困難，越來越大。
台南，黑旗軍難以為繼。
能戰之兵不足十營，軍械糧餉俱缺。“局儲軍械，惟雲者士得槍二千數百支、毛瑟槍數十支、林明敦槍數百支，餘土槍土藥半遭濕蒸，不堪用。”[ 姚錫光《東方兵事紀略》，見《中日戰爭》（1）]
這些內情日本方麵也掌握得很清楚，詳細到“劉永福內無糧餉，外無援兵，僅用功牌送功名，以係將士之心而已。”已經到了靠“給軍功章、許功名”維係軍心的地步。
因為還有一些漢奸被收買，包括黑旗軍中接觸核心軍情的要害人員，如李維義營中就有一名叫高慧的文書向日本人告密：“劉永福缺乏軍餉，是其敗之一端”；“兵力不足，是其敗之二端”。[ 《台灣抗戰日方資料》，《中日戰爭》（6）]
台灣內外交困，最嚴重的問題在於經濟。
戰前唐景崧迭次上奏，請求撥款，朝廷指示由南洋暫行撥給五十萬兩。有記載“藩庫尚存六十餘萬兩。然自軍興以來，糈餉浩大，旋奉部撥五十萬兩。南洋大臣張之洞奏請續撥百萬兩，劃交駐滬援台轉運局，以資接濟。”[ 《台灣通史》]但實際上，後來這一百萬兩多數是無法運過台海了。
而且，有管錢管物所謂有實權的官員喪盡天良，趁火打劫（這不是比喻，是真的這麼幹，甚至省署府庫失火的疑案，就是這些人所為），內逃前竟席卷藩庫，回來後繼續瞞報朝廷，從中貪墨，發國難財。朝廷查出的，如候補同知、藩庫廳兼善後局支應任如芬，候補同知機器局蘇紹良“朋比為奸，乘台北失守私盜公款”案，將其“即行革職，永不敘用”，雖彈章所舉“任如芬得銀三十萬兩，蘇紹良得銀二十萬兩”等數字上未能證實，也未記載，可能沒這麼多（否則就不是革職處分了），但邊寶泉所奏“查明貪劣局員罔利營私，聲名甚劣”，還是說明有這些劣跡的。[ 據《清實錄》]
可見台灣抗日軍民實際並沒有全數獲得這些資費。開戰後，餉需“猶恐不足用，林維源首捐壹百萬兩，息借民間公款二十萬兩，而富商巨室傾資助軍者，為數亦多。”[ 《台灣通史》]依靠發動官紳捐款，出錢出力，才算勉強支持。
一旦開戰，耗費巨大，根本支撐不了多久。
台灣省本來就不發達，加上還算得上財富之區的台北喪失，連同藩庫、軍械局、兵工廠盡落敵手，台中、台南貧困，根本無法養戰。況且，本來台灣餉械就須仰賴於沿海官民的支援。可現在孤軍孤城，各種物資消耗無力補充。
先期，在一片保台的呼聲中，沿海督撫如張之洞、譚仲麟、邊寶泉等相繼函囑劉水福堅守，答應源源接濟餉械。
但後來，劉永福連電告急，並屢次派人，包括他的幕僚羅綺章，還有易順鼎道台都看不下去了，主動出來，冒險渡海向兩江、浙閩、兩廣總督求援，卻沒有任何成效。
讀到劉永福發給各地的求援告急電報，“台北義勇甚得力，台南餉械極支絀。”“……餉械奇絀，恩賞多少，祈速接濟。”“閩、粵餉無濟，台南已無法可籌。”一封比一封焦急，看得出形勢一天比一天惡化，讓人喘不過氣來。“恩賞”“多少”，出現這些用詞，入眼極為刺目。
後來的電報，已經到了山窮水盡、痛哭求告的地步，“民不許行，我公不救，兵民皆亂，福死何益？痛哭乞援，望切望速。”“今餉械俱絕，民兵將亂，何以戰守？”讀來，讓但懷忠直之心的人有如箭穿心之感。
可憐這一切，考慮的隻為中國大局安危。大清朝滿朝那麼多“忠臣”，竟不如一個當初的“亂軍首領”，劉永福再次背負“抗旨不遵”的惡名，在形勢最危急之時，仍不忘“福所以死守台南，為大局，非為私也”，“我建孤忠所在，諸公必有以圖之”，寄希望於堅持下去，為大局形勢能有轉機爭取時間。
那麼多內渡的台灣官員，也還不如一個為大清服務的外國“公務員”稅務司麥嘉林，盡職盡責守在台灣，還為劉永福出主意，“請設郵政局，未旬日而征銀五千餘兩”，稅務司竟辦起郵政局，掙點銀子接濟抗日餉需。
但是“餉械不至，俄師渺然”，希望中的餉械沒有著落，幻想中的俄國外援也沒有出現。他還為大清朝廷擔心，一旦台灣一失，各國瓜分中國的貪欲惡念會隨之而來，“福死奚惜，恐屏藩一棄，各國狡然生心。”
錐心泣血，讓人不忍卒讀。
除台灣通史上記載的“唯閩粵總督各貽舊槍一二千杆彈藥數萬粒而已”，督撫們許諾的支援再也不敢也沒法兌現，全部食言，無一例外。
這一切，還是因為那個大清賣國朝廷把壞事做絕。自日軍進攻基隆之前，清廷即以“現在和約既定，而台民不服，據為島國，自己無從過問”為由，命令東南沿海各省督撫“飭查各海口究竟有無私運軍械勇丁之事，設法禁止，免滋口實。”[ 《軍機處電寄張之洞等諭旨》，《清光緒朝中日交涉史料》]加上日艦攔截、封鎖，各地對台隻能少量暗濟，猶如杯水車薪，無濟於事。
