關於熱瓦克佛寺的廢棄時間，斯坦因從他收集到的漢代五銖錢和一些文物推斷，熱瓦克佛寺的興廢時間與丹丹烏裏克相差不遠。他在丹丹烏裏克發現了寫於五六世紀的梵文經典，以及一些較完整的文物資料，經過對照研究，認為這兩個佛寺遺址很相似，其廢棄時間應在伊斯蘭教進入和田之前。廢棄的過程也不是突發性的，可能是因為連年戰禍和動亂，放棄了對水利灌溉係統的建設和養護，耕地麵積因供水困難而縮小。河水流量的減少枯竭，流沙不斷地乘虛而人，居民隻得棄家逃生，佛寺自然也隨之荒廢。
但是，後來人們在熱瓦克佛塔遺址的東北部，發現了四處約150平方米的白骨層，這又成了熱瓦克佛寺廢棄於激烈宗教戰爭的新證據。因為按照佛教傳統習慣，人死後火化，裝入罐中（舍利盒）埋葬，絕不可拋屍骨於野外。這一片白骨顯然不是正常死亡者，很可能是戰爭中的犧牲者。
熱瓦克佛寺的興廢時間，多數學者大致認定在四世紀中葉至七世紀末之間。據出土文物和塑像壁畫風格，以及以佛塔為主體的建築格局，可推鋇0為魏晉南北朝的遺址。也有學者把熱瓦克佛寺存在的時間，上限擴至漢朝，下限延至宋代之間。
熱瓦克佛寺是塔裏木河流域佛教文化的代表性遺址，曆史地位非常重要。現在雖然是滿身瘡痍、一片廢墟，但它隱喻的深刻哲學含義和傳遞出的曆史文化信息，仍值得人們去探尋。
這裏曾經一度佛光四射，那些泥塑被奉為神明受到膜拜。然而它們最終沒有保住自己的泥胎和寄身之所。繁盛一時的佛教勝地被無情地毀於一旦，竟連自己的寺廟名稱都沒有存留下來，使人們在尋蹤覓跡時，不僅頗費周折，而且感到格外茫然。
從尼雅到樓蘭
第一次塔裏木河流域探險的重大收獲，使斯坦因在印度和英國聲名鵲起，很快他就得到了正式英國國籍。
1906年開始的第二次塔裏木河下遊探險，斯坦因獲得了更大的成功和榮譽。除了他本人在考察探險中不畏艱險的努力外，還得益於一次偶然的甚至荒誕的機遇。
斯坦因第一次到達和田地區探險，從清政府總理衙門頒發的護照中得到了好處。第二次出行時，斯坦因曾向英屬印度政府和英國外交部提出，希望這次獲得中國政府護照時，“在護照上明確地提一下我的官職顯然是很有用的”。為此，英國駐北京公使館在為斯坦因辦理護照時，故意粉飾其職務，利用文字轉譯的機會將斯坦因說成是“英屬印度總理教育大臣”。這已是外交史上一件荒唐事了，而更為荒唐的是清朝政府總理衙門又稀裏糊塗地將“英屬印度總理教育大臣”錯寫成“大英國總理教育大臣”。這樣，僅任印度一個地區“教育監察主任兼考古調查員”的斯坦因，輕而易舉地搖身一變，就成了“大英國總理教育大臣”。
清朝官員的昏庸腐敗，由此可見一斑…
有了這張護照開道，斯坦因可以說是一路順風，通行無阻。
難怪他可以在新疆任意挖掘古跡，更難怪莫高窟的王道士和敦煌縣令眼睜睜地看著他把“藏經洞”的文物珍寶一車車地運走。
這次斯坦因到塔裏木河下遊考察的目標很明確，就是要發掘斯文赫定探險所發現的“羅布泊淖爾北麵的遺址”，即尼雅、樓蘭和米蘭。
1900年的那次考察中，斯坦因來過尼雅遺址，這次是舊地重遊了。
在起伏不平的沙漠中，露出地麵的枯死的白楊林、庭院的門柱、挺立的斷壁，猶如船艦的桅杆和風帆，浮遊在茫茫的海麵上。
斯坦因沿著彎彎曲曲的尼雅河行進，到達這片被沙漠掩埋的尼雅古城時，流水的河道早已消失得無影無蹤。古代的流沙隔斷了尼雅城賴以生存的血脈，那些密如蛛網的像毛細血管般維係著人們生命的灌溉渠道，也被流沙深深地湮沒在地下。
斯坦因踏上沙丘，就看到一些纏結在一起的活著的和死了的紅柳，沙丘下是一道用蘆葦捆紮而成的籬笆，還有一些人工種植的白楊樹幹，以及露出地麵的木柱和斷牆，斯坦因驚喜地向前走了幾步，那急促的腳步踢出了一些破碎的陶片。這時，他才意識到，此刻他已經進入古代尼雅村莊的某一人家的庭院了。
不遠處有幾間房屋立在台地上，那些木柱和木質構架上，都雕刻著精致的圖案花紋。地上出現的陶器碎片更多了，偶而還撿起了一些雕刻著裝飾紋樣的木片。
隨後，這樣露出地麵的房屋的“桅杆”和“風帆”越來越多。