敦煌史地研究是在清代隨著此一地區的再度開辟而逐漸興起的。雍正年代，汪德容編有《沙州碑錄》63，乾隆二年（1737年）黃文煒編《重修肅州新誌》內有《沙州衛誌》、《安西衛誌》，乾隆八年（1743年），常鈞編《敦煌雜鈔》及《敦煌隨筆》，道光年間蘇履吉、曾誠編《敦煌縣誌》，此外，清代《陝西通誌》、《甘肅通誌》、《西域圖誌》、徐鬆《西域水道記》、陶保廉《辛卯侍行記》等，都有不少關於敦煌地區史地人文的記述。
隨著敦煌遺書和敦煌漢簡的出土，其中發現不少有關敦煌史地的資料。這些資料陸續得到刊布，促使研究內容進一步擴大，並取得不少成果。數十年來，關於兩漢時期、歸義軍時期的曆史以及唐宋時期敦煌州郡、城堡、鄉鎮、驛道、河渠、寺觀以及名勝古跡的研究，成果最為顯著，弄清了許多過去不清楚的問題。重要的成果如羅振玉《補唐書張議潮傳》、《瓜沙曹氏年表補正》，藤枝晃《歸義軍節度使始末》、《千佛洞的中興》、《吐蕃統治時期的敦煌》，戴密微《吐蕃僧諍記》，賀世哲、孫修身《瓜州曹氏年表補正之補正》，史韋湘《莫高窟大事年表》，日本談講社《講座敦煌》一、二、三集，薑伯勤《唐五代敦煌寺戶製度》李並成《敦煌綠洲水係複原》、《河西走廊曆史地理》，鄭炳林《敦煌地理文書彙輯校注》、榮新江《歸義軍史研究》，李正宇《敦煌曆史地理導論》、《敦煌史地新論》及《古本敦煌鄉土誌八種箋證》，陳國燦《敦煌史事新證》等，可謂舉不勝舉。除上麵已經提到的學者外，還有很多學者在這方麵作出過重要貢獻，如伯希和、戴密微、哈密爾頓、陳祚龍、那波利貞，仁井田陛、榎一雄、山本達郎、池田溫、土肥義和、勞幹、岑仲勉、夏鼐、閻文儒、蘇瑩輝、王永興、韓國磬、唐長孺、陳國燦、唐耕耦、黃盛璋、王堯、鄭學檬、楊際平、高明士等，人才輩出，成果累累，蔚為敦煌學強大的陣容。
敦煌考古學
敦煌考古學，是關於敦煌地區古代遺址、遺物的調查、發掘及闡釋研究的學科。到目前為止，已經發展為四大係列，即敦煌史前考古、敦煌漢唐宋元考古、敦煌石窟考古、敦煌金石、簡牘研究。
敦煌史前考古，是對西漢以前漫長年代敦煌地區先民遺址、遺物的發掘與研究，其中包括對先民岩畫的調查與研究。早在雍正年代，浙江錢塘人汪德容抄錄敦煌古碑，編《沙州碑錄》，黃文煒據以載入《重修肅州新誌·沙州衛冊》。《重修肅州新誌·拾遺補錄》載安西（今瓜州縣）出土古代鐵麵具，雲：“有自安西（今瓜州縣）獻鐵假麵於帥府者，雲得之土中，長可五寸餘，寬三之二，兩目及鼻口皆竅焉，色如柿漆，鍍銀為白，周圍小孔二十有六，蓋以綴於護頰者，定為漢唐時物。殆即蘭陵王之假麵、狄武襄之銅麵具耶？”近年又在玉門市清泉鄉火燒溝，花海鄉沙鍋梁、昌馬鄉拱包灘等地陸續發現新石器時代的遺址遺物。其中，以火燒溝新石器時代遺址的發現最重要。1976年甘肅省文物工作隊在玉門市清泉鄉火燒溝發掘古民族先民墓葬321座，出土遺物有石器、彩陶、銅器及金銀器、反映出石器、彩陶及金銀器共存的現象。墓葬中有罐貯粟粒，隨葬有狗、豬、牛、馬、羊，還有金、銅、玉器、貝、蚌、瑪瑙珠、綠鬆石珠、雕塑製品，見有羊頭及狗，還清理出24個3音孔陶塤，可以吹“6－1－2－3－”四個全音，表明農業、畜牧業、手工業和繪畫、雕塑、音樂都有了相當程度的發展。又在二十多座墓葬中發現人殉、人祭的證據，表明已有貴賤、貧富的差別。據測定，火燒溝遺址距今約3700年，相當於中原地區的夏朝時期。其族屬尚未弄清，一般認為可能是古羌族。由於文化類型特殊，被稱為“火燒溝文化”。這是目前敦煌史前考古最大的一次發現。其他還有多處發現，雖不如“火燒溝文化”內涵豐富，亦富有研究價值。
敦煌古代岩畫最早是在本世紀二十年代首先在敦煌城東南一百二十公裏大黑溝（今屬肅北蒙古族自治縣）發現的（呂鍾《重修敦煌縣誌·方輿誌》載之）。近二十多年來，在北山（馬鬃山）、南山（野馬山和河南山）的山溝中亦有多處發現，或以為是羌人遺跡，或以為是烏孫人遺跡，研究工作有待展開。
敦煌漢唐宋元明清考古，主要是該地區西漢到明清長城、烽燧、塞城、城堡、聚落、墓葬、簡牘及金石碑銘的發掘和研究，成果可觀。研究者及代表性論著有王國維《流沙墜簡》、斯坦因《西域考古圖記》、張維《隴右金石錄》、向達《唐代長安與西域文明》、夏鼐《敦煌考古漫記》、閻文儒《河西考古記》、甘肅省文物工作隊及甘肅省博物館編《漢簡研究文集》，吳礽驤等《敦煌馬圈灣漢代烽燧遺址發掘報告》，吳礽驤等《敦煌漢簡釋文》、程喜霖《漢唐烽燧製度》、戴春陽、張瓏《敦煌祁家灣西晉十六國墓葬發掘報告》、胡平生、張德芳《敦煌懸泉漢簡釋粹》等。