李明峰和伯錫爾經過多次的商議，決定根據地理、民俗、曆史等各種因素，將新疆省分成哈密府、吐魯番府、迪化府、阿克蘇府、喀什噶爾府、烏什府等六府。新疆巡撫，李明峰是保舉陳星翰出任，下麵的六個知府和同知等官，一部分由這次立有戰功的常勝軍中級將領擔任，一部分是由這次戰爭中表現良好的回王家族派人擔任。
伯錫爾功勞最大，忠於朝廷，所以他的殘疾長子邁哈默特被任命為新疆布政使，總管新疆全省民務。哈密的知府、同知也由伯錫爾的侄子擔任。
這樣一來，不但哈密仍然是被伯錫爾家族所掌握，而且伯錫爾家族還有機會管理全新疆的事務。從權力分部上看，哈密回王家族確確實實的成了新疆第一家族。
毒死阿古柏的布加羅此戰有功，李明峰將事情的經過據實上奏，請求封布加羅為貝勒、貝子之類的榮爵，並請封布加羅為喀什噶爾領主。雷紮伊也是類似，被李明峰請封為喀什老城的城主。
現在的回王領主和以前可不同了，新疆建立行省之後，領主的權力將會大幅下降，基本上比內地的大地主強不上太多。
李明峰詳細的界定了地方官和地方領主之間的權力關係，領主的特權幾乎全被剝奪，隻是享有比較高的政治待遇和大片的良田罷了。現在的回王權力和阿古柏入侵新疆之前完全不可同日而語。
不過，能享受這樣待遇的回王也不多，南疆那些招攬來阿古柏的回王，都被李明峰給全部關押了起來。李明峰認為，新疆多年動亂不堪，不是朝廷對這些貴族不夠好，反而是對他們太好了。現在李明峰使用鐵血手段對付回王，他們反倒老實了許多。
伯錫爾和布加羅畢竟是比較特殊的回王，李明峰這才給他們一定的特權，允許他們指派知府，其他的回王則基本失去了原有的權勢。
南疆被平定之後，英國人也不再聒噪了。隻有李鴻章仍然在朝廷上不停的攻擊李明峰，他認為老李在新疆搞屠殺，弄僵民族矛盾，將來必有後患之類。
但是現在大清全勝的戰績擺在這，沒人理會李鴻章。無論在什麼朝代，在哪個國家，收複領土總要比割讓領土好，即便這塊領土比較貧瘠，比較混亂。李鴻章折騰許久之後，發現沒人支持他，也就作罷。
反正他的目的也達到了，李鴻章就是想讓李明峰和英國人之間產生矛盾，並且讓英國人對他產生好感，全力支持他。從這個角度來看，勝利的是他李鴻章，李明峰和英國人已經徹底鬧僵了，老李在新疆就已經聽說在保定的英國企業有不少都撤資了。
與之相反的，是李鴻章的淮軍得到了大批的英國武器，英國人也開始在李鴻章的地盤江蘇進行投資。看來李鴻章經過這一次的事件，成功的取代了李明峰的地位，成了英國在華代理人。但是老李現在遠在數千裏外，隻能暫時放下這件事情，等到返回中原然後再處理。
李明峰在新疆休整了兩個月之後，朝廷果然如預期一般下旨，恩準了李明峰的全部所請。新疆改成行省，迪化成為新疆省治所，升陳星翰為新疆巡撫，邁哈默特為新疆布政使。
和這道聖旨同來的，還有朝廷的封賞，李明峰此戰功勞頗大，晉升為一等毅勇公。常勝軍其他眾將也各有提升，李明峰特意強調的鄧鴻、傅禹、丁藻林三人都從參將升為副將。
又過了一個月，接到朝廷聖旨和李明峰書信的陳星翰，帶著本鎮一萬常勝軍抵達迪化。這時，李明峰也處理完了南疆事務，率領全軍，押送著十幾個回王和阿克蘇城的數萬叛亂百姓北上迪化。
又過了十幾天，常勝軍再度返回了迪化城，此時已經是同治六年了。