帝師既受到元帝的尊崇，也對元帝負有一定的義務和職責。帝師是元朝中央政府中的高級官員。作為宣政院最高負責人，帝師負責向皇帝舉薦該院“居第二者”的宣政院？使及以下各級官員。全國藏族地區所設三個宣慰使司都元帥府中的高級官員，如宣慰都使元帥、元帥、萬戶等，須經帝師或宣政院提名，而後由皇帝任命。元朝以薩迦本欽統領衛藏13萬戶，對本欽的任免也要根據帝師的提名。此外，帝師作為皇帝在佛教方麵的老師，要負責向皇帝傳授佛法、授戒，為皇帝舉行灌頂儀式，還要為後妃、皇子等皇室成員授戒。帝師統領天下僧尼，主管全國佛教事務，要遵照皇帝的旨意主持佛事、弘揚佛教，為在位皇帝祈壽延年，為已故皇帝資祈冥福，祈禱國泰民安、風調雨順。因帝師承擔如此重任，故不可或缺。凡遇帝師因故暫離京師，皇帝即另委一人擔任此職。如公元1276年，八思巴奉旨返藏，忽必烈即委任他的弟弟仁欽堅讚接任帝師。元順帝時的最後一任帝師喃加巴藏卜，於公元1372年以元朝高級藏族官員的身份歸降明朝，公元1372年被封為熾盛佛寶國師。他向洪武帝朱元璋舉薦過百餘人，全是元代官員。到了明清兩朝，帝師一職被廢止。
●元太子真金之死
公元1283年，忽必烈冊封比他小好多歲的南必為皇後。老夫少妻，忽必烈漸漸感覺有些體力不支，於是依賴皇後幹預朝政，這引起諸多大臣的不滿。一位不要命的大臣竟然上書忽必烈，希望他退位，將皇位禪讓給太子真金。盡管禦史台都事玉昔貼木兒和中書右丞相安童商量將奏本壓下，但此事到底讓忽必烈知道了。忽必烈聞之大怒，立刻將那個大臣革職查辦，但他卻沒有難為安童和玉昔貼木兒。
回到後宮，忽必烈思忖良久，下令召太子進宮。太子真金早就知道有人上書要父皇禪位給自己的事。他自幼學習儒家思想，十分忠君，從未起過非份之想，一聽說此事，就已背上沉重的心理包袱，後來竟嚇出病來。此時父皇召他入宮，他明知“是福不是禍，是禍躲不過”，就戰戰兢兢、如履薄冰地進宮了。
看到眼前這個一表人才，隨自己南征北戰的愛子，忽必烈不知是一時衝動，還是出於真心，竟對真金說：“真金，父王己經老了，有些體力不支，今後就將這皇位禪讓給你，如何？”真金一聽，雙腿一軟，跪在忽必烈麵前，顫聲說：“兒臣不敢有非份之想。”“哎！”忽必烈不等他說完就插話道，“這怎麼能算非份之想啊，這位子早晚還不是你的？我還能把它帶到棺材裏去？”“兒臣從未這樣想過，求父皇開恩，廢掉兒臣這個太子吧？”真金聽了忽必烈的話，更加大驚失色，口不擇言，竟請求忽必烈廢去自己這個太子的頭銜。忽必烈見他如此，良久，歎了口氣，搖搖頭道：“你去吧。”
真金回到家裏，怎麼想，怎麼覺得父王的意思是讓自己死。真金有了這個想法，再加上他心病加重，久治不愈，最後竟真死了。緊跟著，右丞相安童也死了。忽必烈痛失愛子，身邊又少了安童這樣的得力助手，非常苦悶，又加上已是7s歲高齡，身體每況愈下。
●忽必烈平叛乃顏
乃顏是鐵木真幼弟鐵木哥斡赤斤的玄孫，其封地為今大興安嶺及嫩江、鬆花江流域，大約占東道諸王封地的一半，有舉足輕重的影響。為了加強中央對東北的控製，公元1286年，忽必烈將山北遼東道宣慰司改為東京行省，引起東道諸王的不安。於是，乃顏主動與西北叛王海都聯絡，海都答應相助。
公元1287年年初，忽必烈覺察到乃顏謀反的征兆，下令向東北調兵，任命丞相伯顏鎮守和林，切斷東、西道諸王的聯絡。二月，任命諸王徹裏帖木兒節製東北諸軍，做好平叛的準備。四月，乃顏發動叛亂，諸王納牙等人紛紛準備響應。忽必烈心中十分憂慮。侍衛阿沙不花自告奮勇去說服諸王不要造反，得到忽必烈批準。阿沙不花北上晉見納牙，騙他說：“諸位大王準備響應乃顏，現在乃顏已經派使節向朝廷投誠了。大王一起兵，定會成為獨自與皇上對抗的罪魁禍首。與其如此，不如請大王親自去見皇上，以表明心跡。”納牙聽信阿沙不花之言，未參加叛亂，大大削弱了乃顏的勢力。
在離間了乃顏為首的同盟之後，忽必烈決心親征。六月初三，忽必烈率大軍到達撒兒都魯（在今內蒙古）。乃顏部將塔不帶、金風奴率兵6萬來攻，直逼忽必烈的大帳。司農卿鐵哥說：“敵眾我寡，應該以疑兵計退敵。”於是，忽必烈命人打開傘蓋等陳設，端坐在胡床上喝酒。塔不帶見忽必烈如此鎮靜，以為其身後必有大軍，於是按兵不動，紮營堅守。當天夜晚，元軍中的漢軍將領李庭自告奮勇率壯士千人，攜帶火炮夜襲敵營。叛軍驚恐不安，天一亮就撤走了。元將博羅歡率兵追擊，進至哈刺河（在今內蒙古）。乃顏派哈丹（鐵木真弟合赤溫之孫）率萬騎來攻，被玉哇失的元阿速軍擊退。元軍直追至不裏古都伯塔哈（在今內蒙古）。同月十六日，忽必烈親率大軍到達失列門林（亦稱潢河，今西遼河），與乃顏主力相遇。乃顏軍號稱10萬，以車輛環衛為營。元軍以步兵、騎兵相結合，衝擊敵陣。激戰半日，大破叛軍，生擒乃顏。忽必烈下令將乃顏處死，以傲效尤。