善後局首先負責遣返和安置難民，丈量土地，恢複生產。農村經濟因遭到徹底破壞，善後局在安撫流散農民的同時，還籌建鐵廠，製造農具，供應農村。左宗棠還發出命令，嚴禁種植罌粟，推廣種植棉花。提倡大力發展當地原有的蠶桑業，從浙江招募“士民熟悉蠶務者六十名”，前來進行植桑養蠶的技術指導。
外寇統治十餘年，由於蓄意破壞和不事修茸，造成河道水渠的損壞，大片土地湮沒荒蕪，極需整治水利，墾荒興田。
鴉片戰爭失敗後，民族英雄林則徐被革職發配伊犁期間，曾受命來南疆進行勘察荒地、籌劃水利的工作。林則徐走遍塔裏木河流域各地，掌握了發展南疆農田水利事業的第一手資料。
林則徐周曆和田、喀什、葉爾羌、阿克蘇、庫車、焉耆、烏什、巴楚、吐魯番等地，行程二萬裏，以老邁多病之軀奔波一年時間，查勘荒地60多萬畝，調查各地水利設施並提出整治方案。他沿途細心觀察塔裏木河及源流各支的水源及渠道情況，翻閱了許多資料，堅持實地考察。如在巴楚調查時，他“夜往市中與貿易人談屯田事”，寫成《巴爾楚克等城墾田案略》和《喀什噶爾·巴爾楚克等處屯田原案摘略》等農田水利開發方案。在葉爾羌河流域，“查出霍爾罕可開荒地，試驗水利充裕”。每到一地，林則徐“先勘水勢”，因為他深知南疆綠洲都座落在塔克拉瑪幹沙漠周緣地區，水利灌溉是農業生產之首，所以在他的日記中諸如“先觀水渠形勢”的記載比比皆是。如在喀什噶爾“引河之水源遠流長，墾田水源豐沛，惟水性渾濁，日久不免停淤”。林則徐提醒有關人員，“所有渠工壩座，尚須加以歲修，乃可水資利用”。在庫車查驗通浚渠道時，發現“間有丈尺未敷”，立即“責成承辦之官吏、伯克等速再加挖，務令多為容納，以利灌輸”。查驗阿克蘇一渠道時，林則徐發現“核與原奏裏數短欠，尚多樹株”，遂督令如式修挖，並限期一年內將渠內樹根全部刨淨，以保證水渠質量。林則徐查驗伊拉裏克水利工程時，恰遇該工程承辦者是他舊屬，他更是從嚴要求：“測量土方，逐段駁潔，加工挑補至再，意猶未慊。”
當時清朝政府限製不同民族交往聯係，阻撓內地民人進入新疆興田墾植。林則徐調整了這一政策，提出將墾地實行三種不同政策，一是維吾爾聚居地墾地全部給維吾爾；二是維漢分居區，如喀什、葉爾羌土地廣大、水源豐富，墾地則應兼顧，將墾地劃分區域分給內地來的民人和維吾爾人戶耕種。第三是對於焉耆、吐魯番等通往內地咽喉要地，漢人來往較多，則應“全部招民”，按置內地來的民戶墾荒耕種。
林則徐查勘土地、調查水源水利活動獲得很大成果，給發展塔裏木河流域生產帶來了希望和生機。然而，由於阿古柏政權在南疆的全麵推進，林則徐的開發水利、全麵興墾的計劃最終未能實現。
阿古柏反動勢力被全部清除，清朝政府在重建塔裏木河流域經濟的時候，林則徐的調查成果無疑發揮了作用。
南疆各地善後局在招民墾荒時，一方麵招撫當地流散人民，妥善安置，給予土地耕種。另一方麵招募內地民人，收留清軍中老弱士卒，鼓勵地方軍隊中有妻室者解甲歸田。務農人員的增加和內地先進農業技術的傳播，給塔裏木河流域恢複生產帶來了活力。
大規模發展生產，必須全麵整治水利。
劉錦棠率兵進攻哈拉沙爾（焉耆）時，白彥虎將開都河決口，“漫流泛濫闊可百餘裏，深者滅頂，淺者亦及馬背”。城中也是“水深數尺，官置民房，蕩然元存”。為了整治開都河，善後局“轉飭各回部糾集民夫民匠”。所有夫役實行以工代賑之法，每日發給糧食。“唯所雇民匠，除日給糧食外，按日酌發工食銀兩。”這樣的待遇，大大提高了民工民匠的積極性。開都河決口被堵住，遭淹沒之處，開渠泄水，泥淖堿灘橫排巨木，複蓋樹枝，鋪以泥土沙石，開都河整治工程順利完成。
這時的葉爾羌河因年久失修，致使洞潰多處，“河水從各決口處洶湧四溢，並不率由故道”，徑向低窪處直瀉奔流，滲漏大半後才在巴楚之東彙人喀什噶爾河。喀什噶爾河也在“龍口橋上麵衝決一口”，造成洪水下瀉，大片土地成為澤國，“近河各台一望彌漫，悉為巨津”。經調集民工和工匠全力搶修，堵塞決口，截斷橫流，才將喀什噶爾河修治完好。在葉爾羌河上，也已“堵築決口，挑挖沙洲，並將老岸及原先長堤加厚加高”。
葉爾羌新墾區從西道開引一條大渠，長達80餘裏，支渠六道，花費人工16萬之多，使綠洲水渠網係延伸擴展。與此同時，還利用各處湖泊窪地貯蓄洪水，灌溉能力大幅度提高，墾田拓荒有了可靠的水利保障。葉爾羌城北屯區，也大力興修水利，“渠道水勢暢流，地畝亦甚豐腴，回戶等無不安居樂業”。政府給葉爾羌無地農民“賞給新開地畝”及耕牛籽種，“渠水暢茂，收獲豐盈”。