禪宗在中古數百年發展中，分成好多派係，各派係有起有落，有消有長。失勢的各派係受到排擠，其早期學說及其相關資料自宋以後漸趨湮沒。幸好在敦煌遺書中保存下來不少。例如禪宗創始人菩提達摩作品就有十幾種。其首傳弟子慧可，為了闡發禪宗思想，撰寫了許多通俗歌謠和短文，後人據以編成《四行論》。這一重要著作久已失傳，是從敦煌遺書中重新發現的。慧可一係的傳人僧璨、道信、弘忍等人的傳記、著述，如《傳法寶記》、《曆代傳法寶記》、《楞迦人物誌》、《楞迦師資記》、《導凡趣聖悟解脫宗修要論》，還有吐蕃時期的《頓悟大乘正理決》等，都是從敦煌遺書中重新發現的重要典籍。幸存的這部分資料，對我們了解和探索禪宗學說以及禪宗各派盛衰消長的史實，無疑是十分重要的。
敦煌遺書中還有大量同一佛經的多種譯本，可借以考證各該經典漢譯史並校勘其異同。更為難得的是，有些經卷的題記或說解，給後世保存了非常重要的翻譯史資料。如北京圖書館藏生字二十四號及河字八十號”《淨名經關中釋鈔》敘雲：
“爰自皇朝（按指唐朝），時移九代，此經翻傳，總有六譯；第一後漢劉氏靈帝代（公元168～189年），臨淮清信士嚴佛調，於雒陽白馬寺譯，二卷，名《維摩詰經》；第二，吳朝孫氏大皇帝（公元222～252年），月支國優婆塞支謙，於武康譯，三卷，名《維摩詰所說不思議法門經》；第三，西晉司馬氏武帝（公元265～290年），沙門竺法護，西域人，解三十六國語，於洛陽譯，一卷，名《維摩詰所說法門經》；第四，東晉（按應為西晉）惠帝沙門竺法蘭，元康六年（公元296年）於洛陽譯，三卷，名《毗摩羅詰經》；第五，後秦姚興弘始八年（公元406年）三藏沙門鳩摩羅什於長安大寺譯，三卷，名《維摩詰所說經》，即今所譯之本也；第六，大唐沙門玄奘，貞觀二十一年（公元647年）於是安大慈恩寺譯，六卷，名《無後稱經》。六譯中，今惟第二、五、六吳、秦（後秦）、唐三譯存，餘均佚。”
這裏詳細記述了《淨名經》各種譯本的譯述年代、譯述地點、譯者姓名、國別、各譯本卷數及所取經名，及中唐以來各譯本存佚情況等。周丕顯先生認為可以稱做一篇《淨名經》翻譯簡史，是譯經目錄學的寶貴材料36。
又如北京圖書館藏陽字二十一號和淡字五十八號《佛說普賢菩薩證明經》，每本開始都記述本經流傳因緣及流傳概況。《佛說普賢菩薩證明經》在各種佛藏中至今仍存，並非孤本絕傳，而關於此經的流傳因緣及流傳概況，除北京圖書館藏所藏兩本外，別處不見。從這一角度來看，陽字二十一號和淡字五十八號所記，在佛學史研究上的價值甚至比經卷本文更加重要。
編纂於劉宋元嘉年間（公元424－453年）的《眾經別錄》，是我國最早的一部佛經目錄專著。這部著作到唐代貞元年間（公元785～805年）已經亡失。而在敦煌遺書中意外發現P.3747號寫本為其殘卷。知其體例為首列經名，經名之下，詳記譯者，譯時，以及此經內容提要和譯本說明。從而可知劉宋以前漢譯佛經的情況，而且它本身的體例、章法、也為後世佛經目錄的編纂甚至其他典籍目錄的編纂創立了規模。
還有這樣的一些寫本經卷，一麵為梵文原文，一麵為漢文譯文，或一行梵文一行漢文，或一行吐蕃文一行漢文互相對照。其中有的梵文原本在印度已失傳，而敦煌幸存孤本，彌足珍貴。這些寫本且不說它做為佛教典籍的意義，隻講它在翻譯史、漢梵，漢蕃語音對音研究方麵的價值，也已經是稀世之珍。羅常培先生就曾利用四個漢蕃對音寫卷，撰寫出《唐五代西北方音》，描述唐五代西北方音的狀況，闡釋唐五代西北方音的特點與規律，為研究唐五代西北方音奠定了堅實的基礎。
除上所述，更有價值的是一批疑偽經、寺院文書、寺院賬冊、佛事功德文、講經文、僧人傳記、寫經題記等，生動地反映了北朝至宋敦煌佛教信仰與信行活動。尤其難得的是，其中保存了8至11世紀敦煌世俗佛教十分豐富而又具體生動的資料，讓人大開眼界。從中，我們發現8至11世紀的敦煌佛教亦顯亦密、亦禪亦淨、諸宗共容、戒律寬鬆，一反佛教“超世脫俗”傳統，轉變為一種關切現世、麵向人生、入世合俗的新型佛教。它同樣崇奉釋迦牟尼及諸佛菩薩，同樣崇奉佛經佛典，但又與眾不同，獨樹一幟。這一新型佛教，他處不見，無以名之，筆者為之命名為“敦煌世俗佛教”。 8至11世紀的敦煌世俗佛教，擴大了我們的視野，豐富了中國佛教史的內容，使我們對中國佛教史產生了不少新的認識37。
2、道教經典
六朝至唐宋，是我國道教發展的鼎盛時期。這一時期出現了大量道教經籍，敦煌遺書保存六朝至宋這一時期的道教經籍幾近百種，計四百多件。其中，除各種《道德經》抄本約三十多件，其他道教經典三十多種三百多件，從中可以考見道教的原始教義和後來佛道雜揉以及佛道鬥爭的有趣史料。