唐景崧署台灣巡撫後，對編製義勇的工作更加重視，認為：“湘、淮勇丁到台不服水土，又虞吃緊之際，難於隔海招軍，惟有就用台民之一法。”[ 《收署台灣巡撫唐景崧文》，《朝鮮檔》]於是更加緊了就地征召義勇的工作。
後來的事情證明他的這些決策是對的——不僅僅是“不服水土”的問題，而更是由於備戰打仗的責任終於解脫了，清政府飭令一下，駐守台灣的一些將領，包括福建水師提督楊岐珍、台灣鎮總兵萬國本及統兵官廖得勝、餘致廷等將領先後回到大陸，走了當然要帶著所屬的清軍一並撤走，所以在台清軍營數大為減少，於是義勇作用更加明顯。
民主國成立後，大總統唐景崧立即著手整合力量，部署各處防禦。能用上的全都用上了。
除由全台義軍統領丘逢甲統十營義勇外，又任命吳湯興為台灣府（台中）台軍統領，統六營義勇。其後，已經轉型為“正規軍”將領的劉永福又當上了義軍統領，帶十一營協防台南。
台灣防禦上就成了愛國清軍與義軍的聯合體製。
這是台灣軍民在當時形勢下的一個創造，為反割台武裝鬥爭做出了很大的貢獻，說它是一個重要支撐也不為過。
但，守台還存在一個重大的內耗性因素，就是內部矛盾未得到及時有效地解決。
守台的清軍本互不隸屬，聯合作戰也是比較鬆散，這是整個大清國防力量與生俱來的根子上的劣勢。後期作戰基本上是捏合在一起進行，效果如何，也全憑臨時指定的指揮員的本領，以及各將領的良心和膽氣了。
在生死存亡、最需要團結一心形成整體力量的情況下，清軍內部特別是將領之間也帶著成見、矛盾，始終不能消除，並經常在關鍵時候成為破壞戰局的因素。
比如，台灣北部重鎮基隆附近要地獅球嶺本來由道員林朝棟率棟字十營駐守。林為抗法名將，當年隨劉銘傳守台，就在基隆這地方與法軍作戰，戰功卓著，“所部將土皆前隨征之人，地勢險要甚悉”，“且訓練有法，頗負時望”。此外，林朝棟還負責大湖與東勢兩地撫墾局的事務，實際上是台灣中北部地區的開墾與撫番工作，多年來恩威並施，很多鬧過事的番社頭領轉而服從林朝棟，這對組織原住民力量是不可多得的條件。
但是，他與基隆守將提督張兆連不和，唐景崧解決矛盾的辦法就是將兩人分開，於是把林朝棟及所部調往台中。從後來的戰局看，這一招“俗手”整壞一盤棋，削弱了台灣北部的防禦力量，幫了鬼子的忙。
保台“布局階段”就出現的類似的“惡手”、“俗手”還有很多。
黑旗軍首領、南澳鎮總兵劉永福率軍支援台灣。這本身是難得的一支力量，但台灣巡撫邵友濂、蕃司唐景崧卻忌憚劉永福，便奏調黑旗軍駐防台南窮荒之地，他們則坐踞台北富庶之區。唐景崧升了台灣巡撫，戰事也越來越緊張，據說，劉永福建議合力守衛台北衝要之地，提出唐管政務，自己管軍事，但唐巡撫，這位曾拉黑旗軍為朝廷效命的老哥們拒絕了所有這些極為關鍵的建議，把劉永福釘在了台南。
當然，這是後來人的判斷，也有一定的道理，但要說僅僅是“為倆錢”這麼簡單，那可就過於浮淺了。
可能，劉永福的建議讓被朝廷認為、自己也認為“頗為知兵”的唐景崧感到很不痛快。
最為可能的是，唐景崧對“天地會”出身的劉永福，實際上仍然充滿戒備，誰知道他會不會再趁這個時候，在台灣反一把？
但唐景崧很自信地將大量清軍布置在了台灣北部，由自己直接掌控，擔負台北的防禦，而將台中分給丘逢甲、林朝棟，台南的防務交劉永福負責，這個卻是事實。
事實還有，唐景崧實際上根本無法掌控多數是從各省調來的清軍。事情也壞在這些正規軍身上。
這件事也讓我們很悲哀地看到，至少在對情勢的認識和戰略部署上，主要官員和將領之間也發生了分歧，出現了裂縫。
雖然丘逢甲也認同劉永福的主張，極力斡旋，仍不能促成唐、劉合軍，台灣抗戰因而種下又一大禍根。
台灣的防禦竟然最終還是保持著原狀，形成了分區把守的部署格局。於是，力量分散又導致“逐次抵抗”幾乎成為唯一的戰術選擇。