得洋槍刀矛無數。更可喜的是奪取了一些過冬物資，緩解了大部隊的燃眉之急。這是北伐軍在靜海、獨流戰役中一次大勝利。經此一戰，清軍在短期內不敢大規模來犯。
次日鹹豐帝便得到此戰敗訊大為惱火，下一道上諭斥責勝保道：“以大隊人馬圍賊匪於一狹小地帶，為何遲遲不能將其擊潰？若執意玩忽，必以你身家性命相抵。”接著將勝保降四級留用；將達洪阿革職留任查封家產。同時給僧格林沁增兵添將，要他取代勝保為欽差大臣，加緊攻打北伐軍。