而自乾隆中期之後，清廷憂慮“開礦聚集亡命，為地方隱憂”，故而嚴禁地方采礦。嘉慶是個特別保守的人，祖先的一切成法，在他看來是神聖不可更改的。現在鬆筠說開礦可以減少亡命之徒，在嘉慶看來卻是對祖先的背叛，於是大罵鬆筠糊塗。鬆筠不服，與皇帝爭吵。一氣之下，嘉慶將他趕去了伊犁，做了個伊犁察哈爾領隊大臣。
被發配到了伊犁，鬆筠還不安分，四處查探。看到伊犁地方上金礦極為富饒，可以開采，就慫恿伊犁將軍保寧上奏，請開采金礦。嘉慶看了奏折，冷笑一聲：“這必然是鬆筠慫恿的。”嘉慶是個守成的皇帝，他隻想保持現狀，對於開源節流毫無興趣，當即否定了開礦的建議。
過了一年，考慮到人才難得，嘉慶將鬆筠升為伊犁將軍。鬆筠第一次擔任伊犁將軍，從嘉慶七年至十四年，前後將近八年。雖然遠在伊犁，可鬆筠不時還是逮住機會和嘉慶頂一頂。和珅跌倒之後，有三塊原本準備孝敬他的大玉，在途中被下令停了下來，扔在喀喇沙爾多年無人問津。嘉慶十一年，新疆地方官員看著這三塊大玉擱在那裏多年，風吹雨曬，真是暴殄天物，就建議招商認購。
嘉慶看了奏折後先是大罵地方官員貪圖小利，可轉身一想，玉是好東西啊，扔在那裏實在可惜，就下令挑兩塊小玉運進京師。不料兩塊小點的玉，加起來也要一萬一千斤，鬆筠就上奏說這兩塊玉運起來太麻煩了，再說是和珅遺下的，您好意思要嗎？嘉慶被他這一激，隻好訕訕地說：“朕天性不喜玉”，讓不要運了。
鬆筠是個虔誠的藏傳佛教教徒，院內有正屋三間，中間是客堂，老婆住堂東，西邊是佛堂。在家時，鬆筠每天五更起來到佛堂做功課。鬆筠做功課，不間寒暑冬夏，堅持不懈。拜佛多了，鬆筠也有佛相，麵如羅漢，極其慈祥，有人甚至說他是活佛轉世。但麵貌慈祥的鬆筠在伊犁任職期間，卻殺戮過重。
自從伊犁被納入清廷版圖後，各種罪犯和被處分的官員，常被打發到伊犁戍邊。嘉慶十四年，一名叫作蒲大芳的陝西地方鄉勇，因為謀反被發配到塔爾巴哈台。蒲大芳被發配後很不安分，塔爾巴哈台地方官員得到消息，稱蒲大芳與一群戍兵密謀準備叛變，就迅速報告鬆筠。鬆筠當即派將領至塔爾巴哈台，將蒲大芳等三十一名戍兵抓捕處決。同時命令將與蒲大芳一起發配戍邊，被安置在其他地方的一百三十五人集中轉移，並於半途在山穀中全部截殺。
多年之後，梁章钜在軍機處擔任軍機章京，一次因為公事去找鬆筠。兩人聊起京內外各種典故，絮絮叨叨了良久。此時恰逢酷夏，悶熱難當，鬆筠到底是蒙古人，豪氣不減，就讓梁章钜把衣服脫了，又拿了幾個西瓜，就著白酒邊飲邊吃邊聊。梁章钜看到鬆筠頭不停搖動，就問他這個毛病是怎麼落下的。
鬆筠感歎道：“這個不是什麼病，當年在伊犁時，因為殺戮過重，至今腦海中充滿愧疚，不時晃頭。”
在伊犁任上多年，鬆筠總算回朝。一度還外放做了兩江總督、陝甘總督、兩廣總督。鬆筠個性之中，總不脫馬上民族的豪邁，如好酒、不按規則出牌。鬆筠任兩江總督時，乘船出巡，剛好碰到一個老朋友帶了部隊駐在江邊抗洪。老朋友說現在風大，開不了船，就安排鬆筠吃飯。鬆筠嚷嚷著要喝燒酒，老朋友就同意了。但兩個人對飲實在乏味，鬆筠就讓找個能飲的軍官過來作陪。老朋友就找了個副將過來，鬆筠飲一杯，副將也跟著來一杯，飲到半夜，鬆筠方才盡興，跌跌撞撞地回船睡覺了。
第二天早上，鬆筠把老朋友找來，再開一席繼續飲。飲著飲著，鬆筠突然想起來，就問道：“昨天那個副將挺不錯，酒量很好，把他喊過來一起再飲。”老朋友一聽也是，就派手下去催促副將過來。手下去了副將家，不久回來稟報：“副將昨天回到家後爛醉如泥，話也說不出，今天一早就仙去了。”鬆筠聽了大吃一驚，胡亂吃了幾口飯就頂著大風開船溜走了，留下老朋友安撫副將家屬。
某一年鬆筠奉派出京查案，得了聖旨後急匆匆要走。手下說你急什麼，行李還沒拿呢。鬆筠說你先回家拿吧，一分錢也不帶，自己一人騎馬先溜走了。打馬走到韓桂舲家時，韓桂舲還在刑部上班，鬆筠跑進去要酒要菜，大吃大喝。鬆筠的大字寫得很好，一個虎字更是虎虎生風，很多人找他求字。吃了人家的東西，鬆筠很不好意思，就讓準備筆墨，要寫大字留念。