李明峰也不知道，維族人是抽了什麼筋，對這個家族這麼忠心。此時距離張格爾之亂已經有四五十年的時間了，但是新疆大亂之後，占據了喀什噶爾的大軍閥司迪爾在第一時間就派人到浩罕國，接回了張格爾的兒子，大和卓的曾孫，布素魯克來擔任大汗。
阿古柏就是趁著護送布素魯克的機會進入的新疆，由此可見白山派的和卓家族對新疆的影響力。
阿古柏畢竟是浩罕人，對和卓家族沒有尊敬之情，所以他到新疆掌權之後，架空了布素魯克，最終導致布素魯克的反叛。阿古柏鎮壓了布素魯克之後，將其趕回了浩罕，然後又扶持了他的堂兄，同樣是大和卓波羅尼都的曾孫卡塔爾勒繼任為大汗。
卡塔爾勒同樣不甘心當傀儡，他趁著阿古柏到哈密去和李明峰交戰的時機興兵討逆。結果卡塔爾勒出師未捷身先死，沒等戰勝阿古柏就被阿古柏事先安插的人手將其毒死。
毒死卡塔爾勒之後，阿古柏在新疆的維族人之中的形象立刻就改變了，這是阿古柏自己也沒有料到的。本來同為穆斯林，新疆人都把阿古柏看成解放者，但是現在阿古柏將聖裔打跑一個，毒死一個，就讓新疆人徹底的看清楚了他的侵略者本性。
所以在李明峰大軍抵達喀什噶爾之後，阿古柏再度征兵都需要使用強製手段了，可見其不得民心。
李明峰雖然很難理解維吾爾人的心態，但是從這一係列曆史事件分析，老李得出一個結論，維族人對和卓家族很崇拜，崇拜到了瘋狂的地步。為了防止在此發生叛亂，李明峰派出了數十個探子，攜帶重金，深入浩罕國內部，去刺殺謀害大小和卓的後人。
老李誓要讓這個家族絕種，砍斷分裂主義的一麵大旗。隻要他們的精神支柱一倒，分裂主義的猖獗勢頭就會減弱，再加上其他手段，老李自信能夠徹底斬斷分裂主義的根源。
以前新疆是軍事管製狀態，沒有設省，隻設將軍。為了能更加強有力的控製住新疆，李明峰上奏朝廷，要求改變新疆的製度，將新疆設省。李明峰提議取消伊犁將軍，設新疆行省，以後新疆軍民政務當由新疆巡撫來統領。
這樣一來，朝廷就直接插手了新疆的民務，這會導致當地回王的權勢暴減。這種改革，換在任何一個時候都會引起回王勢力的強力反彈，但是現在不同，這幫回王連小命都保不住了，哪裏還有能力和李明峰對抗？
至於吐魯番回王、哈密回王這些忠於朝廷的家族，雖然心有不甘，但是也不敢公然和李明峰對抗。而且李明峰也對伯錫爾表示過了，會盡量維護他的家族利益，這也讓伯錫爾放心不少。
新疆建省，也是朝廷一直以來的追求，但是地方勢力太強，這個製度一直無法實行，李明峰既然主動要承擔這個任務，朝廷一定會讚同的。剩下的就是具體的建省事務問題了，包括政治區劃、治所安排，官吏配置等等。
本來新疆的治所是在伊犁，但是伊犁現在處於俄羅斯的控製之下，李明峰雖然不肯放棄伊犁，但是老李也不想通過武力來解決伊犁問題。現在看來，短期內伊犁還是難以收回的，所以新疆省的治所就要換一個地方了。於是老李就上奏，請求將新疆的治所從伊犁遷徙到迪化。
於此同時，李明峰還保舉了一係列的官員來充任新疆戰後的官職。新疆是李明峰一刀一槍打下來的，現在也完全掌握在常勝軍手中，朝廷無論是出於公道，還是出於實際分析，都沒有拒絕李明峰人事安排的理由。