翼王石達開負責指揮攻城。林鳳祥先鋒軍兩萬人分軍堵住儀鳳門等五處城門；李開芳帶一萬人圍住南麵聚寶門，首先發起攻擊，使城內清軍感到南麵吃緊。
兩江總督陸建瀛從安慶隻身逃回南京以後，驚恐不定心有餘悸，退避總督署內室三日不見同僚。江寧將軍祥厚是滿族人，他身份特殊是朝廷派來專門監視那些漢族大臣的。他耳聽得長毛發匪迅猛而來，而欽差大臣陸建瀛卻貪生怕死，躲在內室避不見人。他耐著性子請陸建瀛出麵督戰，可陸建瀛卻裝病不起。
祥厚向朝廷狠狠參奏了陸建瀛一本。鹹豐帝得報欲將陸建瀛革職拿問，以祥厚為欽差大臣兼兩江總督，但上諭未到太平軍已包圍南京，傳令官隔在長江以北，消息無法送進南京城內，皇帝禦旨成了一紙空文。
南門炮聲一響，陸建瀛再也裝不成病了，他自知難免一死，索性豁出一條老命，帶著江寧布政使祁宿藻去守南麵聚寶門；令江寧將軍祥厚去守北麵儀鳳門等諸門。
太平軍不僅處於軍事上的絕對優勢，而且還得到廣大人民群眾的積極支持。城郊附近每天都有成千上萬的人，從四麵八方送來糧油物資，保證了部隊衣食，免除了後顧之憂。
石達開給林鳳祥、李開芳定下了攻城大計。李開芳在南麵聚寶門日夜騷擾，佯裝強攻以吸引清軍注意力。而林鳳祥卻故意放鬆北麵攻勢，實際則令土營日夜在儀鳳門下挖掘地道、埋置炸藥，準備由此處攻進南京城。
李開芳借用了羅大綱打永安的攻心戰，時而向城內打幾炮；時而派小股部隊輪流衝鋒，攪得城內清兵提心吊膽日夜不寧，在體力上和精神上把敵人搞垮。
到發動總攻的前一天夜晚，李開芳為消耗敵人火藥，叫部下將城外西天寺的五百尊羅漢，搬到雨花山坡上，排成隊形插上旗子，點起火把，讓大嗓門戰士躲在後麵大聲喊殺，活像大部隊發起猛攻。
江寧布政使祁宿藻負責守衛雨花台一線，近日他已被李開芳的驚心戰鬧得神經錯亂，他吃不下、睡不安身體垮下來了。
祁宿藻肝火旺盛開始吐血，聽到雨花山坡上有發匪衝鋒趁夜攻城，他聲嘶力竭道：“不要讓長毛發匪挨近城牆半步，火槍大炮一起打！”打字剛出口，他渾身燥熱心血上湧，喉頭發癢，止不住“哇、哇”幾下，吐出幾大口鮮血來。
城南清軍見雨花山坡上隊列整齊，火把通明，旌旗招展，喊殺連天，都以為太平軍由此處攻城，便遵照祁宿藻命令，連接不斷地向雨花山坡開槍打炮忙個不停，一直折騰了大半夜，到天亮時才發現，他們用盡了火藥，隻不過打碎了西天寺中的五百尊羅漢。
祁宿藻得報氣得心中一陣陣絞痛。他半臥在太師椅上，骷髏似的臉麵沒有半點血氣。他幾天吃不好、睡不安，加之驚擾吐血，身體已十分虛弱。現在太平軍又如此騷擾戲弄，祁宿藻氣得要命，肺部又一陣發熱，渾身毛血管擴張，頓時他大叫一聲，“哇、哇”又吐出了幾口鮮血，待他的家人趙興、董位，慌忙上去護理他時，祁宿藻腦袋一歪、眼睛一閉死了。