中共中央在向全黨全軍提出新的戰略任務的同時，就“布置幾個有力戰役，打退頑軍氣勢”這一關鍵問題作出了具體部署：晉冀魯豫區，“以冀魯豫主力及太行之一部對付沿平漢路北上之孫連仲；以太行、太嶽主力及趙爾陸部對付沿同蒲、正太路北進之胡宗南。”晉察冀和晉綏區，“必須立即組織察綏戰役，消滅傅作義部，解放綏遠，收複歸綏，奪取雁北13縣”；“聶、賀軍待綏遠戰役完畢，即以主力轉至平津方麵，策應東北作戰”；“肖、羅野戰軍限上半月（1945年11月上半月）在平北集中，編組完畢，待命東進，側擊進入山海關、錦州、沈陽線之蔣軍”。山東及新四軍主力，“對付沿津浦路北上之頑”，並準備“打張嵐峰、郝鵬舉偽軍及何陳兩頑之後梯隊，控製新黃河以北，孤立何陳兩頑深入徐州部隊，保障與聲援五師與河南軍區主力之行動”。東北方麵。
“林、彭立即布置內線作戰，先在葫蘆島至錦州，營口至海城之線，盡力阻滯登陸之蔣軍，以待已到部隊之組成及路上行進部隊之到達，並於適當時機堅決消滅蔣軍，不使進沈陽”。
10月15日，中共中央就津浦、隴海、平漢、同蒲、正太、平綏、北寧等7條鐵路“施行有計劃的破壞和扼守”問題，給各中央局、各戰略區明確的區分了任務，即：“津浦路德州至天津段，歸渤海、冀中負責；德州至濟南段，歸冀魯豫、渤海負責；濟南至徐州段，歸山東、冀魯豫負責；徐州至浦口段，歸新四軍負責；
隴海路歸新四軍、冀魯豫負責；平漢路石家莊至新鄉段，歸太行、冀魯豫負責；石家莊至天津段，歸冀晉、冀中負責；正太路歸冀晉、太行負責；同蒲南段歸太嶽負責；北段歸晉綏、冀晉負責；平綏路歸晉綏、晉察冀負責；北寧路歸冀東負責。”中共中央在這個指示中還規定：“凡歸兩區共同負責者，須有一區受另一區之統一指揮，由各中央局具體指定之。”
從9月下旬至10月中旬，中共中央和中央軍委就自衛反擊作戰方法，特別是開展鐵路破擊戰方法先後幾次向各戰略區作了明確指示，主要是：第一，“動員全黨、全軍及廣大人民，認識目前交通作戰的嚴重性”。務必明確：“對於各路前進頑軍加以嚴重打擊，消滅其幾十個師，阻止其前進，則國民黨的反動計劃必被我打破，我在將來長期和平階段中的有利地位即能確立”。第二，集中優勢兵力，殲滅整批敵人。要求每路主力兵團須各有3萬人到5萬人，組織得力的野戰指揮機關和政治機關，配合地方武裝和民兵，用糾纏扭打的戰法，在頑軍前後左右，一直和頑軍糾纏扭打，尋求有利機會，集中優勢兵力消滅其一兩師主力。第三，以小部隊和民兵配合主力作戰。廣泛使用地雷炸彈，普遍襲擊、截擊，既阻止其前進，又斷絕其後方接濟，並組織群眾堅壁清野，使其孤軍深入，補充困難，陷於被動，在其弱點暴露時猛力進擊，消滅其有生力量。第四，發動廣大群眾配合野戰軍破擊鐵路。凡有強大力量足以控製鐵路一段時，均應力求控製一段，布置戰場，和頑軍作戰，求得整批消滅頑軍力量，阻其前進。凡不能控製鐵路一段時，則應積極破路，襲擾，埋設地雷，翻車和相機打擊頑軍，務使其不能乘車而必須步行前進。凡無正規部隊地段，必須組織多數武工隊、遊擊小組去埋設地雷、炸彈和翻車等。中共中央和中央軍委為打退國民黨軍向解放區進攻而製定的方針、部署和發出的一係列指示，極大地鼓舞了解放區軍民為保衛抗戰勝利果實，保衛解放區而奮起自衛還擊的決心和信心。遵照這些指示，晉冀魯豫軍區、晉察冀軍區、晉綏軍區、山東和華中軍區，以及東北人民自治軍分別在平漢路、同蒲路、平綏路、津浦路以及北寧路沿線，緊緊依靠人民群眾，以敢於鬥爭、敢於勝利的磅薄氣勢，對國民黨軍的軍事進攻展開了有力的反擊。