不料，在阿圖什立足未穩，張格爾就遭當地黑山派信徒的圍殲。
張格爾率僅剩的三十人逃脫，當進入喀爾鐵蓋山，準備爬山岩潛逃時，被清軍伏兵生擒。
據《清史稿》記載：“年冬，迫張格爾至喀爾鐵蓋山，舍騎躡山巔。張格爾窮蹙欲自剄，超（胡超）與段永福奪其刀，生縛之。”
落網後的張格爾，被檻送北京，在皇宮午門前舉行獻俘儀式後，由刑部將其處以死刑。
這次平叛清朝政府下了決心，采取了限製宗教幹預行政的堅決措施。同時，清朝官員的腐敗無能也是造成塔裏木河流域動亂不斷的原因，清廷明智地考慮了派出官員的選拔問題，並對任職的各級官員實行定期考核製度。這些措施雖然起了一定作用，但終歸是一些權宜之計。
左宗棠擊退阿古柏
塔裏木河聽到了鴉片戰爭的廝殺聲，帝國主義列強侵略中國的槍炮聲。
塔裏木河還聽到了沙俄在帕米爾、喀喇昆侖山以西和天山以北侵略我國西北和新疆領土的槍炮聲。
塔裏木河與黃河、長江同呻吟，與伊犁河、額爾齊斯河共嗚咽。
1840年鴉片戰爭之後，中國逐漸淪為半殖民地半封建國家，成為帝國主義列強奴役宰割的對象。以英國為首的資本主義勢力從海上大肆進犯中國。睡在中亞大陸旁邊的北極熊沙皇俄國自然不甘落後，將侵略的魔爪野蠻地伸向中國新疆和西北領土。
沙俄原來是一個歐洲國家，中國的處境給擴張者提供了大規模軍事占領的機會，開始向中亞一帶發動進攻，侵占了我國的古爾班阿裏瑪圖（今阿拉木圖）之後，進一步向伊塞克湖和巴爾喀什湖以東以南地區擴張，深人中國境內750公裏，割去了這一地區大片領土，迫使我國這片領土上的柯爾克孜和哈薩克族牧民歸屬俄國。從1864年到1870年，中俄簽訂了一係列不平等條約，沙俄共鯨吞了現在劃入吉爾吉斯斯坦和哈薩克斯坦等地的中國西疆領土44萬多平方公裏。
在這樣的形勢下，天山以南、塔裏木河流域及源流地區，也出現了割據爭紛的混亂局麵，喀什噶爾、庫車、和田成為封建宗教頭目各自為王的中心。
喀什回城由馬木提艾來木占據稱王，喀什噶爾又落人白山派首領手中。
不久，柯爾克孜部落頭目司迪克，聯絡伽師回族封建主金相印，在亂中奪取了喀什噶爾，由司迪克稱王。白山派頭目投書浩罕，借助外部勢力來驅逐司迪克。司迪克也派出金相印與浩罕聯絡，也想將流亡浩罕的南疆和卓後裔請回喀什噶爾，以增強自己的統治實力。
不料，此舉的後果不堪設想，它造成了新疆曆史上又一場毀滅性的大災難。
司迪克、金相印引狼入室，成為新疆曆史上的千古罪人。
他們不僅引來了潛伏浩罕伺機反撲的張格爾之子布素魯克，而且引來了執掌一切的浩罕軍官阿古柏。
布素魯克自然稱為喀什噶爾汗王，但隻是個傀儡。阿古柏則被任命為“總司令”，手握一切實權。
1865年初，阿古柏一行由金相印親自引領，入侵喀什噶爾。先是攻下漢城，縱兵屠城七日，血流成河。次年占領英吉沙、葉爾羌，年底入侵和田，遇到抵抗，阿古柏屠殺和田軍民五萬人，屍橫荒野，填滿溝渠。1867年相繼占領阿克蘇、庫車、拜城、烏什、焉耆，塔裏木河流域及河源地區全部落人阿古柏魔掌之中。
阿古柏廢黜了他扶植的傀儡，公開出麵自封“洪福之王”，建立了“哲德沙爾政權”。
野心勃勃的阿古柏占領南疆後，又向北疆地區擴張。1870年繼續東進占領吐魯番，接著攻入烏魯木齊，大肆進行屠殺，見人就殺，連婦女小孩都不放過。守城回民軍派出幾百名兒童手捧《可蘭經》去感化入侵者，結果被喪心病狂的阿古柏全部殺害。
1870年，阿古柏除占領天山以南全部領土外，還占領了天山以北大片領土。
1870年，伊犁被沙俄帝國占領。
至此，新疆全境幾乎都淪人外寇的鐵蹄之下。
物以類聚，入侵者氣味相投。俄國首先於1872年派使者考爾巴斯來到喀什噶爾，受到阿古柏最熱烈的歡迎。英國人包羅傑著的《阿古柏伯克傳》，記載了阿古柏對沙俄使者的媚態。阿古柏說：“請坐在我的膝上，坐在我的懷裏，或你們所喜歡的任何地方，因為你們是上天送到我這裏來的貴賓。”他在請考爾巴斯閱兵時又說：“我把俄國人看作是我最親愛的朋友，如果不然，難道我會把我的軍事力量給你們公開嗎？”