中國曆代皇帝都必然麵臨的一個問題是，他必須集中權力，以確保皇權獨尊；但又必須適度放權，以讓臣子去處理紛繁複雜的事務。在分權與集權之間，如何做好平衡，是考量皇帝執政能力的重要標準。在清朝，雍正登基之後，培養親信大臣，打擊朋黨，整頓吏治，又在思想領域打擊異端，爭奪輿論陣地，宣傳清廷統治的合法性。在此過程中，雍正已開始構思創設一個政治機構，這個機構專屬於皇帝，由皇帝任命，唯皇帝是從。這個機構效率極高，又具備保密性，但卻沒有專屬府衙，也沒有專門官吏。它既能滿足皇帝集權的需要，又能高效地處理軍政，控製思想，預防朋黨。雍正七年，帶著這個機構的藍圖，雍正一手創設了影響清國國運，主持清國大政一百八十三年的軍機處。
軍機處創設後，議政王大臣會議、內閣被徹底架空，皇權一統，乾綱獨斷。軍機處的負責人軍機大臣，是由皇帝挑選內閣中的滿漢大學士、各部尚書、侍郎等親信大臣擔任。雖然名義上到軍機處上班是兼職，但基本上一直都在軍機處辦公。而自軍機處設立後，軍國大事均由軍機處負責。用兵時，由軍機大臣決定戰略方針，皇帝批準之後，再以諭旨發往前方。前方將領的請示，經由軍機處討論，奏報皇帝批準後，再發往前方執行。至於用兵時的兵馬糧秣，山川地形，人文地理之類，都由軍機處主持策劃，這也是後世參謀本部的雛形了。
在重要案件上，軍機處能越過刑部，取得法律執行權。軍機處審理案件，一是由軍機大臣單獨審訊，被審者押到內務府公所或步軍統領衙門內接受審問。另一種則由軍機大臣會同刑部審訊。此案涉及的都是當朝大員，故而交給軍機大臣來處理。軍機大臣還可以推薦重要職位官吏，從六部尚書到各省督撫，乃至地方官員，由軍機大臣開列名單，交給皇帝選擇。
軍機大臣權勢雖重，但伴君如伴虎，這也是份高風險的職業。軍機處的奠基人張廷玉不過因為上書乾隆，請他對自己配享太廟的資格做個保證，就招惹乾隆雷霆大怒，不得安生。訥親在金川前線，久戰無功，乾隆本來要讓他去邊疆充軍贖罪，不想因為訥親私底下的幾句牢騷話而送掉了性命。
軍機大臣之中，能長期坐穩，安享富貴榮華的，不外謹慎持身，不結黨營私。嘉慶朝擔任了十幾年首席軍機大臣的慶桂，為人性格平和，在中樞數十年，規規矩矩，不敢有絲毫逾越，毫無過失，一口氣幹到了七十九歲才退休。當時人認為他過於謹慎，近乎迂腐，可嘉慶卻始終信任並重用他。被稱為“三百年第一福氣之人”的潘世恩，該說話時就說話，該磕頭時就磕頭，該閉嘴時就閉嘴，得享高壽，終身平安，後世子孫文章都做得好，孫子潘祖蔭還考中了狀元。潘世恩的蘇州同鄉彭蘊章，在鹹豐朝擔任首席軍機大臣，老前輩潘世恩的那套功夫學不來，幹脆一言不發，官場人送外號“彭葫蘆”。
除了軍機大臣之外，軍機章京也是不可忽視的角色。軍機章京的工作極多，如擬定諭旨、隨軍機大臣出差、參與審理案件等等，這些工作中，最為重要的是擬定諭旨。本來擬定諭旨是軍機大臣的任務，經過實際操作之後，這份工作也被轉給了軍機章京。將草擬諭旨的工作轉給軍機章京，一方麵，既有助於提高軍機章京們的積極性，給他們發揮才華的機會，以向皇帝、軍機大臣們證明自己的才能。另一方麵，也有利於軍機大臣專一軍政事務，提高軍機處的工作效能與質量。就皇帝而言，也樂於看到軍機章京們起草諭旨，這樣可以分權，避免軍機大臣大權獨攬的現象出現。