後來朝廷還有那麼兩次指示采取“偷運”的法子，“著張之洞再撥奧槍一萬枝，設法解往。”因“惟和約已定，此時運解軍械，務宜慎密，免致藉口生事，是為至要”。及至後來，因怕有礙他那個中日友好“大局”，加上被英德等國使壞阻撓，“惟近據英德使臣言上海廣東均有軍機解往，並有勇丁由粵往台，疑為中國暗中接濟，登之洋報。”竟采取登報紙批露的方法搗亂，朝廷怕情況暴露，“而此等謠傳，實於和約大有妨礙”，即將前令作廢，指示停止解運。[ 據《清實錄》]
一向不講國際信譽的小日本，竟能用遵守“合同”的國際信譽將大清牢牢束縛起來，如此窩囊，不能不說是一件十分悲哀的事。
於是，包括保台喊得最響的兩江總督張之洞，後來竟也以“台向不歸江南管轄，來便越俎”為辭，把自己摘了出去，推了個幹淨，還在電報中暗示劉永福“朝廷命令官員內渡，也包括你”[ 《張文襄公全集》，《中日戰爭》(5)]。
羅綺章、易順鼎籌款的遭遇，就是劉永福的遭遇。
與易順鼎千辛萬苦募集的款項類似，內地組織的捐款最終全部被截留，無法再運上台灣。
想當初康熙“十全武功”之一，何其壯也，雖然“收台”回來隻當是裝點門麵，長期疏於治理，朝廷隻知把爪子伸向大陸富庶之地，但畢竟還有一個主權的明證。今康熙的不肖子孫竟如此不爭氣，嚴令采取“海禁”這種政策手法，竟是玩起了康熙朝之前、台灣還是鄭家經營時，大清曾使用過的那一套。
被自己人背判、讓自己人坑，比被敵人攻擊還讓人心寒窩火。
黑旗軍難，真比丁汝昌、比北洋艦隊、比威海的遭遇有過之而無不及。
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經過彰化之戰，黑旗軍折損大半，已是元氣大傷。
這個時候，部下又有很多人失去希望，紛紛逃離。
逃跑將軍李維義自彰化奔回後，再三提出要到布袋嘴一帶據險扼守。這確實是個比較緊要的地方，日後一部日軍就是從這裏登陸台南的。劉永福於是相信了他，於拮據中發給餉銀，讓他統鎮海中軍左營前去防守。然而李維義一到布袋嘴，即“將銀席卷，並連各槍支變賣”[ 《甲午戰爭史》]，雇船逃往廈門了。
兼護台灣道道台和台南府知府的安平縣知縣忠滿，一直不積極作戰，彰化危急時，借故違令不去增援，[ 事見《台灣通史》]接著也棄軍逃往廈門。
部下的叛逃，更使劉永福內外交困，而台南的形勢就更為嚴峻了。
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盡管如此，劉永福仍不放棄，力撐危局。
黑旗軍宿將王德標正在嘉義縣養傷，“英氣不衰，誓吞敵”[ 洪棄父 《台灣戰紀》]，劉永福命他在嘉義據守。
采納文案吳桐林保舉，起用楊泗洪統鎮海中軍正營、後營、前軍右營、武毅右軍右營兼吉林炮隊共五營，“節製黑旗前敵諸軍，及各地義勇隊，鹹歸調遣”。[ 吳桐林 《今生自述》，見《中日戰爭》(6)]
接受文案吳桐林、羅綺章的兩項建議，采取“議撫”，招撫各地抗日的義軍首領共同抗日；並實行“仿內地保甲,行聯莊法,令各鄉自近及遠，漸次舉行。”[ 姚錫光《東方兵事紀略》]實際上就是發動村莊聯防聯保，“一莊聯十，十莊聯百。由合南聯至台中，由台中聯至台北。倭至則協力攻倭，倭去則嚴查土匪。”[ 《甲午戰爭史》]
除了從彰化突圍而出到達台南的徐驤，直接接受黑旗軍指揮，繼續戰鬥，台南各地的義軍首領紛紛起來響應，其中非常著名的的嘉義大莆林的簡成功、簡精華父子，嘉義中埤莊的黃榮邦，和恒春阿緱的林義成。
9月1日，劉永福任命簡成功總統義軍，重新在台南恢複清軍與義軍聯合抗日的體製。
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稍有恢複，台南軍民主動迎戰，繼續北上禦敵，以求將戰線盡可能推進到台中。新任前敵指揮楊泗洪積極準備，克日率軍前出，以期驅逐倭寇。
楊泗洪(1848—1895年)，字錫九，江蘇宿遷人。出身於拳技世家，早年投效湘軍，積功保至遊擊。1874年隨劉銘傳赴台，擔任營官。滬尾一戰中，楊泗洪“率部挫其鋒，敵為卻”。累升至記名簡放提督，賞“碩勇巴圖魯”勇號，署台灣鎮總兵。1891年，邵友濂任巡撫，盡廢前任之政，裁撤防軍，竟將楊泗洪降為營官。