不過，官修史籍雖有史料來源的原始性、豐富性和得到官方認可等諸多自身優勢，但仍存在以下弊端：其一，皇帝幹預。早在北宋太宗時，對於起居注的編修，史官就必須“每月先進禦，後降付史館。”［63］對於時政記，經參知政事李昉奏請，“以所修時政記，每月先奏禦，後付所司。”［64］對於自北宋以來的諸朝《實錄》，其間大多數經過重修，而每次重修，都與皇帝的直接幹預分不開。其中最為突出的是《太祖實錄》前後修過四次；而《神宗實錄》共修過五次，其中紹興年間的兩次重修，則明顯是在高宗直接授意下進行的。高宗甚至還說：“祖宗《實錄》多有不必書者。謂之實錄，蓋紀其實，可為後世之法也。”［65］對於國史，李燾曾說：“蓋修史先進呈帝紀，自淳化始。凡所以先進呈者，群臣筆削或有失當，因取決於聖裁，故號為進呈‘紀草’。”［66］對此，如真宗時王旦等編修《兩朝國史》，“初成《紀》一卷，帝取觀，錄《紀》中十二餘條付史館改正。自此每一二卷皆先進草本，多所改易。”［67］由此可見，從初始編修的起居注、時政記，到最後成書的實錄、國史，每一個環節都受到皇帝的層層幹預，難怪南宋時人評論說：“史以宰相監修，固有所製而不得直筆也。又況人君自取而觀之，為史官者安得而有實錄哉！”［68］其二，史官修史之難。如北宋真宗鹹平時重修《太祖實錄》，參預其事的王禹偁因直書史事而被貶官黃州。對此，元人袁桷指出：“宋《太祖實錄》舊有兩本，一是李昉諸臣所為，太宗屢曾宣索，已有避忌。至真宗鹹平再修，王禹偁直書其事，出為黃州。禹偁所著《建隆事》，足見深意。前《實錄》無太宗扣馬一段，後《錄》增入，顯是迎合。”［69］此是史官因直書史事而難以繼續修史。又如哲宗元祐年間，陸佃參與編修《神宗實錄》，曾“數與史官範祖禹、黃庭堅爭辯，大要多是安石，為之晦隱。庭堅曰：‘如公言，蓋佞史也。’佃曰：‘盡用君意，豈非謗書乎！’”［70］最後陸佃被排擠出了實錄院。這是因為史官之間觀點相異而難以共同修史。以上事例雖則多是北宋時的狀況，至南宋時，由於權相專權，史官遷改極為頻繁，史官修史之難則比北宋有過之而無不及。其三，史無專官或史官敷衍修史嚴重。李心傳曾明確指出：“自真廟以來，史館無專官”。他詳列真宗至寧宗間史官專任者唯有三例：一是神宗任命曾鞏以史館修撰專修五朝史；二是孝宗任命李燾、洪邁修北宋後四朝史；三是寧宗任命傅伯壽、陸遊修《高宗正史》和孝宗、光宗《實錄》。［71］這表明在長達二百年的時間裏，雖然修史甚多，史官甚眾，而專任史職者唯此幾人，足見史無專官實為宋代較為普遍的現象。也正是由於史無專官，史官更替頻繁，相應地出現了史官往往敷衍修史的狀況。對此，有過多次修史經曆的陸遊指出：“史院吏有竊議史官者，曰：‘史官筆削有定本，個個一樣。’或問：‘何也？’曰：‘將吏人編出《日曆》中臣僚上言字塗去上字，其後奉聖旨依字亦塗去，而從旁注從之二字，即一日筆削了矣！’”［72］可見該現象在南宋甚為突出。
總之，以上修史缺陷不僅嚴重影響到官方史書的成書，而且會造成修史質量嚴重下降。為此，史官往往為按時完成修史任務，於是盡力訪求重要的私著以助修國史。寧宗嘉泰三年，資政殿學士傅伯壽言：“竊惟國史雖據金匱石室之藏，然天下散失舊聞，亦不可不網羅也。中興以來，修《徽宗實錄》則采《元符詔旨》，修《四朝國史》則采《續資治通鑒》及《東都事略》。今孝宗、光宗《實錄》已成，將修《三朝正史》，自建炎丁未至於紹熙甲寅，六十八年，典冊所書固已燦然，其間豈無登載漏脫、傳聞異同之患？凡事有舊記述，可不廣取而參考乎？今史館所收《三朝北盟會編》、《中興遺史》、《中興小曆》三書，恐如此之類尚多有之，臣以為宜發明詔，廣加求訪”。朝廷從其請。［73］可見朝廷是完全認可這種以私著助修官史做法的。具體而論，對於李燾的《長編》，“宰執奏《正史》（按指《四朝國史》）頗采李燾《長編》”［74］。李燾自己亦曾上疏說：“乞特許臣專意討論徽宗一朝事跡，纂述《長編》。《長編》既具，即可助成《正史》。”朝廷從之。［75］洪邁亦認為：《四朝國史》諸誌，“多出李燾之手”［76］。其中“《地理》一誌，全出李燾之手。餘多采《續通鑒》。”［77］由此可見，《長編》被《四朝國史》多所參用，則是不爭的事實。同時，對於《東都事略》而言，洪邁在《四朝國史》成書之後的淳熙十四年三月，奏乞朝廷給予王稱和龔敦頤推恩時言：“王稱之父賞，在紹興中亦為實錄修撰。稱承其緒餘，刻意史學，斷自太祖至於欽宗，上下九朝，為《東都事略》一百三十卷。……皆信而有證，可以據依。臣之成書，實於二者有賴。”［78］李心傳亦雲：“仁父修《四朝列傳》垂就而卒，上命景廬續成之。景廬筆削舊史，乃無完篇，蓋素不相樂也。於是上促進書甚急，而新書未畢，王稱季平以《東都事略》來獻，遂取用焉。”［79］可見《四朝國史》亦多參用了《東都事略》。另外，對於《中興四朝國史》參用重要私著的狀況，除以上傅伯壽所言及的《三朝北盟會編》、《中興遺史》和《中興小曆》之外，對於李心傳的《建炎以來係年要錄》，據現今學者考證：“嘉定元年李心傳在對其傳世之作《係年要錄》最後定稿時，對原稿中的不確或不妥之處所作的增訂，其成果在《中興四朝誌》中大體上亦有所反映。”［80］由此可知，《中興四朝國史》亦參用過《要錄》。