自公元一世紀，開始了白氏王朝統治龜茲的時代。這時貴霜王朝在中亞和印度次大陸興起，首都設在白沙瓦（今巴基斯坦）。公元二世紀初國王迦膩色迦在位，大力提倡佛教，據說召開了一次佛典集結，派遣大批僧人出國傳教，加快了佛教東傳龜茲等地的速度。
佛教作為一種新的意識形態和文化形態，傳人龜茲後大大推動了龜茲經濟文化的發展。佛教文化很快成為龜茲國的主流文化。在國王支持下，建立寺院，開鑿洞窟，高僧雲集，佛法廣布。魏晉南北朝是中原群雄割據、部族混戰、經濟遭到破壞、人民流離失所的時期。而在龜茲則是國家強盛、人民安居樂業、佛教文化燦爛輝煌的階段。龜茲石窟群的主體就是這時建成的，那絢麗繽紛的龜茲千佛洞壁畫、雕塑，也是這一時期的產物。中國古代傑出的佛學家、佛經翻譯家鳩摩羅什，正是東晉時期龜茲著名高僧。
兩晉時期，在鳩摩羅什前後有大量龜茲僧徒前往中原傳道譯經。這時的佛教，在龜茲已達到鼎盛時期，所以塔裏木盆地邊緣諸國的王族子女都來此受戒學法。當時龜茲有“佛塔廟千所”，僧尼達一萬人，足見龜茲已成為當時西域的佛教中心。
公元三世紀大約在西晉時，龜茲國在都城以北四十裏的山上建立了一座最大的佛寺，名叫雀離大清淨寺，有的文獻記載為雀黎大寺，後來玄奘在《大唐西域記》中也有相關記載：龜茲“荒城北四十裏，接山阿隔一河水，有二伽藍，同名昭怙厘寺，而東西隨稱。佛像莊重，殆越人工，僧徒清肅，誠為勤勉”。這裏的昭怙厘寺與《水經注》引道安《西域記》所記雀離大清淨寺和梁慧皎《高僧傳》中的雀黎大寺，應為一個寺院，隻是同名異譯罷了。
在雀爾塔格山下，一條河水從中間的戈壁灘上流過，把佛寺分成東區和西區兩部分，巨大的佛寺群在兩岸台地上隔河相望。
西岸佛寺高塔巍峨，寺院建築隨著山勢的起伏一層層鋪開，參差錯落，逶迤延伸。在大約寬200米、長700米的範圍內，分布著僧房、禪室、佛殿、窟群。緊靠河岸的一座方型大寺，四周有堅實厚重的牆垣，寺內殿堂富麗、寶塔莊嚴，十幾米高的佛塔之南連接著梯形平台，台上經堂內有色彩鮮豔的壁畫。佛塔北麵數不清的僧房禪室鱗次櫛比，毗連數裏。
河岸東邊的佛寺佛塔更多，層層疊疊，順著河岸逶迤延伸至深山峽穀。在一座大佛殿中，有一塊碩大的印著佛的足跡的玉石。玄奘法師其後來這裏拜訪時，還看見了這塊神秘的佛跡玉石。他說：“東昭怙厘寺佛堂中有玉石，麵廣二尺餘，色帶黃，狀如海蛤，其上有佛足履之跡，長尺有八寸，廣六寸矣。或有齋日，照燭光明。”
那時的雀離大清淨寺，每逢禮佛盛會，全城的僧徒信眾蜂擁而來，頂禮膜拜，長跪不起。佛塔聳立山坡之上，佛陀居高臨下俯視眾生，那森嚴威武之勢，令眾生無限敬畏，甘願匍匐在巨佛足下，聽任命運的擺布。