嘉慶對和珅恨到家了，曾私下詢問軍機大臣吳熊光，和珅可有不臣之心。吳熊光看得卻是透徹，對嘉慶道：“想謀反的必然要收買人心，比如王莽。和珅隻顧撈錢，不顧名聲，天下人都厭惡他，所以他不會謀反。”可和珅這樣的蛀蟲，寄生在大清帝國身上，土壤裏的養分都要被他給吸幹了。更重要的是，皇帝的權力如何能讓他人分來分去。
有鑒於此，把握大權之後，嘉慶采取係列措施，限製軍機處權勢的擴張。在擒拿和珅的當日，嘉慶發布上諭，要求各部文武大臣及各省督撫，今後凡有奏折，“俱應直達朕前，俱不許另有副封關會軍機處”。
此外，還警告不可將所奏之事預先告知軍機大臣，並稱拆閱奏折之後，嘉慶自然會和軍機大臣當麵會商，再交各部門辦理。
過了十一天，嘉慶再次發出上諭警告稱，以前和珅專擅用事，所以有投遞軍機處另封事件。此後各省所有抄送奏折副本都不得再遞送軍機處。嘉慶警告，此次整頓後如果還有重蹈前轍者，將重治其罪，絕不寬貸。嘉慶五年，在四川前線鎮壓五省教亂的廣興，投遞奏折時另行谘文送到軍機處。嘉慶知悉後，將他降為四品京官，並不得再奏事。
在製度上，嘉慶也加以完善，完善了軍機處的保密及用人機製。設立軍機處的初衷，一是為了效率，二是為了保密。保密工作在雍正年間，及乾隆朝早中期做的很好。但到了乾隆晚年，隨著皇帝的老去，和珅的專權，軍機處的保密工作開始走下風。
軍機處台階上，窗外走廊邊常擠滿了京內各部官員，他們以稟報公務為借口，過來探聽消息。往往奏折皇帝還沒有批閱，街頭巷尾就已開始風傳消息了。宮廷的一切，都吸引了人們的眼球，八卦消息更是人人愛聽。
每日在天子身邊的軍機章京，自然成了人們打探消息的源頭。乾隆年間曾擔任過軍機章京的策拔克，做了外官之後，利用在軍機處的關係打探消息。在寄給軍機章京的信內，策拔克甚至探詢圓明園同樂園上演的是什麼戲。嘉慶知道後不無憤怒：“大內演戲，無幹伊事，探詢何為？”
嘉慶五年發布諭旨：“軍機處為辦理樞務，承寫密旨之地，首以嚴密為要。軍機大臣傳述朕旨，令章京繕寫，均不應泄露。”為了加強保密工作，嘉慶特意規定，軍機大臣隻準在軍機處處理當日所奉諭旨，不得處理其他各部的文件，其他各部官員不得到軍機處去回事，滿漢文武大臣不準去軍機處找軍機大臣聊天，軍機章京辦事處不準外人偷窺，軍機章京不得將文書帶回家辦理，京中王大臣不得請軍機章京代辦陳奏事件。
此外，嘉慶還派禦史到隆宗門軍機處辦公室坐鎮，每天監視軍機大臣和軍機章京，如果有泄密事件，可以立刻上奏。同時也讓軍機大臣監視禦史，如果禦史遲到或者早退，也可以上奏報告，雙方互相監視，以為保密。而在保密的功能之外，禦史實際上也扮演了監視軍機處的角色，以限製軍機處擴張權勢。
在軍機章京的選任上，以往都是軍機大臣挑選可靠的內閣中書、筆帖式充任，具有一定的隨意性。軍機處保送章京時，基本上從六部挑選，但工部保送人員被錄用者最少，因為工部與軍機處工作的切合度最弱。
嘉慶四年，又規定嗣後由內閣、六部從中書、筆帖式中選擇人品端正，年富力強，字畫端正者，交給軍機大臣帶領引見，再由皇帝挑選。記名人員則在軍機章京有空缺時，按秩序補任。軍機章京在乾隆朝尚無定額，此時正式確認滿漢章京各十六人。同時規定，凡大員子弟，不得保送為軍機章京。當年軍機大臣引見的各部人員，有十五人被錄用為章京，另有二十人按名次候補。此後每年引見的人員一般在十個左右，錄用者有六、七人。
嘉慶十一年，又規定軍機章京須經過考試，凡考試合格者才有資格帶領引見。考試時，限時三刻交卷，字數須滿三百，過時不交卷者立刻淘汰。此年考試題目是“勤政殿疏”，工部筆帖式董萼得了第一名。
嘉慶四年，因為擒拿了和珅之後，國家事務繁忙，軍機處缺人，嘉慶就讓成親王永瑆入軍機處幫忙。過了不久，嘉慶覺得不妥，親王輔政，位高權重，容易滋生弊端，遂讓成親王永瑆退出軍機處，並規定此後王公不得入軍機處，以免專擅。