公元999年，玉素甫·卡德爾汗招募了來自巴格達、波斯、印度及中亞的雇傭軍。這支號稱十四萬之眾的伊斯蘭十字軍，不僅收複了喀什城，而且敲響了於闐佛國覆滅的喪鍾。
擊敗於闐軍隊，結束延續了數十年的這場戰爭的使命，是由玉素甫·卡德爾汗完成的。
1006年，玉素甫·卡德爾汗終於全麵征服了於闐，伊斯蘭教徹底取代了佛教。
不願放棄佛教信仰的兩位於闐國首領，率軍退至昆侖山中，憑借天險堅持了一段時間，最後還是被“聖戰”者消滅，餘部越過昆侖山逃亡西藏。
從此，盛行千年的佛國於闐，香火斷絕，鍾鼓禁聲。一個宗教故事謝幕，伴隨著一個新的宗教故事的開場。
喀拉汗王朝剩下的最後也是最大一塊心病，是占據在塔裏木盆地東北部的高昌回鶻王國，那裏仍舊是西域最大的佛教中心。
高昌回鶻王國的領地包括吐魯番盆地、天山以北的北庭（今吉木薩爾）、羅布泊附近的且末、塔裏木河中遊的庫車。喀拉汗王朝的多次出兵征討，都沒能越過庫車一線。高昌回鶻王國，成了喀拉汗王朝啃不動的一塊硬骨頭。
這時，成吉思汗的騎兵鐵流千裏，氣吞山河，給塔裏木盆地上空籠罩上一種動蕩不安的氣氛。高昌回鶻王朝看到西遼王朝江河日下，瀕於崩潰的局麵，就順應曆史潮流，及時地脫離了與西遼的關係，歸順了成吉思汗，臣服於後來建立的蒙古帝國王朝。
高昌回鶻王國境內，佛教不但沒有消亡，而且還得到了發展。回鶻王國時期對佛教藝術文化的許多光照後世的建樹，就是這個時期內進行的。
天有不測風雲。到十三世紀末葉，蒙古貴族海都、都哇製造叛亂，燃起戰火。為了在軍事上取得喀拉汗王朝的支持，包括海都、都哇在內的許多蒙古貴族都信奉了伊斯蘭教。
都哇指揮十二萬大軍，於1275年包圍了高昌都城，進行了六個月之久的戰爭，最後沒有攻下，但給了高昌以毀滅性打擊。
後來，塔裏木河流域地區，成了察合台汗國的屬地。首領禿黑魯·鐵木爾汗是第一個信奉伊斯蘭教的蒙古汗王，他統治下的察合台汗國也就成了伊斯蘭汗國。
成吉思汗的這批後裔，為了維護自己的統治，以百倍的狂熱繼續進行伊斯蘭“聖戰”，完成了喀拉汗王朝幾代汗王未竟的事業——征服高昌回鶻佛教王國。
十四世紀末前後時期內，千年古城交河、高昌，落人“聖戰”
者之手。
伊斯蘭“聖戰”者在進攻高昌時，高唱著如下的戰歌：
我們像山洪般一湧而至，
爬上城頭向前麵奔跑；
把他們的佛寺夷為平地，
在菩薩的頭上拉屎撒尿！
此後，佛教勢力又退出哈密，伊斯蘭教的新月旗幟終於播遍了新疆的全境。
察合台汗國春秋
天山以南、塔裏木盆地周緣綠洲的三國鼎力局麵，終於結束了。
維吾爾的先民同塔裏木河流域當地居民，以及曾經活躍於西域、中亞的突厥人、鐵勒人等，經過漫長的融合過程，形成了一個新的民族共同體，元代正式稱為畏兀兒或維吾爾。
伊斯蘭教化以後的維吾爾，統一使用阿拉伯字母。推行宗教和推行阿拉伯字母同時進行，這種強大的攻勢，結束了使用當地各民族文字、古回鶻文字等多種文字並用的時期。
塔裏木河流域共同的自然環境、生存空間和經濟文化狀態，提供了民族融合必要的客觀條件。
但是，帶著濃厚的遊牧民族氣息、從蒙古草原遷來的回鶻人，到達塔裏木盆地農業發達的各個綠洲，在新的環境中必須對自己的社會經濟結構進行改造。回鶻人審時度勢，為了能長期成為塔裏木河流域地區的主人，明智地放棄了原有的部族遊牧的生產和生活方式，這就適應和促進了這次劃時代的民族融合的進程。
不過，當時的宗教戰爭無論多麼激烈，他們的首領都無一例外地承認自己是中國人，有的稱自己與中原王朝是“甥舅關係”，有的稱自己是“下秦”，即中國的一個地方政權。喀拉汗王朝的汗王則自稱“桃花石汗”，在名字前麵加上這一稱謂，意思是“中國的汗”，“桃花石”是他們對中國的稱呼。
伊斯蘭教的最終勝利，一方麵是狂熱的“聖戰”，一方麵是謹慎地應對各種時局變化。
在被伊斯蘭教征服的地方，如疏勒、於闐、龜茲、羅布泊一帶及吐魯番盆地，消除佛教影響也不是輕而易舉的。他們在大肆破壞佛教寺院、強迫佛教徒改奉伊斯蘭教的同時，也大量修建伊斯蘭教寺院，開辦宗教學校，以和平的手段傳播和普及伊斯蘭教。