朱允炆即位後，推行了一係列新政，並取得了很大的成效，史稱建文改製。朱允炆首先對中樞權力機構進行了調整，任命兵部侍郎齊泰為兵部尚書，翰林修撰黃子澄為太常卿，方孝孺為翰林侍講。將中樞權力機構調整完畢，他又陸續推出許多改革措施，其主要內容有：省刑減獄，均江浙田賦，調整政府官僚機構。特別是後者，朱允炆在位期間一直沒有間斷過，調整涉及到官製的許多方麵，其中非常重要的有兩項：首先，省並州縣，革除冗官冗員；其次，更定內外官製，將尚書的品秩由正二品提高到正一品。這就在相對程度上緩和了封建最高權力機構的畸形特征和內部的不平衡現象。
建文改製雖僅進行了4年，但依然取得了十分顯著的成績。明朝史學家朱鷺稱之為“四載寬政解嚴霜”。
●朱棣發動靖難役
朱允炆即位後，為了加強中央集權，開始削奪其祖父朱元璋分封的諸王藩鎮，他削奪了五位藩王後，將矛頭指向了他的四叔燕王朱棣。
朱棣少年時就隨朱元璋征戰，是一員驍勇善戰的大將，被朱元璋封在北京，稱燕王。朱允炆的削藩令一下，他覺得不能坐以待斃，就在公元1399年毅然起兵，對外宣布是“靖難”，也就是為皇帝平定禍亂。他先控製了北京城，招降了守備通州的將領，奪取薊州，攻破居庸關。駐軍開平的宋忠是防備朱棣的重要軍事力量。朱棣起兵後，宋忠不敢貿然進軍，而是移軍懷來。最後因為部將臨陣倒戈，敗北而逃，最後在廁所裏被捉住了。穩固了後方以後，朱棣就揮兵南下。
朱允炆飽讀詩書，是個柔弱的皇帝，沒有把朱棣放在心上。大臣黃子澄勸諫後，朱允炆才派長興侯耿炳文、駙馬都尉李堅等人率師北伐，抵擋朱棣的進攻。出發前，朱允炆去送行，對眾將說：“你們不要殺傷燕王，不要使朕有殺叔父的壞名聲留於後世。”這樣的話讓將領們縮手縮腳的，怎麼打仗呢？此後，朱棣大軍取得了一係列決定性戰役的勝利，朱允炆再也組織不起大規模的軍事征討。朱棣由此轉守為攻，取得戰事上的主動。
公元1401年，朱棣進軍防守較為薄弱的河北，轉戰河北各地。當他得知南京守備空虛，於是決定繞過山東，率軍直取南京，於第二年兵臨南京城下。朱允炆派姑姑慶城郡主為代表，和朱棣談判，答應與朱棣劃江而治，朱棣婉言拒絕了。朱允炆很著急，召見群臣時大哭。
朱棣手下的哨探偵察到金川門是李景隆把守，他便率先派軍攻打金川門。燕軍一到，李景隆與穀王朱穗馬上打開城門投降。城破後，朱允炆失蹤了，以兵部尚書茹瀚為首的幾十個望風使舵的大臣也都紛紛投降，叩請朱棣稱帝。在群臣的“勸說”下，朱棣在南京即位，年號永樂，是為明成祖。到此，朱棣發動的靖難役宣告勝利結束。
●三寶太監下西洋
朱棣攻克南京之後，一直沒能找到朱允墳的下落。以後，他又派人去全國各地尋找，也沒找到。此時，有關朱允炆的傳說越來越多，越來越離奇。有人說，朱允炆並沒有讓大火燒死，他趁宮中火起，從地道中逃了出去，現在他還在一個寺院裏當和尚。也有人說，朱允炆乘著一隻小船，出洋跑到其他國家去了。這些說法都讓朱棣感到不安，他想：若是朱允墳真的沒死，而在什麼地方重新召集人馬，那豈非一件麻煩事。因此，他召來自己的心腹袁忠徹商量這件事，袁忠徹回答道：“萬歲，我以為您可以派一支船隊去訪問各國。一來可以尋訪一下朱允炆的下落，二來可以宣揚一下我們大明王朝的國威，叫那些小國都臣服於萬歲，您認為這個辦法行不行呢？”朱棣同意了他的建議。
朱棣決定派出船隊出使外國，但派誰來統率這支船隊呢？他思來想去，決定派自己的心腹宦官三寶太監鄭和去辦。
鄭和，原本姓馬，乳名叫三寶，雲南昆陽（在今雲南）人。他的祖父和父親全是虔誠的伊斯蘭教徒，並且曾去麥加朝過聖。公元1381年，朱元璋的軍隊進攻雲南的時候，將剛剛10歲的三寶擄到了軍中。以後，朱元璋將三寶送給了燕上朱棣。自此，三寶便成了燕王府裏的一個小宦官。三寶從小聰明伶俐，很得朱棣的喜愛。他曾經跟隨朱棣四處征戰，見過不少世麵，長了很多見識。三寶也曾參加過多次戰鬥，他熟知兵法，很有指揮才能。因此，朱棣決定由他出使“西洋”。當時，“西洋”是說現在的文萊以西及印度洋沿岸各國。鄭和接受了明成祖的特殊任務。
明成祖永樂三年（公元1405年）六月十五，鄭和與副使王景弘率領著龐大船隊自蘇州劉家港（在今江蘇）揚帆啟航。船隊由62艘大海船組成，這種船船身長44丈，闊18丈，船上可以容下10以）人，號稱“寶船”，在當時的世界上是獨一無二的。船上除了有士兵和水手外，還有許多翻譯、醫生和技術人員，共有28800多人。船上攜帶著大量的瓷器、絲綢、紙張及金銀財寶。