達瓦齊被解送北京後，得到乾隆特赦，被封為親王，又擇宗室女許配給他為妻，後終老於京師。羅布藏丹津也被乾隆免除死罪，並賞給房屋，授其二子為侍衛，也老死於北京。
過慣了草原快馬飛鷹生活的達瓦齊，在京生活百無聊賴，每日無聊時，取樂的法子就是驅趕鵝鴨到池塘中。看著鵝鴨們在小小的池塘中撲騰，達瓦齊是否生出同樣無奈之感？在軍機處擔任章京的趙翼近距離觀察了達瓦齊，並記下了達瓦齊的外貌與性格，達瓦齊“體極肥，麵大於盤，腰腹十圍，膻氣不可近”。這達瓦齊雖長得肥胖，體味濃烈，倒也乖巧。乾隆一次木蘭行獵，下馬時沒有座椅，站著等候時，扈從的達瓦齊捧出一堆落葉，請乾隆上坐休息，“上大笑，賞銀幣以寵之。”
經過康熙、雍正、乾隆三代帝王持續不斷的努力，天山南北終於被納入了天朝版圖。但故事並未終結。
達爾齊覆滅之後，最大的得益者乃是阿睦爾撒納。阿睦爾撒納進駐伊犁後，獨斷專行，私用噶爾丹策零小紅鈐記，不用清廷所頒給的副將軍印。阿睦爾撒納派出黨羽到天山南北、青海各地活動，又與西藏喇嘛勾結，預備統一蒙古各部。
平心而論，乾隆對阿睦爾撒納不可謂不厚，授其雙親王，這是前所未有的恩寵。得悉阿睦爾撒納有叛意後，被傷透了心的乾隆暗中布置，欲將他擒來問罪。乾隆二十年七月，乾隆對軍機大臣們道：“據前方班第多次密奏，阿睦爾撒納負恩狂悖，須密行擒拿。”
至於如何擒拿，軍機大臣們給出了意見，那就是屢試不爽的鴻門宴，請君入甕。一方麵，乾隆密旨在伊犁前方的班第，提防阿睦爾撒納；另一方麵，則派喀爾喀親王喀琳沁多爾濟去迎接阿睦爾撒納前往熱河朝覲乾隆。
八月十九日，行至烏隆古河時，阿睦爾撒納借口去查看自己的遊牧地，讓喀爾喀親王先行，自己則逃逸而去。
臨行前阿睦爾撒納道：“阿某非不臣，但中國寡信。今入其境，如驅牛羊入市，大丈夫當自立事業，安肯延頸待戮？”
此話自有一定道理，牛羊的命運是入市，而草原的雄鷹如何甘於寄人籬下？阿睦爾撒納逃出後，他的部下隨即在伊犁發動叛亂。此時清軍主力已撤回，留在伊犁的五百人全部戰死，守將班第自殺。忠於清廷的薩喇爾帶兵突圍途中也被擒住，送往伊犁囚禁。
清廷隨即重新封了衛拉特四部，並調動軍隊入天山作戰。乾隆二十一年，清軍攻入伊犁。乾隆對準噶爾部叛而複降，降而複叛之舉極為惱怒，令前線將領對準噶爾部“必應全行剿滅，不得更流餘孽”。在清軍入伊犁的戰役中，對各地準噶爾部進行了血腥屠殺。遇到準噶爾部民眾時，清軍將壯丁趕出，全數斬殺，婦孺則運入內地賞軍，多死於途中，“於是厄魯特之種類盡矣”。
阿睦爾撒納戰敗後逃至哈薩克，得到哈薩克玉茲汗阿布賚的保護，此後又在各地持續發動叛亂。對於抓捕阿睦爾撒納，乾隆極其急切，但他也十分憂慮。乾隆二十一年八月，在給軍機大臣的諭旨中，他指出，暫時不宜深入哈薩克。十月，在與軍機大臣們會商之後，乾隆決定從前方清軍中抽調精銳，“往襲阿布賚，使賊不得安寧”。命令雖下，但深入千裏，追擊一人，且要與哈薩克這樣的強敵作戰，前線將領對此陽奉陰違，一直拖到次年，仍然未能抓獲阿睦爾撒納。
乾隆二十二年（1757），清廷下定決心，務必要將阿睦爾撒納擒拿歸案，派出精銳在邊界線上四處搜捕。清廷派出使者前往哈薩克，要求阿布賚將阿睦爾撒納交出。頂不住天朝的壓力，此年七月底，阿布賚準備擒住阿睦爾撒納，交給清政府。不想事前收取馬匹時被阿睦爾撒納看出苗頭，帶領侍衛八人盜馬夜奔而去。
對於阿睦爾撒納來說，此時是山窮水盡，走投無路。但他卻找到了一條生路，出逃前往俄國西伯利亞。阿睦爾撒納逃至俄國後，得到俄方的庇護與優待，被藏在一個名為庫杜斯克的酒廠中。阿睦爾撒納以為有俄國的支持，旋會再起，不想在俄國患上了天花，在九月二十一日病死。
阿睦爾撒納死後，俄方隱瞞了他的死訊，並拒絕了清廷的追索要求。後來無法掩蓋阿睦爾撒納逃俄的事實，又偽稱阿睦爾撒納在渡過額爾齊斯河時淹死。清軍組織了大量人力在額爾齊斯河上打撈屍體，自然是一無所獲。次年，在清國的強硬抗議下，俄國才將阿睦爾撒納的屍體交出。