為了實行有效統治，必須要控製人們的思想。他把凡不屬白山派的宗教經典和各類學術著作，全部付之一炬。喀什噶爾富麗堂皇的汗力克經文學院，是喀拉汗王朝時期建築的伊斯蘭經文學院，該院的數萬冊藏書也被他焚毀，據說大火一直燒了三天三夜。當時僅有的一座天文台——喀什的舒格塔克天文台也被夷為平地。大批穆斯林作家、學者被關、被殺或被迫逃往國外。維吾爾文化一度繁盛的文明之花，在這次劫難中紛紛散落。
阿帕克和卓本人也不擇手段地聚斂財富，生活窮奢極欲。一次婚宴他就宰殺了四萬隻羊、三萬頭牛。為了死後的享受，他還強征數萬民工，耗費巨額白銀，為自己在喀什噶爾河畔建造了豪華的陵墓。
阿帕克和卓的倒行逆施，引起了維吾爾人民的反抗。1692年黑山派群眾舉行暴動，阿帕克和卓敗逃吐魯番、哈密。不久他又借助準噶爾的力量，並發動了白山派的暴動，重新在喀什噶爾複辟了白山派政權。
1695年，阿帕克和卓被暴動的群眾殺死。
阿帕克和卓死後，喀什噶爾仍由白山派控製，建立了喀什噶爾汗國。
葉爾羌城則由黑山派占領，宣布重建葉爾羌汗國。
與此同時，阿克蘇和烏什的統治者也宣布各自為政，既不接受葉爾羌方麵的統治，也不服從喀什噶爾方麵的統治。
占據葉爾羌的黑山派，對白山派的信徒開始了殘酷的報複和迫害。其暴行絕不亞於白山派。在葉爾羌城，黑山派的首領將白山派的苦行僧一千人，“像宰羊一樣地割開了他們的喉嚨，用他們的血澆動水磨，用這種方法磨出麵粉”。黑山派的首領們親自吃這種麵粉，以慶賀自己的勝利。
喀什噶爾與和田的白山派軍隊，數次從兩麵夾擊葉爾羌，並派人潛入葉爾羌進行暗殺，揚言要為被殺害的白山派苦行僧報仇。
為了消滅對方，雙方分別聯絡柯爾克孜人和哈薩克人，卷入白山派和黑山派之間的奪權風暴。
其實，白山派和黑山派都同屬伊斯蘭教伊善教派。白山派也稱白山宗、白帽回、白旗派，黑山派也相應地被稱為黑山宗、黑帽回、黑旗派。這僅是一些形式上的區別，在宗教實質上並沒有多大分歧。所不同的除了名稱、服飾顏色之外，也就是宗教禮儀和修持方式上一些非本質的差異，如白山派主張默念讚詞，黑山派則主張高聲朗讀，如此而已。實際上，兩派鬥爭是權力之爭，是兩派宗教封建統治集團的政治鬥爭。
白山派和黑山派，都打著宗教的旗號進行針鋒相對的鬥爭。對立的雙方都說對方“偏離教規”，而鼓吹自己是按照教規行事的“正宗”。雙方互相羅織罪名，攻擊對方。
水火不容的流血衝突從喀什噶爾河到阿克蘇河，從葉爾羌河到和田河，腥風血雨籠罩著塔裏木河源流及整個流域的各個地區，各族人民蒙受了長達一個多世紀的深重災難。
當時的天山以北地區，哈密歸順了清朝，其他大多數地方都由準噶爾汗國統治。
清朝政府尚無力對付強大的準噶爾蒙古軍事集團。即使在清朝擊潰了準噶爾首領噶爾丹以後，也沒有利用準噶爾汗國的不利處境，乘勝進攻天山北部地區，至於在兩派血戰中處於水深火熱的塔裏木河流域地區，清朝政府更是無力顧及。
噶爾丹死後，在達瓦齊繼任準噶爾汗王時，清朝統一新疆的機會來臨了。
達瓦齊上台的支持者阿睦爾沙納，突然投附了清朝，這給清朝政府作出進軍天山的決策，起到了推動作用。
1755年，清朝出兵五萬，軍馬七萬匹，征討天山北部的準噶爾部。達瓦齊率兵萬人，逃至伊犁西北的格登山。格登山造就了一個神奇的戰例，因而名揚天下。當時為了有效地消滅仍然強大的準噶爾部，清軍就派出一支20人的騎兵前去偵察敵情。：不料這支小小的偵察隊突發奇想，以迅雷不及掩耳之勢，“即乘夜搗其營”，敵營頓時大亂、自相蹂躪。達瓦齊部一夜之間全部解體，六千人被俘，達瓦齊率殘部翻越天山到烏什，被擒獲。至此，強盛一時的準噶爾汗國滅亡。區區20人的偵察隊，居然發揮了導致準噶爾汗國覆滅的致命一擊的作用，堪稱戰爭史上的一件軍事傑作，因而清朝政府在格登山樹碑永誌紀念。
這時，塔裏木河流域原屬準噶爾汗國控製的焉耆、庫車、阿克蘇、烏什等地，已自動解除了歸屬關係。喀什噶爾、葉爾羌、和田等地，則由黑山派首領所割據。
本來清軍可以一鼓作氣，順利解決天山南部的問題，但這時卻斜枝橫出，有了意外的情況。