白山派首領阿帕克和卓被暴動者扣‘死，他的後裔中有一對兄弟被稱為大、小和卓的，當時作為人質押解伊犁。準噶爾汗國滅亡後，烏什、阿克蘇的行政官員們要求將大小和卓放回，這樣白山派的信徒們將毫無異議地臣服清朝。清朝政府采納了這種意見，立即派出一支由四百名清軍：和一千名蒙古軍隊組成的護送隊，隨大和卓來到烏什。小和卓則繼續留在伊犁。清軍起用大小和卓，表明將由他們管理天山以南地區的事務。
這樣，黑山派與大小和卓為首的白山派形成對立之勢。清朝是支持白山派的，所以也被黑山派視為敵人。
大和卓聲勢浩大，如日中天，很快就攻下了黑山派占據的喀什噶爾。和田不攻自破，宣布依附大和卓。
黑山派剩下的最後據點是葉爾羌城。它曾經是葉爾羌汗國的都城，是天山以南最大的城鎮。它周圍是人口密集的綠洲，是葉爾羌河上遊最富庶之地。白山派軍隊兵臨葉爾羌城下時，被安排在城裏的內應、黑山派的叛逆者，起到了向自己同夥背後插刀、腳下布雷的作用。《和卓傳》記下了黑山派麵臨滅頂之災時的悲慘情景：“葉爾羌城的軍隊成批地被擊殺，屍體像河灘的石頭一樣布滿了曠野，血像河水一樣在流淌，潰退的人們將城門擁塞得水泄不通，前邊有人在踩踏和擠壓中喪命，後邊有入被雜亂無章的兵器擊碰而死。有的人攀著從城牆上放下的繩梯才得以逃生。”
而白山派軍隊的士兵，則“得意洋洋地從屍體上剝取衣服，收集著武器。城裏更是一片哀號之聲。有人呼叫著父親，有人呼叫著兒子，有人呼叫著哥哥，有人呼叫著弟弟，每個家庭都遇到了喪事”。
黑山派的首領率領一部分人，向葉城方向敗逃而去。當他們來到葉爾羌河上遊的澤熱甫夏河邊時，隻見“河裏漂浮著齊屋高的冰塊和雪堆，人畜碰著就粉身碎骨。有人騎馬躍入河中，轉眼間就被激流卷走。艱辛困苦難以言盡，人們總算登上了對岸”。
然而，失去了控製的人群已無法逃脫噩運。天亮之後，黑山派的首領和全部逃亡者已無路可走，成了俘虜。
根據大和卓的命令，黑山派大小首領一律被處以死刑。
天山以南、塔裏木河流域地區，全部歸大和卓控製。整個綠洲和沙漠上空，響徹了白山派的喧囂聲。
黑、白兩派曠日持久的殘酷爭鬥，以大小和卓為首的自山派再度得勢而成為尾聲。
大和卓小和卓叛亂 塔裏木河在呻吟。
呼嘯而來又呼嘯而去的各路鐵騎，輪番從她的身上踏過。
她遍體鱗傷，河水中流淌的是血、是淚、是破碎的文明。
大小和卓從階下囚，因受到清朝政府的恩惠，一躍而為顯赫一時的人物，成為天山南部、整個塔裏木河源流和流域地區的實際統治者。
白山派的歡呼聲震耳欲聾。
白山派的旗幟插遍河岸綠洲和高山。
前文提到過一個人物，他就是給清朝提供機會平定準噶爾汗國的阿睦爾沙納。由於他背叛達瓦齊歸附了清朝，才使清朝乘機開始了進攻天山並大獲全勝的軍事行動。
於是，這位準噶爾汗國的叛逆者，便產生了取代達瓦齊而登上汗王寶座的夢幻。
清朝政府為了統一新疆，果斷地取消了汗王的稱號，將天山南北置於中央政府的直接管轄之下。
夢幻破滅的阿睦爾沙納，在伊犁首先發難，襲殺了清朝的伊犁將軍班弟。在伊犁的小和卓隨即響應阿睦爾沙納，事敗後兩手空空地逃往南疆，鼓動大和卓一起發動反對清朝的叛亂，並四處鼓吹“反對異教徒”，以煽動維吾爾人的反清情緒。
大和卓在清朝幫助下消滅了宿敵黑山派，掌握了天山以南即新疆的半壁江山的統治權，不想破壞與清朝的關係。大和卓說：“從前受辱於厄魯特，非大國兵力，安能複歸故土？恩不可負，即兵力也斷不能抗。”小和卓一無所有，所以力主與清朝決裂，如此尚可改變自己的處境。他極力勸說大和卓：“你我兄弟二人被準噶爾禁錮，曆有所年，今始得歸故土，若聽大皇帝諭旨，你我二人中必有一人喚至北京為質，當與禁錮何異？莫若與中國抗拒，地方險遠，內地兵不能即來，來亦率皆疲憊，糧運難繼，料無奈我何。且準噶爾已滅，近地並無強鄰，收羅各城，可以自力。”
大和卓經不起煽動和蠱惑，於是就扯起了叛亂的旗號，開始在塔裏木河流域製造一場新的災難。