在莫高窟藏洞打開之前，敦煌古代寫經己經有零星出土。S.1720《大乘無量壽經》（吐蕃統治時期寫本），背題：“大明洪化四年戊戌冬月季。”（插圖53 S.1720《大乘無量壽經》背麵 “大明洪化四年” 題記）“洪化”為吳三桂之孫吳世璠年號59。康熙二十年（公元1681年）十月，清軍攻昆明，十月二十八日夜，吳世璠守將吳國柱等謀擒吳世璠降清，世璠聞變自殺。二十九日，吳國柱等率眾出城降60。康熙二十年即洪化三年，十月，吳世璠身死國滅，其“洪化”年號即止於洪化三年十月。是時，敦煌為明朝所封哈密王之屬地，哈密王仍奉明朝正朔。雲南吳氏政權亡後，其遺民或有不甘事清者，逃往敦煌棲身，因得《大乘無量壽經》，於卷背題“大明洪化四年戊戌冬月季”十一字。所題“洪化四年”，實為康熙二十一年（公元1682年），是年幹支為壬戌，題記誤作“戊戌”，當勘正為“壬戌”。按，S.1720《大乘無量壽經》為吐蕃統治時期敦煌抄本。從知康熙年代敦煌古卷已有出土者。
台灣王三慶教授曾撰文介紹日本天理大學圖書館藏編號183－ア293號《般若波羅密多心經注》61，披露該卷經題下、卷尾及裝裱絹麵上有清人收藏、鑒賞印鑒14方，卷末有清人李宗瀚、許乃普、周壽昌等名人題跋14條，最早一條為道光七年孟夏（1827年）李宗瀚跋，最晚一條為同治三年九月（1864年）周壽昌跋。李宗瀚跋雲：
“右唐人書《心經》並注，不下四千字，開首微有缺失。聞此卷乃某君（王三慶教授推測“當以長齡略近”）遣戍伊江時，得於敦煌塔中，後攜至武昌，以贈素孟蟾方伯（王三慶考證此人即素訥，滿人，官直隸布政使），今歸雲心同年（王三慶疑為陳希曾）。紙品墨色，殆千餘年物。昔鬆雪（引者按，即趙孟頫）手補唐人臨《十七帖》不完處數行，陸友仁謂其沉著不逮，此其所以為唐歟！
道光丁亥（道光七年，公元1827年）孟夏，臨川李宗瀚並識（下鈐“李宗瀚”篆文方印）”
李宗瀚（1769－1840），即李證剛（翊灼）先生曾祖，江西臨川人，乾隆五十八年（1793年）進士，曆官侍講學士、湖南學政、大仆寺卿、宗人府丞、左副都禦史，工部侍郎、鴻臚寺少卿、山東學政、大理寺少卿、內閣學士，道光二十年（1840）卒，《清史稿》卷三五四有傳。李宗瀚記述此卷出自“敦煌佛塔”，先為遣戍伊犁某人所得，轉贈素孟蟾，繼歸雲心；又據許乃普（1787－1866）題記稱，道光二十九年（1849年）許氏以“五十金” 購得；周壽昌跋稱，至同治三年九月（1864年）此卷仍在許乃普手中，此後幾經輾轉，後歸盛宣懷。盛家後人轉售給日本天理大學。此卷流傳有緒，班班可考。從收藏者及鑒賞者題跋，知此卷早在道光七年（公元1827年）之前出土於敦煌某佛塔，足證敦煌古代寫經早有零星出土者。
清代學者關於敦煌曆史、地理、人文資料的編纂，關於莫高窟曆史和莫高窟藝術的評介，關於敦煌寫經零星出土的記述及收藏與鑒賞，可以說是敦煌學研究的先聲，也是敦煌學的前奏。而敦煌學的正式興起，卻是在莫高窟藏經洞發現之後，隨著敦煌遺書研究的展開而迅速成長起來的。正如陳寅恪先生所說：“一時代之學術，必有其新材料與新問題，取用此材料以研求新問題，則為此時代之新潮流……敦煌學者，今日世界之新潮流也。”（陳寅恪《敦煌劫餘錄序》）。
敦煌學的興起和發展
宣統元年九月初四日（1909年10月17日），北京文化名流在北京六國飯店為希伯和舉行招待會，會上伯希和展示他從敦煌所獲敦煌遺書照片若幹，並透露莫高窟石室尚存有八千卷之多的消息，與會文化名流為之瞠目咋舌。其中羅振玉、董康、蔣斧、王仁俊等人聯名請清政府學部對莫高窟劫餘遺珍速予購置。學部撥銀6000兩（折合市製為6918兩4錢）將這批遺書於1910年解運到北京，存於京師圖書館（今國家圖書館）。當伯希和向北京學者展示部份敦煌遺書照片時，羅振玉、蔣斧、王仁俊等人，假以翻拍、抄錄，輯印出版，以廣流傳。當年就出版了羅振玉輯《敦煌石室秘錄》、《敦煌石室真跡錄》、《敦煌石室遺書》、《流沙訪古記》，王仁俊輯《敦煌石室真跡錄》，蔣斧輯《沙州文錄》一卷。
這一年，在輯印敦煌遺書的同時，也就開始了對敦煌遺書的研究工作。王仁俊，羅振玉和蔣斧等人對有關遺書所涉及的曆史、地理、宗教、文學、文字訓詁等方麵的問題進行初步探討，寫成題跋，附印在遺書正文之後。其中羅振玉用力最勤。他還在這一年內寫了《敦煌石室書目及其發現之原始》、《尚書·周書校勘記》、《敦煌本西州圖經殘卷》、《慧超往五天竺國傳殘卷》、《摩尼教經殘卷》、《沙州誌校錄劄記》等。第二年（1910年），他又寫了《敦煌本論語鄭注子路篇殘卷》、《波斯教殘卷》、《太玄真一本際經跋》等。開始了關於莫高窟藏經洞所出《尚書》、《論語》、地誌、道經、摩尼教經、景教經及佛教僧人西遊的等方麵的研究；王仁俊和蔣斧也寫了莫高窟所出有關碑誌、拓帖、唐律、道經、釋門雜文、人物邈真讚等方麵的題跋和案語，拉開了上述方麵研究的帷幕。1912年，劉師培撰寫《敦煌新出唐寫本題要》，包括《毛詩》、《周易》、《尚書》、《左傳》、《穀梁傳》《文選》、《唐地誌》、《古類書》等十九篇。此後，羅振玉等又陸續輯印、校跋多種遺書，王國維也寫出敦煌遺書跋文二十多篇。在學界老宿的帶動下，敦煌遺書研究及敦煌古代文化研究之風蔚然而起（插圖54 王國維、羅振玉）。