天主教會在德國兜售贖罪券，這使得路德怒不可遏。1517年，他在維登堡的卡斯爾教堂大門上張貼了著名的《九十五條論綱》，公開宣揚“信仰耶穌即可得救”，反對用金錢贖罪的辦法。隨後，路德通過發表《關於教會特權製的改革致德意誌基督教貴族公開信》、《論教會的巴比倫之囚》和《論基督徒的自由》等文章，公開指出教皇不應該幹預世俗政權。他還宣稱，在教會內部不能通過改革予以挽救的情況下，國家政權應予幹涉，並將羅馬教會稱為“人間最大的巨賊和強盜”。
路德此舉等於對教皇權威的公然挑釁，1520年10月，教皇利奧十世正式宣布開除路德教籍。在諸侯和市民的支持下，路德決定公開對抗教皇，並當眾燒毀教皇通諭及一些教律，寫出了《反對基督者的通諭》一文。由於當時神聖羅馬帝國正處於與法國抗衡的階段，急切渴望得到教皇的支持，因而路德的改革運動並沒有得到帝國皇帝的支持。在1521年帝國會議上，皇帝查理五世決定執行教皇通諭給路德判罪，但由於路德本人在審訊時的強硬態度，加上帝國會議與會諸侯反對給路德判刑，查理五世最終決定暫時先放路德離去，然後再判罪並下逮捕令。路德在回歸的路上，薩克森選侯害怕他會被教皇的人暗殺，便強行把他送進瓦特堡加以保護。盡管路德隱居起來，但是此時他的擁護者已經遍及全國，宗教改革運動從星星之火逐漸演變成燎原之勢。
趣味鏈接 馬丁·路德經典名言
“我對那位公義刑罰罪人的神，說不上愛。我對他隱存忿怒。我恨他，因為可憐的罪人，在律法和悲慘恐懼下生活，不但被原罪毀壞，還要受福音折磨。”“因為你汙損神的真理，願神把你毀滅在這火裏！”“我覺得自己得到了重生，經過敞開的門，進入了樂園！”
反宗教改革運動——為了維護上帝，為了維護教會
馬丁·路德的宗教改革可謂一石激起了千層浪。隨後，法國宗教改革家加爾文在瑞士掀起了進一步的宗教改革，引動了法國南部的胡格諾運動；英國國王也在大不列顛島開始了轟轟烈烈的新教改革運動。
一時間，天主教會在北歐、東歐、中歐的陣地幾乎全部淪陷，天主教會到了生死存亡的關鍵時刻。
1520年，教皇利奧十世對路德發出限期敕令，這是天主教會反擊新教的第一槍。隨後天主教會撤銷了飽受詬病的贖罪券的出售，成立了一些維護天主教會勢力的團體，讓他們在與新教的衝突中衝鋒陷陣。在諸多團體中，有一個叫耶穌會的團體逐漸出現在世人麵前，並一度讓新教人士談之色變。
耶穌會是在1540年成立的，它的宗旨是重振天主教會，重樹教皇權威。耶穌會的教士不住修道院，不穿僧衣，而以各種身份滲透到社會各處，通過與俗人往來進行傳教。他們的做法取得了巨大成功，不少耶穌會教士躋身社會上層，成為各國家宮廷的懺悔牧師或宗教顧問，對國王施加影響，以鞏固天主教在該國的地位，抑製新教。耶穌會之所以會讓新教談之色變，是因為它的恐怖暗殺活動，新教的領導人、有新教傾向甚至是主張宗教寬容的君主都是其暗殺對象。如法王亨利四世、英王詹姆士一世、荷蘭統治者威廉·奧蘭治、葡萄牙國王喬治一世和瑞典國王古斯塔夫·阿道夫等都曾遭到耶穌會的襲擊。
當耶穌會的暗殺活動阻止不了新教的發展時，天主教會便在1542年正式成立了宗教裁判所，公然對異教徒實行迫害。天主教會正式承認宗教裁判所的存在時，這個迫害機構已經遍布整個歐洲，它旨在鎮壓一切反教會、反封建的異端以及有異端思想或同情異端的人。無數的異教徒慘遭它的迫害，其中大部分人是被綁在十字架上活活燒死的，慘無人道的天主教會犯下了反人類罪。