清朝官員和地方阿奇木、伯克的嚴重越軌行為，造成塔裏木河流域各地的恐懼不安，必然會引起維吾爾族人民的強烈反抗。
這種群情洶洶、動懼可畏的怒潮，在塔裏木河流域此起彼伏。
蠢蠢欲動的張格爾，終於有了東山再起的機會。
張格爾是白山派鼻祖阿帕克和卓的後裔，也是大和卓波羅泥都的孫子。他的全稱“張格爾和卓”，就是“世界之和卓”的意思。
張格爾早年在阿富汗的喀布爾求學，成年後就在撒馬爾罕、布哈拉、浩罕等地以宗教為職業。
這時，蟄伏在費爾幹盆地浩罕汗國的張格爾，正窺視著帕米爾高原以東的形勢，等待著時機。
時機如期而至，1819年發生了震驚南疆的“斌靜案”。
荒淫無道、為非作歹的斌靜，身居喀什噶爾參讚大臣高位。
他公然對從中亞浩罕汗國來的商人薩來占的女兒施暴，薩來占因女兒被斌靜奸汙羞忿之極，就把女兒殺死，將頭顱投入堂堂參讚衙門，以發泄憤怒。血淋淋的事件發生在眾目睽睽之下，引得喀什噶爾全城震驚、民怨沸騰。
清朝政府對“斌靜案”的處理敷衍庇護，草率收場，這就激起人們強烈的憤慨，造成塔裏木河流域地區更大的動蕩。
張格爾通過各種渠道，與喀什噶爾、阿圖什、阿克蘇、葉爾羌、和田等地的白山派伊善們取得聯係，蓄積力量，準備起事。
1802年張格爾率數百人人卡，在國境線受到清軍伏擊。張格爾僅率殘部三十餘人逃脫，流竄帕米爾山中。
此後數年，張格爾一邊組織力量，一邊不斷在帕米爾高原對清軍邊防部隊進行襲擊和騷擾。
清軍出動部隊，深入帕米爾高原進行清剿，但總是找不到張格爾的蹤跡。
1826年6月，清軍在色彥圖率領下再次出卡深入帕米爾四百餘裏進行清剿，但仍然一無所獲。這位色彥圖在歸途中被急欲邀功請賞的惡念所驅使，竟然喪心病狂地屠殺了百餘名柯爾克孜牧區的婦女兒童，打算回去謊報軍情。但很快色彥圖就得到報應，還沒等他回到軍營，就被隨後追來的兩千多名柯爾克孜騎兵堵截，將這支清軍全部殲滅在一條山穀中。
這一事件，不僅使受到浩罕汗國支持的張格爾，又意外地得到柯爾克孜人的支持，而且這一事件還大大鼓舞了新疆境內反清勢力的信心。
同年，張格爾從邊境第三次入卡成功。
張格爾率領五百餘名浩罕人、柯爾克孜人的武裝，輕而易舉地破卡入境，直奔阿圖什而來。在阿圖什，白山派伊善們煽動大批信徒，從四麵八方來參拜“聖裔”張格爾。
清軍趕來，雙方發生激戰。張格爾借助白山派信徒的掩護，潛入喀什噶爾郊區的阿帕克和卓麻劄（墓地）。張格爾以祭奠聖祖為名，聚集了更多的白山派信徒。一百多年來，這裏是白山派每年一度參拜活動的中心，因而它在帕米爾高原以東和以西都很出名，成為白山派心目中的聖地。所以，張格爾一經打出亡靈阿帕克和卓的祭旗，這裏很快就變成了張格爾與清軍抗衡的最大據點。當清軍圍攻阿帕克和卓墓地時，又有大批白山派信徒從各地蜂湧而來，造成裏外合圍的陣勢。在一個風雨交加的夜晚，張格爾率部衝出清軍包圍，率領外圍白山派信徒，公開舉起了全麵反清的旗幟。
張格爾彙集了巨流般湧來的白山派各路信徒，塔裏木河流域的形勢發生了風起雲湧、迅雷不及掩耳的突變，隻十多天時間，這些烏合之眾憑借宗教的狂熱力量和巨大聲勢，很快就包圍了喀什噶爾、英吉沙、葉爾羌、和田等地的清軍，使他們隻能在城堡中憑借工事進行固守抵抗，而他們與外界的聯係被張格爾完全切斷了。
但是，張格爾號召起來的宗教狂熱者們，雖然有震撼塔裏木河波浪的聲勢，卻不具備必要的軍隊建製、指揮係統、作戰素質和後勤裝備，所以他們還沒有能力攻下這些暫時被圍困的城堡。
張格爾當機立斷，再次向浩罕汗國求援，交換的條件是向浩罕統治者“約破西四城，子女玉帛共之，且割喀什噶爾酬其勞”。
浩罕汗國的伊列汗召集眾臣商議說：“真主把光榮輝煌的王冠加在我的頭上。如果我們稍有不慎，這王冠就會被別人奪去。
現在，一個毫無威望的人帶著一夥無賴之徒包圍了喀什噶爾，想在那裏奪取汗位。這是件天大的難事，諸位有何高見？”
一位大臣說：“如果喀什噶爾城被攻破，那麼中國人多年收藏在那裏的珍寶會被一掠而空。有了這些珍寶，這幫歹徒便會奢侈無度。偉大的可汗秦（意為清朝皇帝）豈能容忍這種行為？可汗秦必派大軍進行報複。這幫無賴之徒一定會被消滅。同時，穆斯林的財產將會遭到不可估量的損失。”