正當拿破侖躊躇滿誌地趕往意大利時，意大利軍團的處境卻十分險惡，它的部隊一部分是排成梯隊部署在靠近海岸的狹長地帶——從薩沃納到洛阿諾，然後到尼斯；另一部分則是部署在內地，直到騰達山隘——總兵力隻有4.2萬人；而奧、撒盟軍的兵力，則有5.2萬人之眾。
奧、撒盟軍在阿爾卑斯山濱海支脈的北坡和亞平寧山脈的北坡占有堅固的陣地，控製了這一大片環形地帶的內緣，亦即更短的孤形線，因此奧、撒盟軍有可能迅速集中兵力，把部署更為分散的法軍趕到海岸邊上，使法軍遭受英國軍艦炮火的襲擊。
部隊裝備甚劣，衣著更差，而且根本沒有發晌。舍雷爾的辭職使意大利軍團的官兵甚為震驚。士兵們紛紛猜測誰會成為他們的新司令。在過去二年裏，他們的司令換了一個又一個，既老邁年高又不很勝任：
先是迪戈米埃，然後是迪莫賓，接著是舍雷爾，其後是克勒曼，接著又是舍雷爾。因此，人們都期望有一位年輕有為，精力充沛的人來當司令。
馬塞納時年37歲，而且是一位傑出的戰場領袖，似乎是當然人選。但是，督政府卻另有考慮，因為在他們麵前正好有一位年僅26歲，才華煥發的青年軍官，在攻克土倫時曾扮演過主角。在保衛杜伊勒裏宮時，正是他使用大炮才使督政府的這一幫人得以繼續掌權。
何況在過去幾個月裏他一直在精心製定入侵皮埃蒙特的計劃，現在是讓他去負責執行這些計劃的時候了。2月27日，這位青年軍官被告之他即將接替舍雷爾的職務。3月2日，他正式被任命為意大利軍團司令。
督政府在1795年10月取代國民公會後不久，曾考慮過入侵意大利的問題。五位督政官中，有兩位是舊皇家陸軍的軍官，即巴拉斯和卡爾諾。後者擔任過“測繪`局”局長，曾對入侵問題作過深入的研究，督政府在任命拿破侖為新司令的當天，草擬了一份“對意大利軍團司令的指示”，並於4日後交給了拿破侖。它無疑是以拿破侖原來擬定的那個計劃為基礎的。
3月2日的指示含有下述重要內容：僅攻擊皮埃蒙特並不能達到督政府所確定的目標，即把奧地利人趕出意大利，盡快贏得光榮而持久的和平。??督政府認為尤其必須發動進攻戰役把矛頭主要指向意大利境內的奧軍。
因此，在意大利內的法軍，如果在軍事行動一開始就設法擊敗皮埃蒙特人，那末在其後的戰役中就不會有後顧之憂??我們必須全力以赴地把敵人趕過波河，然後在米蘭方向最大限度地集中力量。不過必須在我軍攻占切瓦後方能行動??拿下切瓦後，軍團司令應迅即用可以獲得的皮埃蒙特的資源補給軍隊。然後再揮師直指奧軍，將其一舉趕過波河並解決己方渡河的手段問題，??督政府堅決認為，意大利軍團應在敵國補給而且也必須靠敵國補給，它的一切需要都應最大限度地取自敵國的資源。必須大量地向占領地人民征收特別稅，其中一半用以維持部隊的各項開支，另一半用以支付部隊的薪餉。
該指示簡明扼要，新司令可以全權處理前進路線和戰術方麵問題，僅提請他注意主要戰略目標的先後次序，即先奪取切瓦要點，迫使皮埃蒙特人退出戰爭；然後補給軍隊，而把奧軍趕過波河；最後進軍米蘭。該指示沒有提最終目標也許是明智的。
上任伊始的拿破侖，所做的首要的一件事是建立一個精幹的參謀班子。他物色的參謀長是無可非議的。事實證明，正是他自己的領導能力和貝爾蒂埃（1754—1814）孜孜不倦一絲不苟的工作相結合，他才可能在其後的18年中取得一個接一個的勝利。貝爾蒂埃時年42歲，早年受過地圖繪製員的訓練，當他還是一名年輕軍官時，曾在北美獨立戰爭中當過羅尚博的參謀。