年羹堯一倒，朝中王公大臣精神振奮，紛紛上奏彈劾年羹堯的罪狀。有的說他與靜一道人鄒魯等圖謀不軌；有的說他縱容汪景琪著《西征隨筆》攻擊朝廷；還告他擅調官兵捕郃陽鹽梟時，枉殺百姓800餘人……經刑部核實，其罪共92條，供詞明白，依律當大辟，其父及兄弟、子孫、叔伯之子、兄弟之子年方16歲以上者皆斬，以下及婦女給功臣家為奴。雍正看到奏折後，略有所思，然後說：年羹堯有大功於前，姑且從寬，令其自裁。兒子年富斬首。餘下15歲以上者充軍邊關。其父年遐齡、其兄年希堯革職免罪。
年羹堯雖死，但隆科多仍在，隆科多雖頗有算計，此時也不得不考慮自己的處境。想到皇上對他也起了疑心，更擔心雍正帝的緹騎出沒無常，於自己不利，趕緊向雍正帝提出辭去兼職的步兵統領。雍正帝見奏折立即批準，隆科多頗感踏實。他那裏想到，他的一舉一動，雍正帝都清清楚楚。
雍正五年，田文鏡上書彈劾隆科多，接受年羹堯賄賂，對年羹堯有所庇護。雍正帝降旨，削去太保，革去尚書，令其去阿攔善山築城墾地。據清史記載，隆科多把持朝政，權傾內外，而雍正帝無論是下詔或傳諭，必稱舅父隆科多，一時群臣不知所措。而實際是已有除去隆科多之意。田文鏡有一幕僚鄔先生，善陰陽八卦。有一次，問田文鏡：“不知大人想當一名有名的督撫，還是當一名平平庸庸的督撫？”田文鏡說，必須當一名有名望的督撫！鄔先生說，我代大人擬一奏折，內容你不必看，也別問，直接上奏給皇帝保證此事大成！田文鏡很相信鄔先生，將奏折呈上，事情果如所言。實際鄔先生聽田文鏡每次上朝下朝所議論的宮廷諸事，才作出準確判斷的。
隆科多發往阿蘭善山後不久，都察院又上一本羅列隆科多的罪狀：私鈔玉牒，收藏於家；將聖祖仁皇帝禦書貼在廂房，視為玩具；等等共計41款。雍正帝命緹騎去阿蘭善山，將隆科多逮捕歸案。念其是他的舅父，免其正法，囚禁於暢春園外麵三間小房裏。
雍正六年隆科多鬱悶而死。