敦煌文物大批流出國外，分散在十三個國家的三十多個機構及不少個人手中裏，任何一個研究者都難得有機會窺其全貌，其數目、內容和收藏情況更無從徹查其究竟，所以我們說，莫高窟藝術品和敦煌遺書及其他珍貴文物的重新發現，給我們帶來的並不都是幸運。其中又有無法補償的損失，難以補救的損毀；既促進了敦煌學的誕生，也給敦煌學研究帶來重重障疑。
近年來，國際敦煌學界的明智之土發出了敦煌文物回歸敦煌故土的呼籲，這是合乎情理並有利於發展敦煌學研究事業之需要的。1997年10月，日本青山慶示先生將其家藏的8件12種敦煌遺書無條件回贈敦煌研究院，表明敦煌文物回歸故土的倡議，有識之士已經開始行動。
1983年中國敦煌吐魯番學會作出決定，分別在北京，蘭州和烏魯木齊建立敦煌吐魯番學資料中心，此項決定，將為我國敦煌吐魯番學研究消除資料分散的障疑並提供前所未有的方便。
莫高窟被重新發現後，它所蒙受的損失還不僅僅是上麵介紹的一些事例。上麵介紹的主要是莫高窟文物流散情況，除此之外，它還經受過四次重大破壞，造成的損失也是無法估量的。
第一次是清同治十二年（公元1873年）白彥虎軍事集團竄擾敦煌期間，他們在狹隘的宗教偏見的支配下，把莫高窟佛教藝術看成邪教惡業，對莫高窟壁畫塑像肆意破壞，許多精美的塑像被打爛，壁畫人物和麵容被劃割，眼珠被敲破，窟簷及殿堂建築遭到縱火焚燒，“半付灰燼”。這一次，由於是在宗教排他情緒支配下的蓄意破壞，所以給莫高窟造成相當慘重的損失。
第二次是清宣統二年，（公元1910年）前後，王圓祿改佛窟為道窟，改佛像為道像，在洞窟間壁上開鑿甬道，損壞了不少洞窟的窟壁和壁畫。他還把很多洞窟中的殘缺彩塑一股腦兒清除出來，造了一座“千相塔”。把這些珍貴的殘塑堆積塔內予以掩埋。一大批雖有損傷而幸留殘缺美的古代藝術珍品，就這樣被王圓祿的“善心”破壞了。王圓祿為了永傳此項所謂“功德”，還特意樹立一方“永垂不朽”的《敦煌千佛洞千相塔記》石碑。如今，此碑仍被嵌在敦煌研究院莫高窟文物展覽館院落西牆外側，即原千相塔故址附近，為王圓祿的惡行作曆史見證。
第三次是民國十年（公元1930年）六月到八月，白俄流亡軍伊拉列耶夫部“四百六十九人”， 從新疆發遣來敦煌，被安置在莫高窟（以上數據，係筆者據民國十年（1921年）八月十三日甘肅省長公署“第三萬○六號”呈大總統、國務院、陸軍部、參謀部文：《呈谘明甘肅敦煌安置俄兵經過情形》案卷查得者，故與諸說稍異）。他們在窟內燒火做飯，整壁整壁的畫麵被薰黑，有些壁麵甚至燒燎出厚厚的黑色膠結層，他們還挖毀神壇、打破神像、搜索古經、法器，甚至用刺刀刮剝佛像金飾，收集金粉，熔燒金塊。在距地麵約20米無梯可蹬的第368窟，有一元代女子屍臘，“以真金玉為裝飾，華貴一如佛像”。白俄兵攀進窟內，剝去其金玉裝飾，並支解了這具木乃伊胡亂拋抑，後來隻剩下一隻左腳，1941年由張大千先生加以收拾，移交給前國立敦煌藝術研究所，即今被稱為“公主腳”者，現保存於敦煌研究院，為白俄敗兵暴行作無聲的控訴（插圖17 1921年6－8月白俄流亡軍駐紮莫高窟）。
第四次是民國三十年（公元1941年），青海軍閥馬步芳的一支部隊駐防莫高窟，他們為了掘經找寶，拆毀北宋天禧三年（公元1019年）修建的佛塔（即“天禧塔”）塔座，盜走精致的木雕小佛塔及《天禧塔記》碑一方，又拆毀西夏、元代土塔多座，還打破塑像，損壞塑像的眼珠，劃破壁畫上人物的麵容，使莫高窟遭受到又一次劫難。
莫高窟被重新發現後，一再經磨曆劫，舊創未複，新傷頻添。到1944年國立敦煌藝術研究所成立之時，已經千瘡百孔，破落凋殘，慘不忍睹了。