省城失陷，特別是近5000名清軍放棄抵抗，台灣北部局勢頓時惡化。
前後左右看看，台北後路僅剩了丘逢甲一支義軍。
丘逢甲（1864—1912年），字仙根，祖籍嘉應州鎮平（今廣東蕉嶺），生於台灣苗栗縣銅鑼灣，25歲中進士，授工部主事。據說丘逢甲無意在京做官，所以返回台灣，到台中衡文書院擔任主講，後又於台南和嘉義教育新學。成立民主國一事，可以看出丘逢甲對西學思想接觸很深，從這點又可以猜測，丘逢甲實際上是排斥封建科考，當初有點舍官職而取理想，身體力行推行西式學科，雖然他也在“八股文”教育上取得了成功。
割台消息一經證實，丘逢甲便代表民眾，領銜上書抗議，質問朝廷：“和議割台，全台震駭。自聞警以來，台民慨輸餉械，不顧身家，無負朝廷……何忍棄之？全台非澎湖之比，何至不能一戰？臣等桑梓之地，義與存亡，願與撫臣誓死守禦。設戰而不勝，請俟臣等死後再言割地，皇上亦可以上對祖宗，下對百姓。如倭酋來收台灣，台民惟有開仗！謹率全台紳民痛哭上陳。”[ 王彥威《清季外交史料》]
其實，台灣的這些“上書”，多通過都察院轉奏，因為言辭激憤、不顧避諱，很多估計都到不了光緒那裏。據說，台灣舉人汪春源等人聯名上書求為轉奏，“裕壽田總憲挑剔避忌字樣，不肯代遞”，還是徐頌閣（徐郙）堅持入奏，才遞上去。[ 此事見《說倭傳》]這雖是文人所記，也不可能出現在官方史料，但也比較可信。再說皇上日理萬機，忙得很，哪有功夫閱讀這些來自下層的呼聲呢，何況還句句那麼辛辣？
丘逢甲不講空話，一手拿筆，一手拿起武器，積極協助自己的老師唐景崧籌劃守台，1895年5月23日，被委任為義勇軍統領，按唐景崧的安排，與林朝棟配合，負責起台中的守衛。
丘逢甲本以為憑台北清軍重兵把守，足以抵擋日軍一陣子，爭取到時間。基隆失陷，丘逢甲急舉義軍趕赴台北增援，孰料途中便得知，台北已輕易淪陷，大批清軍隨即不戰而降。
戰局發展到這種地步，丘逢甲才認識到，看來大家的估計是過於樂觀了。
台灣北部門戶大開，丘逢甲勢難支撐，隻好退回台中根據地。
這一退十分可惜。本來，他可以以更輝煌的事跡登上史冊。
因為，他所帶的義軍，還有名義上歸他統領的全台義軍，還有更多新近拿起武器的義軍，並不問形勢如何，隻要能戰鬥和殺敵，他們會以英勇無畏的精神堅持，並馬上開始在新竹地區不斷地尋機襲擊敵人。
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日軍占領台北後，也感覺形勢大好，急不可耐地兵鋒南指，要拿下新竹。
新竹，1879年設縣，屬台北府。1888年，台灣建省，又將新竹分為二縣：中港以南為苗栗，隸台灣府；以北為新竹，仍隸台北府。新竹城牆以磚石築成，高約三丈，寬丈餘，有居民近兩千戶，是當時台灣北部僅次於台北的大城市。
義軍大規模加入戰鬥，就是從保衛新竹開始。
初時，最早駐紮新竹的有薑紹祖一營義軍。
薑紹祖(1875—1895年)，年方27歲。幼名金韞，號纘堂，新竹北埔人，原籍廣東陸豐縣。家稱巨富（真是“富X代”），關心國事，散家財募勇，招起來五百人，稱敢字營。薑紹祖就率這一營義勇北上增援，原打算守衛滬尾，但省城亂了、官兵跑了，隻好退返新竹。
此後，苗栗銅鑼灣生員吳湯興、苗栗頭份塾師徐驤、丘逢甲義軍誠字正前營邱國霖、苗栗生員吳鎮洸等，各率義勇趕到新竹城，一起商量著要收複台北。
除了義軍，還有不少清軍。先前，台中地區林朝棟的棟軍以防軍營傅德升、棟右營謝天德為前鋒，開出彰化北上，準備增援台北。抵達新竹後，便被知縣王國瑞留下來幫助守備。前台灣鎮總兵吳光亮一營及提督首茂林、傅宏禧二營，也趕來會合。
一時間，各路義軍及清軍諸營“不期而會者萬人，遍山漫野”。雖然有官兵有民間武裝，我們且將他們統稱為抗日軍。
隊伍龐雜，總得有個頭兒統一指揮，大家推選吳湯興為抗日軍首將。他有這種才能和威信，同時也有一個官方的正式任命——本身就是台中地區義軍統領。
吳湯興(1860—1895年)，字紹文，原籍廣東嘉應州鎮平縣高思鄉。論起來與丘逢甲同鄉，還是遠親關係。據說他平時“讀書力田，負堅毅之氣，冒危難，不稍顧”，“以義俠聞裏中”。雖然讀書種田，但性格堅毅不懼危難，麵對甲午戰況，生出了敢於擔當的誌氣，頗有曹劌勇於自任的精神。他的一首詩可以說明，“聞道神龍片甲殘，海天北望淚潸潸。書生殺敵渾無事，願與倭兒戰一番！”[《甲午戰爭史》引自《民族英雄吳湯興文獻》，《台灣風物》]
現在倭兒打上門來了，正應複仇和保台一並行動，當然不能光嘴上嚷嚷“滅了小鬼子”了。
經丘逢甲的舉薦，吳湯興被唐景崧正式頒給“台灣府義軍統領”的關防（印信和委任狀）。
大清在急需時號召組織團練，一般是由有頭麵的人物，至少也有個生員、秀才官方身份的人領頭。現在保台不分官民，義軍又得到官方承認和倚重，吳湯興立刻回鄉號召鄉人抗日保台。當地生員邱國霖、吳鎮洸聞聲而至一起張羅，鄉人“各搜器械，具饍糧備應用”，自備幹糧刀槍打鬼子。幾個人各拉起幾營，組成了一支隊伍，日夜加緊操練。