壬申倭亂之後，受到極度打擊的朝鮮王室，開始有意識地恢複和重建一些有名的大刹，如華嚴寺的覺皇殿、佛國寺大雄殿和極樂殿的重建工程。此外還有如通度寺、海印寺、法柱寺、東華寺、銀海寺、金山寺等分布在金剛山和妙香山一帶的寺刹也得到了一定程度的恢複。這些寺刹延續了此前的傳統布局，以王室和統治階層的支持為命脈。比起這些受到王室支持的大刹來，數量更多但規模很小的是分布在深山中重建的寺刹，它們大多是是新羅末期或者高麗初期創建的禪宗寺刹，重建時也基本維持了原有的格局。此外，由於倭亂之後朝鮮政權放鬆了對佛教的打壓，佛教在戰亂後得以短暫的複興，各地紛紛新建了一些寺院，如神興寺、玉泉寺、興國寺、大興寺、佛甲寺、禪雲寺、來蘇寺，開岩寺、雙溪寺等。這些新建的寺刹，結合當時的實際，也在高麗山林佛寺的基礎上衍生出一些新的模式。
壬申倭亂之後朝鮮全國範圍內寺刹複興的背景，一則是國家遭逢大變後，人心更覺世事無常，更多的人向佛教尋求解脫；二則是通過僧侶自身的努力，佛教略有中興氣象。進入17世紀以來，佛教界在曉定等名僧的努力下，出現了許多新的發展。曉定強調的“禪主教從”的思想是17、18世紀佛教界最主要的變化動向。僧侶們入山修行，靠自力建造寺刹，形成自給自足的修行狀態，這是繼承了新羅末期禪僧的傳統，因而減少了國家和民眾的負擔。而且，愛國僧侶在抗擊倭寇入侵中也起到了或多或少的作用，如在戰爭中僧侶們以教派或寺刹為依托紛紛組織僧兵抗敵，著名者如興國寺等，這些努力使得朝廷和儒學者對佛教的排擠得以稍緩。
雖然朝鮮王室在特殊的曆史條件下仍然保留了一定數量的“願刹”，但是對寺刹建造支持更多的主要是新興的農民和商人階層。17世紀中期以來，士大夫階層逐漸摒棄了佛教，而佛教在農民和商人等下層人民中反而得到了更為廣泛的傳播。雖然這些階層一直就是佛教的忠實信徒，但比之以前，17世紀中期以後他們的經濟能力有了很大的增長，因此能夠對寺刹的建造提供更大的支持。壬申倭亂以後，為了恢複遭受破壞的農業生產，朝鮮大興水利工程，開拓荒地，因此大江大河的下遊成為新興的經濟區。雖然大部分收益仍然屬統治階層所有，但也催生了大批的富裕農民，而他們與士大夫階層不同，堅定地信仰佛教，對寺刹的建設給予了相當的支持。
總體來看，朝鮮時期雖然以儒學為治國理念的士大夫集團對佛教采取了嚴厲的壓製政策，但是佛教畢竟在朝鮮半島紮根日久，勢力盤根錯節，在民間有強大的生命力，雖然得不到王室和士大夫階層的支持，但小規模寺刹建築的興建和修繕活動從未間斷，隻是不複過去的盛況。朝鮮時期佛寺建設活動主要有幾種類型，一種是對新羅、高麗以來有名的大刹的逐步複建，依然維持了原來的布局形態，複建工程主要由官方主導；另一類主要是新羅末期受到禪宗的影響在深山中建造，然而被廢棄的寺刹的小規模再建；再有一類是在大江的下遊地區的海濱新造的小型寺刹。就整體而言，朝鮮時代的寺院因為不再受到政府的支持，而且受到種種限製，不得不依靠寺院自身的山林經濟和信徒的供奉勉力支撐，僧人達數百名的大寺刹數量急劇減少，寺刹建設的水平也江河日下，不複往昔光彩。
3.5.2朝鮮時期的山林佛寺